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Northern Blot实验方法指导
一、材料
总RNA样品或mRNA样品,探针模板DNA(25ng),尼龙膜
二、仪器
恒温水浴箱,电泳仪,凝胶成像系统,真空转移仪,真空泵,UV交联仪,杂交炉,恒温摇床,脱色摇床,漩涡振荡器,分光光度计,微量移液器,电炉(或微波炉),离心管,烧杯,量筒,三角瓶,等.
三、试剂
NorthernMaxKit(Cat.#1940,Ambion,Inc.),琼脂糖,DEPC,X光底片,底片暗盒,RandomPrimer,dNTPMixture,111TBq/mmol[a-32P]dCTP,Exo-freeKlenowFragment和10XBuffer,SephadexG-50,SDS,双氧水,灭菌水等.
【方法与步骤】
1、用具的准备:
180度烤器皿:三角锥瓶、量筒、镊子、刀片等4小时.
电泳槽:清洗梳子和电泳槽,并用双氧水浸泡过夜,用DEPC水冲洗,干燥备用.
处理DEPC水(2L)备用.
2、用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染.
用RNAZap擦洗梳子,电泳槽,刀片等,然后用DEPC水冲洗二次,去除RNAZap.
3、制胶:
1)称取0.36mg琼脂糖加入三角锥瓶中,加入32.4mlDEPC水后,微波炉加热至琼脂糖完全熔解.60℃空气浴平衡溶液(需加DEPC水补充蒸发的水分)
2)在通风厨中加入3.6ml的10*DenaturingGelbuffer,轻轻振荡混匀.
注意尽量避免产生气泡.
3)将熔胶倒入制胶板中,插上梳子
如果胶溶液上存在气泡,可以用热的玻璃棒或其它方法去除,或将气泡推到胶的边缘.注:胶的厚度不能超过0.5cm.
4)胶在室温下完全凝固后,将胶转移到电泳槽中,加入1xMOPSGelRunningbuffer盖过胶面约1cm,小心拔出梳子.(配制250ml 1*MOPSGelRunningbuffer,在电泳过程中补充蒸发的buffer.)
5)检查点样孔.
4、RNA样品的制备
在RNA样品中加入3倍体积的formaldehydeloaddye和适当的EB(终浓度为10ug/ml).混匀后,65℃空气浴15min.短暂低速离心后,立即放置于冰上5min.
5、电泳:
1)将RNA样品小心加到点样孔中.
2)在5V/cm下跑胶(5x14cm).在电泳过程中,每隔30min短暂停止电泳,取出胶,混匀两极的电泳液后继续电泳.当胶中的溴纷蓝(500bp)接近胶的边缘时终止电泳.
3)紫外灯下,检验电泳情况,并用尺子测量18S、28S、溴纷蓝到点样孔的距离.
注意不要让胶在紫外灯下曝光太长时间.
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