2021-08-01【求助】连接酶反应检测SNP的链接反应时为何有三对引物？分别是什么

我也是通过天昊生物做的SNP分型，同样为此苦恼。不过据我推测，FP（Forward primer）指的是正向连接的通用引物，RP（Reverse primer）指的是反向连接的通用引物，FA指的是正向连接的含目的碱基（腺嘌呤）的引物，FT指的是正向连接的含目的碱基（胸腺嘧啶）的引物，RC，RT，RA，RG可同理推测。不知能不能帮到你，如果你有更准确的解释，也请你留言，谢谢！

以下是我翻译自一篇SCI文章，也是使用的这个技术：针对每个SNP位点，设计了三个5＇端磷酸化探针，其中两个是5＇端等位基因特异探针，另一个是通用的3＇端探针。每一个5＇端探针都由5＇端部分一个特异染色序列和3＇端部分一个等位基因特异性序列所构成。3＇探针末端可能需要加入大小不等的填充序列，以便区分染色标记相同的连接产物。5＇端等位基因特异性探针的3＇端部分可以与目标基因组DNA进行杂交，并与附近的3＇端探针相连接；而5＇端部分则可以与寡核苷酸模板链杂交，并与相应的5＇端寡核苷酸连接并染色标记。通过这样的双重连接（一个标记连接和一个等位基因连接）之后，我们就可以得到一个有效的连接产物。这两个5＇等位基因特异性探针含有不同的5＇端特异染色序列，因此它们在标记连接过程中将用不同的染料进行标记。而且它们在3＇末端的单核苷酸也不相同，只有与正确的等位基因DNA模板结合后，才能与3＇端探针连接。因此，不同的等位基因的连接产物将被不同的染料标记。如此以来就可以在一个反应中显著增加SNP位点的检出数量。