1.将胶放入聚丙烯塑料平皿中，其中应有足够的固定溶液，使凝胶在平皿中能自由漂浮。在摇床上摇动30min。

如果是多块凝胶同时被固定，应在不同的平皿中染色。

2.从平皿中倒出固定液，在平皿中用方形塑料纸或聚碳酸酯薄片支持凝胶。不要用带手套的手接触凝胶。将凝胶放在SYPRORuby溶液中染色90min，放置^往复式或定轨式摇床，黑暗中温育过夜。

标准大小的凝胶所需染色液的最小体积如下：

如染色液太少，会降低敏感度。伴随染色时间的延长，敏感度会升高。染色少于3h可获得最大敏感度。如果继续染色，将会大大降低敏感度。

3.（可选）弃去SYPRORuby染色液。如有残留染料会导致较高的荧光背景。

为了将残留染料除去，将凝胶放在一定体积的固定液中（体积相当于步骤②中染料体积），在摇床上摇动30min。

4.用300nm蓝光透射仪或激光扫描仪呈现蛋白。SYPRORuby的最大激发波长是300nm和420nm，最大发射波长是618nm。

一些预制凝胶的聚酯化背面对荧光是高度敏感的，此时应用UV透射仪。将聚丙烯酰胺凝胶颠倒，用一个发射过滤器来屏蔽蓝色荧光。蓝光透射仪或激光扫描仪的使用将会减少塑料背面的荧光数量。这种染料和目胃系统相适合。图像系统在450nm、473nm、488nm、532nm都有激光发射。目前，激光扫描仪的最大供应商也能提供选择过滤这种染料的装置。