显微切割或流式分选的染色体经过PCR扩增制备整条染色体的DNA，被认为是对某条染色体全部涂染的高质量探针的首选途径。对于单个染色体、多色FISH(M-FISH)或光谱核型分析中所有24条染色体的涂染均是此种情况。下面提供的操作程序是简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)最原始操作程序的修改版本，适于用SpectrumOrange™dUTP或SpectrumGreen™dUTP扩增染色体DNA。此操作程序稍做修改或不做修改，就可以用各种其他的标记dUTP扩增染色体DNA。

反应涉及的寡核苷酸，其5端有XhoⅠ限制性内切核酸酶酶切位点，3端有确定的寡聚六核苷酸序列和中间有一系列简并核苷酸序列（所有四核苷酸的随机混合）。从理论上计算表明在整个基因组中每4kb就有一个这种确定的六核苷酸序列。在合适条件下，用此序列作为引物的扩增可绕过特定的3序列，也许通过一个或更多的简并核苷酸进行退火提髙稳定性，5端特定序列使得该引物在较高的温度退火。在实际应用中，DOP-PCR操作程序开始的几个循环中用低退火温度（低保真PCR)，然后进行多个循环的高退火温度（高保真PCR)，产生随机扩增的DNA混合物。流式分选的染色体一般通过两轮DOP-PCR的扩增，其产物在荧光标记的三磷酸核苷酸存在的条件下进行第三轮扩增而得到标记。虽然缺口平移方法也可以用于标记进行染色体分析的探针，但获得高质量探针一般不需该步骤。