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酵母双杂交系统应用遇问题假阳性较二转化效率偏低所谓假阳性：待研究两蛋白间没发相互作用情况报告基激主要原由于BD融合诱饵蛋白单独激作用或者种融合蛋白激作用外蛋白激另外AD融合靶蛋白DNA特异性结合则单独激报告基表达排除假阳性需要作严格照试验应诱饵靶蛋白别作单独激报告基鉴定目前几公司推酵母双杂系统都采用报告基且每报告基游调控区各相同减少量假阳性另外报告基通整合染色体使基表达水平稳定消除由于质粒拷贝数变化引起基表达水平波造假阳性即使根据严格照实验证明确实发蛋白间相互作用应面进行析：（1）种相互作用否细胞内自发即蛋白细胞命否同间表达且定位同区域（2）某些蛋白依赖于遍蛋白蛋白酶解途径员具普遍蛋白间相互作用能力（3）些实际没任何相互作用相同模体（motif）两亲a-螺旋蛋白质间发相互作用十酵母双杂交技术直消除假阳性面断改进并且已取较效〔23〕酵母双杂交应用遇假阴性现象所谓假阴性即两蛋白本应发相互作用报告基表达或表达程度甚低至于检测〔4〕造假阴性原主要两 面：融合蛋白表达细胞毒性应该选择敏性低菌株或拷贝数低载体二蛋白间相互作用较弱应选择高敏菌株及拷贝载体目前假阴性现象虽实验主要问题应予重视
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