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我现在要用bac克隆自己标记成探针做人类染色体水平的fish,以确定染色体的具体断裂位置。
现在已经把bac克隆的质粒DNA提取出来了,但是在标记探针前,有以下几个疑问:
1:提取出的质粒DNA是否需要通过测序等方法进行验证该克隆的准确性?
2:是否需要把bac克隆的DNA从载体上酶切下来?如果酶切,UCSC数据库中提供的两侧序列末端的酶切位点就是吗?如果不用酶切,那载体片断在探针标记时会不会一同标记上从而影响后续试验结果?
3:在探针标记前,酶切或不酶切得到的bac克隆DNA是否需要进一步纯化?用普通的琼脂糖电泳切胶回收纯化就可以吗?那所用的切胶回收试剂盒应该是哪种的呀?
4:像我这种自己标记好探针,在作fish时,有现成的试剂盒吗?
第一次做fish,有好多不是很清楚的地方,查阅大量文献中也只是提供其中几个关键步骤,希望有经验的朋友提供宝贵意见,给与指导。
非常感谢!!!
现在已经把bac克隆的质粒DNA提取出来了,但是在标记探针前,有以下几个疑问:
1:提取出的质粒DNA是否需要通过测序等方法进行验证该克隆的准确性?
2:是否需要把bac克隆的DNA从载体上酶切下来?如果酶切,UCSC数据库中提供的两侧序列末端的酶切位点就是吗?如果不用酶切,那载体片断在探针标记时会不会一同标记上从而影响后续试验结果?
3:在探针标记前,酶切或不酶切得到的bac克隆DNA是否需要进一步纯化?用普通的琼脂糖电泳切胶回收纯化就可以吗?那所用的切胶回收试剂盒应该是哪种的呀?
4:像我这种自己标记好探针,在作fish时,有现成的试剂盒吗?
第一次做fish,有好多不是很清楚的地方,查阅大量文献中也只是提供其中几个关键步骤,希望有经验的朋友提供宝贵意见,给与指导。
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回复:时间:2021-07-28
1、不知你所选择BAC的原则,PCR或其它方法都可以,只要证明你所选的BAC是你的目的BAC就行了2、不用酶切,用缺刻平移试剂盒标记探针在300-1000bp,载体对杂交影响不大3、一般来说杂技会影响标记的效果,是否要纯化关键要看你的BACDNA的质量,如果你的BAC纯度较高不纯化也行,现在有BAC纯化试剂盒,价格也不高。4、罗氏公司的试剂盒效果很好
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