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脉冲场凝胶电泳制备DNA(酵母完整DNA的分离)
| 实验方法原理 | 制备用于电泳的酵母DNA,先用酶破坏酵母细胞胞壁,然后在熔化的低熔点琼脂糖中混悬,制成栓。将栓浸入含蛋白酶的裂解缓冲液,以加速细胞裂解和除去蛋白质。此方法在Schwartz和Cantor(1984)最初介绍的方法上略有改进,它可用于制备作为高分子质量标准的酵母染色体和酵母人工染色体(YAC)。 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 实验材料 | 酵母混悬培养物 试剂、试剂盒 | 细胞清洗缓冲液EDTAL缓冲液TE酵母裂解缓冲液酵母细胞壁消化酶酶解酶 仪器、耗材 | 低熔点琼脂糖SorvallGSA转头或相当型号的转头预成型的Plexiglas模具
实验步骤 | 一、材料 1.缓冲液和溶液 细胞清洗缓冲液(0.01mol/LTris-Cl(pH7.6),0.05mol/LEDTA(pH8.0),室温存放。) EDTA(0.05mol/L,pH8.0) L缓冲液(0.1mol/LEDTA(pH8.0),0.01mol/LTris-Cl(pH7.6),0.02mol/LNaCl,4℃存放) 含蛋白酶K和十二烷基肌氨酸钠(Sarkosyl)的L缓冲液 TE(pH7.6) 含40μg/mlPMSF的TE(pH7.6) 酵母裂解缓冲液(0.01mol/LTris-Cl(pH7.6),0.5mol/LEDTA(pH8.0),β-巯基乙醇(1%V/V)) 酵母细胞壁消化酶 酶解酶(Zymolyase)5000(KirinBreweries)或溶细胞酶(Lyticase)(67mg/ml)(Sigma) 2.凝胶 低熔点琼脂糖(1%) 3.离心机和转头 SorvallGSA转头或相当型号的转头 4.专用设备 预成型的Plexiglas模具(50~100μl,Pharmacia或Bio-Rad),或一个长的Tygon管(1/8英寸或内径3.2mm),或一个塑料注射器(1ml)。 5.细胞和组织 酵母混悬培养物 二、方法 1.3000g(SorvallGSA转头4300r/min)4℃离心5min收集混悬培养的酵母细胞。用细胞清洗缓冲液洗两次细胞沉淀。 2.混悬细胞于0℃的0.05mol/LEDTA(pH8.0)中,浓度3X109个细胞/ml。 3.用L缓冲液配制1%低熔点琼脂糖。熔化后,冷却至42℃。 4.加75μl酶解酶或溶细胞酶溶液到步骤2的细胞混悬液内,混匀。 5.加热细胞混悬液至42℃。将5ml熔化的琼脂糖和5ml细胞混悬液混合。用一个封口的巴斯德吸管搅匀混合物,以保证细胞完全分散在琼脂糖中。 6.混合物移入预成形的Plexiglas模具(50~100μl,Pharmacia或Bio-Rad),或吸混合物到合适长度的Tyson管(内径3/32英寸)内,也可以吸入1ml塑料注射器内。室温放置15min,再移至4℃放15~30min。 7.琼脂糖凝固后,从Plexiglas模具收集凝胶栓,或从Tygon管和注射器挤出凝胶。将圆柱形凝胶栓切成1cm长的段。 8.3倍体积酵母裂解缓冲液内37℃温育凝胶块3h,化学通风橱内进行。 9.干净培养皿内加入3倍体积含有0.1mg/ml蛋白酶K和1%(m/V)Sarkosyl的L缓冲液。移入凝胶块,50℃温育3h。用新鲜等体积上述缓冲液替换旧的,继续50℃温育12~16h。 10.在50倍体积含40μg/mlPMSF的TE(pH7.6)50℃温育凝胶块1h。用新鲜等体积上述溶液替换旧的,继续50℃温育1h。 11.除去含PMSF的TE,用新鲜等体积TE(pH7.6)室温继续温育1h。
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