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用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR实验一从悬浮细胞中制备用于DMS足迹分析的基因组DNA
实验方法原理 | |||||||||||
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实验材料 | 悬浮培养细胞 试剂、试剂盒 | PBS裂解液100%硫酸二甲酯(DMS)100%乙醇室温 仪器、耗材 | 50mL螺口聚丙烯管(如Coming公司产品)台式离心机
实验步骤 | 1)在50mL螺口聚丙烯管中分别准备3份49mLPBS,用前置于冰上预冷至少30min。配制裂解液并且在15mL螺口聚丙烯管中准备3份2.7mL裂解液。 2)将2份含有0.5×108〜1×l08细胞的培养液转移至50mL聚丙烯管中,在台式离心机上室温500g(在IECCentra-7R离心机上为1500r/min)离心5min,吸出并弃上清。留下足以将细胞重悬至1mL终体积的培养液,用手指弹击管底部,或用移液器轻轻地上下抽吸以重悬细胞。 3)对于对照(未处理的)悬浮细胞:将1mL重悬细胞加入1份49mL冰冷的PBS溶液中,轻轻颠倒以充分混合,于4℃500g离心5min,然后进行步骤8。 4)对于DMS处理悬浮细胞:将1mL重悬细胞转移到L5mL微量离心管中,然后在通风橱中的37℃水浴中保温。 5)将10μL室温100%DMS加入到90μL100%乙醇制备10%的DMS溶液。在涡旋混合器上振荡25s以充分混匀,稍加离心,收集液滴。10%的DMS用乙醇配制是由于该浓度的DMS不溶于水。 6)加入10μL10%的DMS溶液于保温的细胞中,轻轻颠倒以混匀,37℃温育1min。立即将细胞加入到冰冷的1份49mLPBS溶液中,轻轻颠倒以混匀,于4℃500g离心5min。此处所列出的DMS的用量及温育时间,适用于作为预备试验的出发条件,为得到最佳的DMS足迹,可能有必要对它们进行修正。 7)吸出并弃上清。然后从第3份冰冷的PBS溶液中取1〜5mL将细胞迅速重悬,立即加入冰冷的PBS到50mL管中,轻轻颠倒以混合。在4℃500g离心5min。 8)对于对照细胞和处理细胞:吸出并弃上清。细胞重悬于300μL冰冷的PBS,然后转移到独立的每份2.7mL的裂解液中,轻轻颠倒以混合。继续DNA提取步骤,并进行对照DNA的DMS处理及哌啶断裂 注意事项 | 其他 |
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