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序列特异性DNA结合蛋白的亲和层析纯化实验一DNA亲和介质的制备
实验方法原理 | |||||||||||
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实验材料 | 两种带有结合位点的合成寡核苷酸各440μg 试剂、试剂盒 | TE缓冲液pH7.810×T4噬菌体多核苷酸激酶缓冲液20mmolLATP(钠盐)pH7.0150mCimL[γ-32P]ATP(6000Cimmol)10UμLT4噬菌体多核苷酸激酶(NewEnglandBiolabs) 仪器、耗材 | 15mL螺口盖聚丙稀试管15℃37℃65℃及88℃加热器或水浴60mL粗烧结玻璃漏斗旋转轮
实验步骤 | 1)在1个1.5mL的微量离心管中准备下面物质的混合物:含有每种寡核苷酸440μg的TE缓冲液,总体积为130μL。再加入20μL10×T4噬菌体多核苷酸激酶缓冲液。88℃温育2min,65℃10min,37℃10min,室温5min。 2)将上述混合物平均分入2个微量离心管中。每管(75μL)加15μL20mmol/LATP(pH7.0)、约5μCi[γ-32P]ATP,10μL10U/μLT4噬菌体多核苷酸激酶(共100U)。37℃温育2h。 加标记的ATP时,不要化冻,仅需用移液器的黄色吸头触碰一下(不要刺入)冻结的[32P]ATP的上层,取少许转入反应管中。 3)每管中加50μL10mol/L乙酸铵及100μL水,65℃加热15min,灭活激酶,冷却至室温。 4)加入750μL100%乙醇,上下颠倒混合。室温下高速离心15min沉淀DNA,弃去上清。 5)各DNA沉淀重悬于225μLTE缓冲液中。 6)加250μL酚/氯仿/异丙醇于各管中。在涡旋混合器上振荡1min。高速离心5min分离两液相,将水相(上层)移至一新管中。 7)加250μL氯仿/异戊醇至水相中。在涡旋混合器上振荡1min,高速离心5min分离两液相,将水相(上层)移至一个新管中。 8)加25μL3mol/L乙酸钠至水相中,振荡混匀。然后加入750μL100%乙醇,上下颠倒混匀,高速离心15min沉淀DNA,弃去上清。 9)用800μL75%乙醇洗涤沉淀,在涡旋混合器上振荡混匀,高速离心5min,弃去上清。 10)在真空旋转蒸发器(如Speedvac)中干燥DNA沉淀。 11)加65μL水及10μL10×接头/激酶缓冲液至每管沉淀中,在涡旋混合器上振荡使DNA溶解。加20μL20mmol/LATP(pH7.0)及5μL6000U/mLT4噬菌体DNA连接酶(30Weiss单位)。在室温下温育>2h,或者15℃过夜。 取决于所用的寡核苷酸,连接的最佳温度可在4〜30℃之间变化。 12)用琼脂糖凝胶电泳监测连接反应,每道加0.5μL连接反应液,并同时带分子质量标记物。用溴化乙锭染色并在紫外灯下观察DNA。 如果未发生连接反应,用25:24:1酚/氯仿/异戊醇抽提DNA1次,用24:1氯仿/异戊醇抽提1次,然后用乙酸钠加乙醇沉淀DNA。重新将DNA溶于225μLTE溶液中,加25μL3mol/L的乙酸钠溶液,再加750μL无水乙醇重新沉淀。用75%乙醇洗涤,在Speedvac中干燥,然后重新进行连接反应。 13)加100μL缓冲液平衡酚至1OOμL连接反应液中。在涡旋混合器上振荡1min,室温下高速离心5min,将水相(上层)移至一新管中。 14)加100μL氯仿/异戊醇至水相中。在涡旋混合器上振荡1min,室温高速离心5min,将水相(上层)移至一新管中。 15)加33μL10mol/L乙酸铵至水相中,在涡旋混合器上振荡混勻。 16)加133μL异丙醇,上下颠倒混匀,-20℃放置20min。高速离心15min沉淀DNA,弃去上清。 乙酸铵/异丙醇沉淀可除去残余的ATP,不然后者将影响连接的DNA与溴化氰活化琼脂糖的偶联。 