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编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验一用位点识别DNA筛选λgtll表达文库
实验方法原理 | |||||||||
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实验材料 | 含有多个串联拷贝识别位点的、缺乏识别位点的(或含识别位点突变的)pUC重组质粒DNA 试剂、试剂盒 | 限制性内切核酸酶EcoRI及HhdIII1molLTris•ClpH7.55mmolLdCTPdGTPdTTPdATP5000Cimmol[α32P]dATP大肠杆菌DNA聚合酶IKlenow片段
实验步骤 | 1)用EcoRI和HindIII在100μL中消化20μg适当的pUC重组质粒DNA,释放出含有2〜10个蛋白质结合位点的插入片段。 2)在限制酶切反应中加入下列成分: 1mol/LTris•Cl,pH7.5,终浓度50mmol/L、dCTP、dGTP、dTTP各5mmol/L,终浓度100μLmol/L、200μCi[α32P]dATP(5000Ci/mmol)、10UKlenow酶 室温下温育30min。加入5mmol/LdATP至100μmol/L继续温育30min。 3)加EDTA至20mmol/L以中止反应。依次用25:24:1的酚/氯仿/异戊醇及24:1的氯仿/异戊醇抽提DNA。加乙酸钠至0.3mol/L,用100%乙醇沉淀DNA。 4)重悬于200μL水中,加22μL3mol/L乙酸钠,pH5.2,再用100%的乙醇沉淀。 5)用0.75mm厚、5%的非变性聚丙烯酰胺凝胶分离标记的DNA片段。 6)用放射自显影使标记的DNA片段显迹。将含有结合位点片段的凝胶条切出,浸泡于1.5mL洗脱缓冲液中于4℃振摇过夜。 7)用移液器转移上清,用Elutip-d层析柱从上清中纯化标记的探针。用闪烁计数(cpm)确定32P标记的DNA结合位点探针的活性,并在4℃保存。 上述反应条件可产生具有2〜4×107cpm/pmol比活性的DNA探针。足以用于筛选20张呈现约106个噬斑的滤膜。 8)37℃在LB/麦芽糖/氨苄青霉素培养液中培养大肠杆菌Y1090至生长饱和(通常过夜)。 9)每涂布一块平板,在一个试管中将0.5mLY1090过夜培养物与λgtll文库(含有3×104〜5×104pfu)混合。 10)在37℃温育15min使噬菌体吸附到细胞上。 11)加9mL顶层琼脂糖于每个试管中,颠倒混合几次,铺于含有LB/氨苄青霉素的150mm平皿上。 12)将平皿置于42℃温育约3h直至可见细小噬斑。 13)将平皿移至37℃温箱,不要让平皿降至37℃以下。 14)准备用于覆盖的硝酸纤维素膜(用平头镊子操作),将膜在10mmol/L的IPTG溶液中浸30min,在室温下空气中干燥60min。 15)用经IPTG浸润并晾干的硝酸纤维素膜覆盖于每个平皿上,37℃继续温育6h。 16)将平皿置于4℃冷却10min。用针扎孔标记每张膜的位置。揭下膜浸于BLOTTO中。室温下孵育60min,并轻轻旋动。用Parafilm膜封好主平皿,保存于4℃。" 17)将所有的膜都浸于盛有结合缓冲液中(500mL/10张膜)的碟子中,在室温下振荡温育5min用新鲜的结合缓冲液重复洗涤2次(在筛选前滤膜可在4℃保存24h)。 18)将超声处理的小牛胸腺DNA在100℃加热10min变性,然后放在冰上速冷。加入结合缓冲液至浓度为5μg/mL(最终体积为25mL/10张滤膜)。在此溶液中加入32P标记的DNA结合位点探针(来自步骤7)至1×1O6〜2×106cpm/mL,约10-10mol/L将滤膜一块块地放到探针溶液中,室温下轻轻振荡60min。 19)分批洗膜,室温下每10张膜用500mL结合缓冲液洗4次(每次洗7.5min,共30min) 20)吸干滤膜,用塑料膜包裹,用增感屏在-70℃对×射线胶片曝光12〜24h。 21)将噬菌体平皿与放射自显影片对比,分离与阳性信号对应的琼脂糖块,并再生噬菌体液。 真正的阳性信号呈光晕状。可做多张不同曝光时间的自显影片以排除那些不能重复的信号点。 22)用0.2mLY1090菌培养物和3mL顶层琼脂糖对再生的噬菌体液(约5000pfu/100mm平皿)铺板,参见步骤8〜11。 23)用82mm滤膜制备硝酸纤维素膜复印品并进行二次筛选,见步骤12〜20。 24)按照步骤1〜7标记缺少识别位点(或含有突变的识别位点)的pVC重组质粒DNA,用本实验标记的探针来二次筛选真正阳性的噬菌体液。 25)纯化噬斑,将阳性噬菌体覆盖上1滴氯仿,置于4℃保存。 注意事项 | 其他 | 其他所需试剂: 500mmol/LEDTApH8.0,25:24:1(体积比)酚/氯仿/异戊醇,24:1氯仿/异戊醇,3mol/L乙酸钠pH5.2100%乙醇,洗脱缓冲液,大肠杆菌Y1090,λgtllcDNA文库,含有0.2%麦芽糖及50mg/mL氨苄青霉素的LB培养液,0.7%顶层琼脂糖熔化后置47°C平衡,100和150mm含有50μg/mL氨苄青霉素的LB培养平板干燥并预热至37℃),10mmol/LIPTG(用无菌水制备成1mol/L储液置于-20℃保存),BLOTTO,结合缓冲液,1mg/mL经超声处理(长约1kb)的小牛胸腺DNA氯仿
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