电泳仪

脉冲场凝胶电泳的分子质量标准

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实验方法原理PFGE用于分离很大的DNA分子,因而需要很高分子质量的标准。这种标准可以按照Lauer等(1977)介绍的方法从噬菌体,如T7(40kb)、T2(166kb)和G(758kb)提取获得。但是一个更好的覆盖范围更广的系列标准是λ噬菌体DNA的系列串联体。后面介绍的具体步骤是Vdlrath和Davis(1987)方法的改进。
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一、材料

1.缓冲液和溶液

ATP(0.1mol/L)

Dithiothreitol(1mol/L)

EDTA(0.5mol/L,pH8.0)

含聚乙二醇的1X连接缓冲液(50mmol/LTris-Cl(pH7.6),1mmol/LATP,10mmol/L二硫苏糖醇(DTT),10mmol/LMgCl2,2%PEG8000)

低熔点琼脂糖缓冲液(100mmol/LTris-Cl(pH7.6),20mmol/LMgCl2

MgCl2(20mmol/L)

聚乙二醇(8%,m/V,PEG8000溶液)

TE(pH7.6)

2.酶和缓冲液

噬菌体T4DNA连接酶

3.凝胶

低熔点(LMT)琼脂糖

4.核酸和寡核苷酸

纯化的噬菌体λDNA

5.专用设备

Tygon管

56℃水浴

二、方法

1.在10mlLMT缓冲液中通过沸水浴或微波加热溶解0.1g低熔点琼脂糖。冷却到37℃。

2.在172.5μlTE(pH7.6)中溶解10μg纯化的噬菌体λDNA,加热该溶液至56℃ 5min。

3.冷却溶液到37℃,迅速按顺序加入下述试剂:

8%PEG8000                   62.5μl

20mmol/LMgCl2            5.0μl

0.1mol/LATP                 5.0μl

1mol/LDTT                    5.0μl

噬菌体T4DNA连接酶     0.5Weiss单位

1%LMT琼脂糖溶液        250μl

聚乙二醇起集聚剂的作用,增加连接效率。

4.混合物吸入一个稍短的Tygon管,在冰上冷却至琼脂糖完全凝结。

5.将凝胶栓移入一个无菌的一次性塑料管内,其中有3倍体积的含聚乙二醇的1x连接缓冲液。

6.凝胶栓在连接缓冲液内室温温育24h,然后转移到10倍体积20mmol/LEDTA(pH8.0)的试管内。

7.在EDTA中温育1h,再将凝胶栓转移到新鲜10倍体积20mmol/LEDTA(pH8.0)的试管内。