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限制酶作用实际就是限制酶降解外源DNA,维护宿主遗传稳定的保护机制。甲基化是常见的修饰作用,可使腺嘌呤A和胞嘧啶C甲基化而受到保护。通过甲基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。根据限制酶的结构,辅因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型,分别是第一型(TypeI)、第二型(TypeⅡ)及第三型(TypeⅢ)。第一型限制酶同时具有修饰(modification)及识别切割(restriction)的作用;另有识别(recognize)DNA上特定碱基序列的能力,通常其切割位(cleavagesite)距离识别位(recognitionsite)可达数千个碱基之远。例如:EcoB、EcoK。第二型限制酶只具有识别切割的作用,修饰作用由其他酶进行。所识别的位置多为短的回文序列(palindromesequence);所剪切的碱基序列通常即为所识别的序列。是遗传工程上,实用性较高的限制酶种类。例如:EcoRI、HindⅢ。第三型限制酶与第一型限制酶类似,同时具有修饰及识别切割的作用。可识别短的不对称序列,切割位与识别序列约距24-26个碱基对。例如:HinfⅢ。
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