17)225μLTE缓冲液,在涡旋混合器上振荡使沉淀溶解,加25μL3mol/L乙酸钠,在涡旋混合器上振荡混匀。加750μL100%乙醇,上下颠倒混匀,高速离心15min沉淀DNA,弃去上清。 18)用75%乙醇洗涤DNA2次,在真空蒸发器(如Speedvac)中抽干DNA沉淀。 19)将DNA溶解于50μL水中,-20℃保存。 不要将DNA溶于TE缓冲液中,因为TE中的Tris缓冲盐将影响偶联反应。 注意:在进行以下步骤之前,最好是准备好激活和偶联反应所需的所有仪器和试剂,不要让介质变干。 20)将10〜15mL(稳定后的柱床体积)SepharoseCL-2B置于一个60mL粗烧结玻璃漏斗中,用500mL水充分洗涤。 21)将湿的Sepharose介质移至一个25mL量筒中,大约有10mL介质,加水至终体积20mL。将所得的混悬液移至一个150mL的玻璃烧杯中,内有磁力搅棒。将烧杯置于水浴中平衡至15℃,在通风橱内放在磁力搅拌器上,以中慢速搅拌。 22)在通风橱内,称量1.1g溴化氰装入一个25mL的三角锥瓶中,用Parafilm膜或磨砂玻璃盖尽可能地盖住瓶口(稍多于1.1g比稍少为好)。加2mLN,N-二甲基甲酰胺(溴化氰将立即溶解)。在1min内,将溴化氰溶液逐滴加入搅拌中的琼脂糖浆液中。 注意:溴化氰是剧毒及挥发性物质,只能在通风橱内特别小心地使用。小心清除所有的溴化氰废液很重要!在通风橱内,加固体氢氧化钠和甘氨酸(约10〜20mg/mL)以灭活溴化氰,以相似的溶液浸泡污染的器具,让其在通风橱中放过夜再弃去。 23)立即按以下方法加5μLmol/LNaOH:每10s加30μL至搅拌的混合物中,加10min直至1.8mLNaOH加完。 为了方便起见,在反应之前,可以先量好1.8mLNaOH溶液放到一个小管子里,这就避免了换吸头时额外增加的10s。 24)马上加100mL冰冷的水至烧杯中,并将混合物倒入一个60mL粗烧结玻璃漏斗中。 25)仍在通风橱中进行操作,用100mL冰冷的水(<4℃)在漏斗中洗介质4次。接着用100mL冰冷的10mmol/L磷酸钾(pH8.0)洗2次。 26)立即将介质移入1个15mL聚丙烯螺口盖的管子中,加约4mL10mmol/L磷酸钾(pH8.0)直至介质成为均匀的稠浆。 27)立即加入步骤19中的2份50μLDNA溶液。室温下置于转轮上温育过夜(>8h) 28)在通风橱内,将介质移入一个60mL粗烧结玻璃漏斗中,用100mL水各洗2次,再用100mL1mol/LpH8.0的盐酸乙醇胺洗1次。 用盖革氏计数器,比较滤出液及洗过的介质的放射活性水平,从而估计DNA结合到介质上的效率。通常,所有检测到的放射活性都在介质中。 29)在通风橱内,将介质移入一个15mL的带螺口盖的聚丙烯管中,加1mol/L盐酸乙醇胺(pH8.0)至混合物成为平滑的浆状。室温下将该管置于转轮上温育2〜4h。 30)在60mL粗烧结玻璃漏斗中,依次用100mL10mmol/L碟酸钾(pH8.0)、100mL 1mol/L磷酸钾(pH8.0)、100mL1mol/L氯化钾、100mL水及100mL柱储存缓冲液洗介质。 31)将介质保存于4℃(至少可稳定1年,不要冻结)。 注意事项 | 其他 | 其他所需: 10mol/L乙酸铵,25:24:1(V/V/V)酚/氯仿/异戊醇,24:1(V/V)氯仿/异戊醇,3mol/L乙酸钠100%及75%(V/V)乙醇,10×接头/激酶缓冲液,6000U/mLT4噬菌体DNA连接酶(以Weiss单位测定;NewEnglandBiolabs),缓冲液平衡酚,异丙醇,SepharoseCL-2B(PharmaciaBiotech),溴化氰(CNBrAldrich),NN-二甲基甲酰胺5mol/LNaOH,lOmmol/L及1mol/L磷酸钾缓冲液pH8.0,lmol/L盐酸乙醇胺pH8.0固体氢氧化钠,甘氨酸,1mol/LKCl,柱储存缓冲液
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