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各位大侠好！我最近在做滚环扩增的时候遇到问题了，来和大家讨论一下，希望各路高手不吝赐教！
我做的是用锁式探针来检测dna模板的ram，探针80base，其中杂交区40base，引物分别为16、18base，连接酶选取的T4 ligase和Taq DNA ligase两种，分别对应恒温和变温情况下的扩增。水解体系为EXO I和Exo Ⅲ的混合体系，参考的外文文献，应该没什么问题。聚合酶用的是Bst DNA大片段聚合酶。
一开始选择的探针浓度为200pmol/L，扩增效果挺好，当时用的DNA模板是质粒阳性标准品，但是后来在做敏感性的时候发现条带梯度差异几乎没有，而且阴性也出带，后来就没法做敏感性和特异性验证了，实验停滞了2个月一直也没进展。
按理说RAM借助锁式探针扩增的独特方式以及水解体系的存在可以有效防止污染才对，希望大家给点建议该如何解决。
万分感谢！！！！！！！！！！
附一张以前做敏感性的图（marker为2000的DNA ladder）以做参考
我做的是用锁式探针来检测dna模板的ram，探针80base，其中杂交区40base，引物分别为16、18base，连接酶选取的T4 ligase和Taq DNA ligase两种，分别对应恒温和变温情况下的扩增。水解体系为EXO I和Exo Ⅲ的混合体系，参考的外文文献，应该没什么问题。聚合酶用的是Bst DNA大片段聚合酶。
一开始选择的探针浓度为200pmol/L，扩增效果挺好，当时用的DNA模板是质粒阳性标准品，但是后来在做敏感性的时候发现条带梯度差异几乎没有，而且阴性也出带，后来就没法做敏感性和特异性验证了，实验停滞了2个月一直也没进展。
按理说RAM借助锁式探针扩增的独特方式以及水解体系的存在可以有效防止污染才对，希望大家给点建议该如何解决。
万分感谢！！！！！！！！！！
附一张以前做敏感性的图（marker为2000的DNA ladder）以做参考
相关回复
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已帮助 0人
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回复：时间：2011-12-22
你好 我最近也在做滚环扩增 方法跟你的一样 用的试剂也很相似 在做等温扩增的那步时 用清水居然也可以跑出条带 感觉跟你的问题差不多 师兄说滚环扩增 很容易被污染 可是我换了环境和试剂后 还是会出现条带 请教一下 你的问题解决了吗 怎么解决的？
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