可溶性液体样品如血清、血浆、尿样，脑脊液以及细胞和组织的水溶性提取物，经很少的前处理便可进行2-DE分析。含蛋白质浓度较高的样品，如血浆和血清，可用适量样品溶解缓冲液稀释后肯接分析。但是，诸如白蛋白和免疫球蛋白一类的高丰宽蛋白质在2-DE图谱上常干扰其他表达量少的成分，将这些高丰度蛋白质去除可以克服这个问题,但同时叶能非特异性去除其他蛋白质。其他类型的液态样品可能含有较低的蛋白质浓度或较高盐浓度，将会干扰IEF时蛋白质的分离，这种样品可在2-DE分离前用透析或液相色谱脱盐，样品可以通过冻干，对聚乙二醇的透析或用TCA/丙酮沉淀的方法进行浓缩。研究发现TCA/丙酮沉淀对导致蛋白酶的失活进而减少蛋白质降解非常订用，同时可以排除干扰化合物，富集机械性蛋白质，如从全细胞裂解液中富集核糖体蛋白。