不管是使用凝胶扫描，还是摄录系统，凝胶电泳后通常要进行染色，才能进行定量测定。没有染色的凝胶只能用带有紫外光源的凝胶扫描仪才能定量。如果电泳后要对样品组分进行定量测定，必须注意以下几点。

1.已知和未知样品必须使用相同的溶剂系统，相同的浓度，相同的加样量，并在同一块凝胶上电泳和染色。

2.在凝胶上扣除背景常常不像在分光光度计中那么容易，因为后者的样品是溶液，而前者在凝胶上可能脱色不均匀，所以必须按说明书采用合适的方法扣除背景。

3.对未知、已知样品扫描和进行数据处理时应该采用相同的参数。

4.选择合适的染色方法，以使样品的浓度和吸光度的关系在线性范围内。

5.一些畸变的带不能进行准确定量。如由于固定和染色方法不合适或时间不充分而造成蛋白带的中心未被染色；不合适的固定方法和过量加样而造成的“晕轮”效应（hobeffect)；样品没有充分溶解而造成的“纹理”（streaky)现象；凝胶聚合不均匀，凝胶中的气泡，电泳时冷却不充分而造成蛋白带的弯曲畸变等。

如果电泳后进行分子质量的测定，以上因素的影响较小，但仍然要注意。如果定量扫描后进行神经网络分析，电泳操作的影响较大，作者通过对人血清中触珠蛋白电泳图谱的扫描分析和数据处理探索了这方面的技术问题。