STR/SSR/微卫星分析(含引物开发)相关交流-蚂蚁淘在线

提供商：	北京阅微基因技术有限公司
服务名称：	STR/SSR/微卫星分析细胞鉴定

www.microread.com 阅微基因加速您的研究！

一、背景介绍：
微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验，利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。

服务编号	方法	内容说明	价格	周期
STR01	SSR引物开发	开发未知基因组序列物种的引物	询价	2-4周
STR02	SSR引物筛选	筛选适合荧光检测的引物	询价	2-4周
STR03	引物设计与合成	荧光标记引物	询价	1周
STR04	PCR条件优化	单重和多重PCR	询价	1-2周
STR05	PCR扩增	荧光或非荧光	询价	1-4周
STR06	测序仪检测	用测序仪对单色或多色荧光标记DNA　片段进行分离和检测	询价	2-7工作日
STR07	原始数据分析	将原始数据分析为基因型	询价	1工作日-2周
STR08	群体遗传学分析	关联分析、连锁图构建等	询价	1-2周
STR09	AFLP检测	检测和数据分析	询价	2-5工作日

二、服务项目：
１．SSR引物开发
　　通过富集微卫星序列，开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证。

２．引物筛选
　　选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息（图1）。

图1用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果

３．样本批量扩增
　　用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台，可以满足大量样本扩增需求。

４．测序仪检测
　　带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件，见图2）。

图2　应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱

５．原始数据分析
　　编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapperv4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。

图3　GeneMapper软件分析后的电泳图谱

６．群体遗传学分析
　　利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

三、送样要求：
　　细胞（≥10⁶）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（≥20μl，浓度≥50ng/μl）；引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

四、提供结果：
　　引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

五、成功案例：
　　到目前为止，我公司与上百家科研机构建立合作，进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。

六、相关技术及产品

相关技术服务
服务编号	服务项目	内容说明
EXT01	DNA提取	从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA，可应用液体　工作站进行批量处理

相关产品
名称	品牌	规格	说明
微卫星文库构建试剂盒	Microread	5次	磁珠法，速度快，成功率高
多重PCR复合扩增体系	Microread	100/500次	专用于多重PCR的复合扩增体系，可实现10重以上扩增
血液直接扩增体系	Microread	100/500次	具有极强的抵抗抑制剂能力，直接　从血液中扩增基因片段而且特异性优秀
植物叶片直接扩增体系	KAPABIO	100/500次	直接从叶片中扩增DNA，省时省力
BloodPCRMixA	KAPABIO	500/1000rnx	直接从血液中扩增基因片段
BloodPCRMixB	KAPABIO	500/1000rnx	直接从血液中扩增基因片段
热启动Taq酶	Microread	250/500/1000U， 2.5U/μl	化学修饰，热启动，特异性极好，性价比很高
2GFastTaq酶	KAPABIO	100/250/500U	经过基因工程改造，快速PCR，30分钟完成扩增；抗抑制剂能力超强
2GFastTaq酶（热启动）	KAPABIO	100/250/500U	经过基因工程改造，快速PCR，30分钟完成扩增；抗抑制剂能力超强
2GRobustTaq酶	KAPABIO	100/250/500U	经过基因工程改造，极强的抗复杂模板能力，适合高GC含量
2GRobustTaq酶（热启动）	KAPABIO	100/250/500U	经过基因工程改造，极强的抗复杂模板能力，适合高GC含量
高保真Taq酶	KAPABIO	100/250/500U	高度保真性，抵抗抑制剂
高保真Taq酶（热启动）	KAPABIO	100/250/500U	高度保真性，抵抗抑制剂
基因组DNA提取试剂盒	Microread	50/100次	离心柱型，纯度更高
DNA快速提取试剂	KAPABIO	50/100/250/500次	20分钟完成提取，操作简便
ROX500分子量内标	Microread	500/1000次	70-500bp
LIZ500分子量内标	Microread	500/1000次	35-500bp
POP4胶	Microread	7ml	3130/3100系列测序仪用
POP7胶	Microread	28ml	3730系列测序仪用
310毛细管	Microread	47cm，5根	基因分型用

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