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脉冲场凝胶电泳的分子质量标准
实验方法原理 | PFGE用于分离很大的DNA分子,因而需要很高分子质量的标准。这种标准可以按照Lauer等(1977)介绍的方法从噬菌体,如T7(40kb)、T2(166kb)和G(758kb)提取获得。但是一个更好的覆盖范围更广的系列标准是λ噬菌体DNA的系列串联体。后面介绍的具体步骤是Vdlrath和Davis(1987)方法的改进。 | ||||||
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实验材料 | 噬菌体T4DNA连接酶纯化的噬菌体λDNA 试剂、试剂盒 | ATPDithiothreitolEDTA连接缓冲液低熔点琼脂糖缓冲液聚乙二醇TE 仪器、耗材 | 低熔点(LMT)琼脂糖Tygon管水浴
实验步骤 | 一、材料 1.缓冲液和溶液 ATP(0.1mol/L) Dithiothreitol(1mol/L) EDTA(0.5mol/L,pH8.0) 含聚乙二醇的1X连接缓冲液(50mmol/LTris-Cl(pH7.6),1mmol/LATP,10mmol/L二硫苏糖醇(DTT),10mmol/LMgCl2,2%PEG8000) 低熔点琼脂糖缓冲液(100mmol/LTris-Cl(pH7.6),20mmol/LMgCl2) MgCl2(20mmol/L) 聚乙二醇(8%,m/V,PEG8000溶液) TE(pH7.6) 2.酶和缓冲液 噬菌体T4DNA连接酶 3.凝胶 低熔点(LMT)琼脂糖 4.核酸和寡核苷酸 纯化的噬菌体λDNA 5.专用设备 Tygon管 56℃水浴 二、方法 1.在10mlLMT缓冲液中通过沸水浴或微波加热溶解0.1g低熔点琼脂糖。冷却到37℃。 2.在172.5μlTE(pH7.6)中溶解10μg纯化的噬菌体λDNA,加热该溶液至56℃ 5min。 3.冷却溶液到37℃,迅速按顺序加入下述试剂: 8%PEG8000 62.5μl 20mmol/LMgCl2 5.0μl 0.1mol/LATP 5.0μl 1mol/LDTT 5.0μl 噬菌体T4DNA连接酶 0.5Weiss单位 1%LMT琼脂糖溶液 250μl 聚乙二醇起集聚剂的作用,增加连接效率。 4.混合物吸入一个稍短的Tygon管,在冰上冷却至琼脂糖完全凝结。 5.将凝胶栓移入一个无菌的一次性塑料管内,其中有3倍体积的含聚乙二醇的1x连接缓冲液。 6.凝胶栓在连接缓冲液内室温温育24h,然后转移到10倍体积20mmol/LEDTA(pH8.0)的试管内。 7.在EDTA中温育1h,再将凝胶栓转移到新鲜10倍体积20mmol/LEDTA(pH8.0)的试管内。
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