2021-08-13怎样的临床研究才能登顶lancet？——不会计算机的生物学家不是好医生[精华]

废话不多说，直奔主题。“Prediction of complicated disease course for children newly diagnosed with Crohn’s disease: a multicentre inception cohort study“ 从题目中可以读取的信息是针对儿童克罗恩病并发症预测的多中心的队列研究，newly diagnosed与inception相对应。inception cohort study翻译成起始队列，是特殊的 “prospective cohort”，特殊在于研究队列的集合时间接近疾病的初发时间，初发可定义为疾病诊断的早期，可靠性优于非起始队列。文中的具体操作方法是最开始入组的1813个病人是怀疑有肠道炎症性疾病的病人，入组后方被诊断为克罗恩病。因此被认为是起始队列。值得一提的是这批病人来自于RISK Study，全称是the Risk Stratification and Identification of Immunogenetic and Microbial Markers of Rapid Disease Progression in Children with Crohn’s Disease study。 相信从名称已经可以读出这项study的目的，聚焦于儿童克罗恩疾病，对于疾病快速进展的病人进行风险分层和免疫遗传、微生物标志物的识别。而本研究正是该study的一部分研究结果，可想而知，这个study里的队列还可以有更多的成果，比如出几篇文章。现在大多数SCI杂志对于临床研究接稿都要求试验开展前已进行临床试验注册，收完病人再去补注册是无济于事的，各位打算进行临床试验的看官请多多注意。本文中标注了ClinicalTrials.gov identifier NCT00790543，通过这个序列号我们可以在官网上找到它的注册信息和更详细的介绍。图二，ClinicalTrials.gov identifier NCT00790543网页截图

笔者将重点介绍此研究运用的生物信息和统计学知识，先做铺垫，看文章中临床如何结合基础开展试验，试验中又运用到哪些指标，希望可以对读者的研究方向有所启发。笔者尽量以简洁的语言和PPT图概述。作者行文逻辑清晰，以introduction为例，第一段，概念定义一路从克罗恩病→儿童克罗恩病→快速进展至并发症作为一类subtype→并发症分型：狭窄型（structuring，B2）和穿透型（penetrating，B3）→并发症发生的相关因素。第二段讨论了早期抗TNFα的治疗，后文procedure中对其进行定义。第三段从机制入手，谈细胞外基质（extracellularmatrixproteins，ECM）形成和降解间的平衡与两类并发症的联系。认为其异质性是由宿主因素主导的，受环境和肠道微生物菌群的影响。

主要检测了四个方面的特异性的指标：基因型、微生物血清学、回肠基因表达、肠道微生物。结果建立了竞争风险模型预测并发症发生；有穿透型并发症风险的病人更应早期进行抗TNFα治疗；肠道菌群方面，Ruminococcus与狭窄型密切相关，而Veillonella与穿透型相关；在狭窄型病人中，回肠ECM生成的基因表达上调，将基因因素加入模型预测特异性大大增加。从Methods、Findings可以看出introduction部分基本没一句废话，都是为了后来的内容做铺垫。