1a)石蜡切片或细胞的杂交，对载玻片进行脱蜡、水化、封闭和脱水处理。将标本晾干（或在干燥器中干燥），随后储于加有干燥剂的载玻片盒中，置-70℃过夜。至关重要的是标本在储放前应绝对干燥。

1b)冰冻切片的杂交：进行切片的预处理和乙酰化处理，随后进行切片的脱水。标本绝对干燥至关重要，此时切片即可用于杂交（步骤3)。杂交应马上进行。

2)对每一杂交实验，可用乙醇沉淀10〜15ng探针，重溶于10μL去离子的甲酰胺中，加5μg(0.5μL)超声处理的鲑精DNA,在70°C〜80°C温度下热变性探针10min。

3)加10μL主杂交混合液于变性探针中（探针终浓度为0.1〜0.5μg/mL)。混匀，微量离心机以高速稍加离心，然后加于载玻片上。覆加22mm²盖玻片，轻压以赶去大的气泡。放入加湿盒中，在37℃温育2〜4h。

杂交也可过夜，若杂交过夜，则用橡皮泥封住盖玻片。

4)杂交最后30min期间，以37℃水浴，在Coplin广口瓶中，预热50mL50%甲酰胺/2×SSC洗液和50mL2×SSC。

5)从加湿盒中取出载玻片，剥去橡皮泥（如有使用的话）并小心移去盖玻片。在37℃50%甲酰胺/2×SSC中，清洗杂交过的玻片15min；接着以37℃2×SSC洗15min；再于室温以1×SSC洗15min。

6)玻片在室温下，以4×SSC平衡5min。取出载玻片吸去残余缓冲液，在此过程中任何时候都不要使玻片干涸。

7)加50μL生物素检测液、地高辛检测液或生物素/地高辛检测液于杂交过的载玻片上。用22mm²大小的Parafilm覆盖，放在一用铝箔包裹的加湿盒中，于37℃温育45min。

8)室温下，按顺序在裹以铝箔的Coplin广口瓶中，分别用4×SSC、0.1%Triton×-100/4×SSC和4×SSC浸洗切片。每种溶液中浸洗10min。

9)加50μLDAPI或碘化丙锭染色液于切片上，以一块22mm2的Parafilm膜覆盖。室温下染色5min。在盛有1×SSC的Coplin广口瓶中短暂浸洗，以除去多余染液。吸去残液但不要使切片干涸。

10)加7μL适当的防褪色固片介质于已染色的切片上，覆以盖玻片。轻轻挤压除去多余的防褪色固片介质，注意勿损伤组织切片。以指甲油密封盖玻片，放在有干燥剂的玻片盒中，储于-20℃。

11)用具落射光源以及有适合实验中所用荧光染料滤光片的荧光显微镜，观察实验结果。

12)用Ektar-1000(用于打印）或EktachronnHtOO(用于载玻片）彩色感光片照相。曝光时间依杂交信号亮度而定，但对DAPI的曝光时间为2s，经双光区或三光区滤光片设施的曝光时间分别为30〜90s和3〜8S。对亮的杂交信号可用黑白感光片，如用KodakTechnicalPan2415ASA200感光片进行曝光。