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2010-07-19【求助】clonetech smarter RACE试剂盒相关问题，请教各位前辈

mjd99sy
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我最近做race，用的是clonetechsmarterRACE试剂盒，但是再设计引物的时候，很难找到Tm》65，GC:50~70%的引物，一般来说Tm值可以通过增加引物长度得到满足，但是GC一般都很低都是40左右，这样的引物弄够做吗？
还有就是我准备做nestedPCR，试剂盒中提供了一个NUP（不知道试剂盒中提供的那个controlReagent序列是NUP的吗？），但是好像没有序列，那我在设计NGSP的时候不需要考虑试剂盒引物跟NGSP的二聚体或者二级结构吗？
谢谢~~
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相关回复

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-27

有前辈做过吗，提点下~~万分感谢·~

有用（0）

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回复：时间：2010-07-29

我觉得可以在5端修改几个碱基来提高GC%

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-23

Tm值低点式可以做的但GC含量低了就不行了。你仔细看看说明书，ShortUPM+NUP=LongUPM做巢式时，我是自己设计的引物，没有用到试剂盒给的nup。当然设计的时候还是要注意一些引物设计的基本要求的，网上又不少这方面的东西，你可以自己看看。当然，没有十全十美的引物，试试多设计几个，找出实验结果不错的那个就行。

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-21

谢谢前辈指点·~受益匪浅，呵呵~~

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-25

求助啊..................

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-28

求助啊

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-30

用水饱和酚。通常RNA用水饱和酚，DNA用Tris饱和酚。

有用（0）

已帮助 0人

回复：时间：2010-07-21

多谢红藻之吻！！您讲我设计的引物退火温度最好在55-60之间，就是说试剂盒中的innerprimer退火温度是存在很灵活的范围的？

有用（0）
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