组织标本

mRNA 的分离实验一oligo(dT)纤维素亲和层析法

实验方法原理 
哺乳动物细胞的绝大部分mRNA在其3‘端均有一poly(A)尾,因此可以用oligo(dT)-纤维素亲和层析法从大量的细胞RNA中分离mRNA。
实验步骤
1. 用0.1 mol/LNaOH悬浮0.5~1.0goligo(dT)-纤维素。
 
2. 将悬浮液装入灭菌的一次性层析柱或装入填有用DEPC处理并经高压灭菌的玻璃棉的巴斯德吸管中,柱床体积为0.5~1.0 ml,用3倍柱床体积灭菌水冲洗柱床。柱床体积为1 ml的oligo(dT)-纤维素最大量为10mg总RNA,如果总RNA的量较少,则应减少oligo(dT)-纤维素的使用量,以防止poly(A)+RNA在过柱以及后续步骤中损失。
 
3. 用无菌的1×层析柱加样缓冲液冲洗柱床,直至流出液的pH值小于8.0。1×层析柱加样缓冲液为:20mmol/LTris- HCl(pH7.6),0.5 mol/LNaCl,1mmol/LEDTA(pH8.0),0.1%SDS。
 
可按以下方法制备灭菌的层析柱加样缓冲液:将适量无RNA酶的Tris-HCl(pH7.6)、氯化钠和EDTA贮存液混合在15lbf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸汽灭菌,待其冷却至65℃左右时加入已在65℃预热30 min的10%SDS贮存液。也可以用0.05 mol/L柠檬酸钠代替Tris- HCl,然后用DEPC处理柠檬酸钠-NaCl-EDTA和SDS的混合溶液。
 
4. 用灭菌水溶解RNA,于65℃温育5 min后迅速冷却至室温,加等体积的2×层析柱加样缓冲液,上样,立即用灭菌的试管收集洗液。当所有的RNA溶液均进入柱床后,加1倍体积的1×层析柱加样缓冲液,继续收集洗出液。加热RNA可以破坏poly(A)尾的二级结构。
 
5. 当全部溶液流出后,将收集液置于65℃温育5 min,重新上样,并收集流出液。
 
6. 用5~10倍柱床体积的1×层析柱加样缓冲液洗柱,分部收集洗出液,测定每一收集管的OD260。最后由于不带poly(A)的RNA洗过柱床,OD260会很高,后来OD260值则很小或为零。在某些方案中,上述步骤后还用5倍柱体积的含0.1 mol/LNaCl的1×层析柱加样缓冲液洗柱床,然而由于洗出的不带poly(A)的RNA很少甚至没有,因此这一步骤可以省略。
 
7. 用2~3倍柱床体积的经灭菌且无RNA酶的洗脱缓冲液洗脱mRNA,以1/3~1/2柱床体积分部收集洗脱液。洗脱缓冲液:10mmol/LTris-HCl(pH7.6),1mmol/LEDTA(pH8.0),0.05%SDS。
 
用于配制洗脱缓冲液的Tris-HCl和EDTA贮存液应为新近高压处理的溶液,可用适量的灭菌水稀释上述贮存液配制洗脱缓冲液。洗脱缓冲液不能高压处理,因高压处理会使溶液产生大量气泡。
 
8. 收集液置于透明的小容器内,测定OD260,使用前比色杯须用浓盐酸-甲醇(1∶1)浸泡1 h,再用经DEPC处理并高压处理过的水彻底冲洗,合并含有RNA的洗脱组分。经上述一轮oligo(dT)-纤维素亲和量层析后得到的RNA中,带与不带poly(A)RNA,其含量近乎相等。如欲进一步纯化mRNA,可将洗脱液于65℃温育3min,迅速冷却至室温,加入NaCl至终浓度为0.5 mol/L,用同一oligo(dT)-纤维素柱进行第二轮层析。
 
9. 收集oligo(dT)-纤维素柱层析的洗脱液,在mRNA溶液中加入3  mol/L乙酸钠(pH5.2)至终浓度为0.3 mol/L,混匀。加2.5倍体积用冰预冷的乙醇,混匀,冰浴至少30 min。
 
10. 于4℃以10000×g离心15min,回收poly(A)+RNA,小心弃去上清液,用70%乙醇洗涤沉淀(通常看不见沉淀),离心片刻,在空气中晾干核酸沉淀。
 
11. 用少量水重溶RNA,置于比色杯内,测定OD260,使用前比色杯须用浓盐酸-甲醇(1∶1)浸泡1  h,再用经DEPC处理并高压处理过的水彻底冲洗。
 
12. 将mRNA溶液由比色杯移至聚丙烯离心管内,加3倍体积乙醇,混匀,于-70℃保存备用。回收RNA时,只需取出一小份贮存液,加3 mol/L乙酸钠(pH5.2)至终浓度为0.3 mol/L,混匀,用微量离心机于4℃以12000×g离心5 min即可。
注意事项
1. OD260=1的溶液其RNA含量约为40μg/ml。
 
2. 从107个哺乳动物培养细胞中可获得1~5μgmRNA,所得mRNA通常只占上柱的总RNA的1%~2%。
 
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