用于亲和层析的凝集素应根据它们结合的特异性和紧密度加以选择。例如，刀豆素A（ConA）与糖蛋白含有的葡萄糖或甘露糖结合，而麦芽凝集素只与具N-乙酰葡糖胺的蛋白质结合。胞膜糖蛋白常与麦芽凝集素结合，而可溶性糖蛋白却通常用ConA或扁豆凝集素亲和柱纯化。由于在许多情况下被纯化的糖蛋白的结构和特性不清楚，所以筛选一些凝集素与目的蛋白的结合状况常常是有用和必要的。用于此目的的凝集素试剂盒也可购得。

凝集素亲和层析相对易于操作。可用许多方法将凝集素固相化到介质。溴化氰偶联是普遍采用的方法。每ml介质材料能偶联凝集素。偶联时含有适宜的二价离子（0.1mmol／L）和保护性糖类（5％，w／v）是关键。保护性糖类在偶联过程中使结合部位不易接近而受到保护。许多凝集素亲和柱也可从市场购得。

以下步骤以介绍刀豆素A亲和柱纯化蛋白质为例，其他凝集素亲和柱的纯化步骤基本相似，只要换成适宜的洗脱用糖。相对长而细的层析柱有更好的分辨率，短而粗的柱子在小体积洗脱时具有更快的流速。小的试验柱（例如装填在巴斯德吸管内的）或在小离心管内进行的层析试验可用于估算柱的结合容量。