核苷酸

寡核苷酸探针在溶液中的杂交实验

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试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
材料

溶液和缓冲液
稀释贮存液至适当浓度。

寡核苷酸杂交液
6XSSC(或6XSSPE)
0.05mol/L磷酸钠(pH6.8)
1mmol/LEDTA(pH8.0)
5XDenhardt’s液
100ug/ml变性、断裂的鲑精DNA(Pharmacia公司或按第6章的方案10所述制备)
100mg/ml硫酸右族糖酐(见箄16章信息栏DEAE-右旋糖酐)

寡核苷酸预杂交液
6XSSC(或6XSSPE)
0.05mol/L磷酸钠(pH6.8)
1mmol/LEDTA(pH8.0)
5XDenhandt’s溶液
100ug/ml变性、断裂的鲑精DNA(Pharmacia公司或按第6章的方案10所述制备)

6xSSC或SSPE
在本方案步骤4、5之前,将此液放置于冰上。

TEAC1洗涤液
2.4mol/LTEACl
50mmol/LTris-Cl(pH8.0)
0.2mmol/LEDTA(pH7.6)
1mg/mlSDS
该洗涤液用于长度为50~200个核苷酸的探针。使用前须预温至所需溫度(见步骤6、7)。

TMAC1(5mol/L)或TEACl(3mol/L)
配制5mol/LTMAC1或3mol/LTEAC1水溶液。TMACl用于长度为14~50个核苷酸的探针,而TEACl则用于长度为50~200个核苷酸的探针。这二种试剂均可从Aldrih公司购买。在TMAC1和TEAC1溶液中,加入终浓度约为10%的活性炭,度摔20~30分钟。活性炭沉阵下来后,用Whatman1号通纸过滤季铵盐溶液,并用硝酸纤维素滤膜(0.45um孔径)过滤除菌。测量溶液的折光指数,用下列公式精确计算季铵盐溶液浓度:C=(n-1.331)/0.018,式中C是季铵盐溶液摩尔浓度,n是折光指数。过滤的溶液可在室温下保存于棕色瓶中。

TMAC1洗涤液
3.0mol/LTMAC1
50mmol/LTris-Cl(pH8.0)
0.2mmol/LEDTA(pH7.6)
1mg/mlSDS
该洗涤液用于长度为14-50个核苷酸探针使用,使用前须预温到所需温度(见步骤6、7)。

核酸和寡核苷酸

固定于硝酸纤维素、尼龙滤膜或其他滤膜的目的靶核酸(Southern或Norths印迹、裂解的细菌克隆成噬菌体噬斑的滤膜)

探针

放射性标记的寡核苷酸探针
按方案2或方案7所述制备探针。我们推荐使用磷酸化探针,杂交前按方案4所述用CPB沉淀法纯化探针。这种纯化方法可以除去未掺入的[γ-32P]ATP,从而减少放射性自显影时易与阳性杂文信号混淆的强放射性斑点(胡椒粉斑点)的数量。

专用设备

杂交装置(请见步骤1)

振荡培养器、水浴或杂交装置预温至37°C(步骤1和步骤3),洗涤时调至适当的洗涤温度(步骤7)。

方法

1.滤器或膜在寡核苷酸预杂交液中37°C下预杂交4~16h。
圆形滤膜的预杂交、杂交与洗涤最好在SearsSeal-A-Meal袋或带有密封盖的塑科盒中进行,Southern与Northern杂交膜可在有密封盖的玻璃管中进行。

2.去预杂交液,置换成含180pmol/L的放射性标记的寡核苷酸探针的杂交液。
当数种寡核苷酸同时杂交时,每一种探针的浓度都应在180pmol/L,放射性标记探针的比活度应在5X105至1.5X106cpm/pmol之间。

3.滤膜在37°C下温育反应12~16h。

4.将放射性的杂交液弃至适当的容器内,在4°C下用预冷的6XSSC或6XSSPE洗涤滤膜三次,以洗去大部分硫酸右旋糖酐。

5.在4°C下用预冷的6XSSC或6XSSPE洗涤滤膜两次,共30min。

6.在37°C下用TMAC1或TEAC1液洗涤滤膜二次。
此步骤的目的是用季铵盐溶液置换SSC或SSPE,只有认真操作方可见季铵盐溶液的优越性。

7.在低于图10-2指示的Tm值2~4°C的温度下,用TMAC1或TEAC1洗涤液洗涤滤膜二次,每次20min。
杂交体在含TEAC1的缓冲液中的Tm值比在含TMACl的缓冲液中低33°C确保缓冲液中预温至所需溫度,且温度波动小于±1°C。

8.从洗涤液中取出滤膜,室温下吸干液体,按附录9所述进行放射自显影。