NEBNextUltraIIDNA文库制备试剂盒能够用更低起始量的DNA构建高质量的文库。文库制备每一个步骤中的试剂都经过优化,能够从500pg至1μg的起始DNA高效构建高质量的文库。新一代的NEBNext试剂采用了快速、流程化、自动化的工作流程,在降低PCR循环数的同时提高了GC覆盖度。本试剂盒与PCR-free的工作流程兼容,且对于难以建库的样本,如FFPE样本,也有很好的效果。
优势:
更高的文库产量,满足您更多需求;
即使在DNA样本量非常低的情况下(低至500pg),依旧能够产生高质量的文库;
适用于所有DNA样本,包括富含GC的区域及FFPE-DNA样本;
提高靶向富集等应用的产量及质量
流程化的操作过程,操作时间大大减少,与自动化建库设备兼容;试剂盒和模块提供了极大的选择灵活性。
了解更多NEBNextUltraII解决低起始量及难以建库样本问题的信息,请下载技术手册。
图1:NEBNext® Ultra™ IIDNA 文库制备试剂盒从不同起始量 DNA 均能得到最高的文库产量及接头连接分子转化效率。
A:以人NA19240基因组DNA为样本制备文库,起始量和PCR循环数如图所示。文库构建按照各生产商推荐方法进行,省略片段筛选的步骤。
B: 以人NA19240基因组DNA为样本制备文库,起始量和制备试剂盒如图所示,文库的构建按照生产商推荐的方法进行,不进行扩增步骤。接头连接的分子用qPCR进行定量,定量的结果以UltraII的转化率为基准进行标准化处理。对于不同起始量DNA,UltraII试剂盒均能产生最高的接头连接分子转化效率。
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图2.:对于不同GC含量及起始量的微生物基因组DNA,NEBNextUltraII能获得均一的GC覆盖度。
以500pg,1ng及100ng的基因组DNA为起始样本,使用UltraIIDNA文库制备试剂盒进行建库后
使用IlluminaMiSeq® 测序。使用Bowtie2.2.4将Reads进行比对并使用PicardsCollectGCBias
Metrics(v1.117)计算GC覆盖度。预期的标准化覆盖度1.0以灰色的水平线表示,不同GC%中100bp区域的数量以灰色条形图显示。不同颜色的线形图表示标准化后的文库覆盖度。
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图3:NEBNextUltraII在PCR-free实验流程中可以得到非常高的产量。
以100ng人NA19240基因组DNA为起始样本构建文库,文库制备试剂盒如图所示,文库的构建按照生产商推荐的方法进行,不进行扩增步骤。文库产量用NEBNext文库定量试剂盒进行qPCR定量。使用
NEBNextUltraII试剂盒得到的文库产量最高。
表1:使用NEBNextUltraII能够在PCR-free实验中获得最高的测序质量。
以100ng人NA19240基因组DNA为起始样本构建文库,使用的文库制备试剂盒如图所示,文库的构建按照生产商推荐的方法进行,不进行扩增步骤。文库使用IlluminaNextSeq500进行测序。测序得到的
Reads使用Bowtie2.2.4比对到GRCh37参考基因组。数据显示NEBNextUltraIIDNA文库制备试剂盒
在PCR-free实验流程中得到高质量的测序读数,即使在起始量非常低的情况下。
%Mapped:比对到人GRCh37参考基因组的百分比。
%Duplication:比对序列中重复的百分比。%Chimeras:序列中超过最大插入片段或两端比对到不同染色体上的百分比。
表2:NEBNextUltraII能够从FFPEDNA样本中构建高质量文库。
以17-30ng的FFPE组织样本中提取的DNA为起始样本制备文库,组织来源如上表所示,扩增循环数为10个循环,用IlluminaMiSeq进行测序。
测序得到的Reads使用Bowtie2.2.4比对到GRCh37参考基因组
%Mapped:比对到人GRCh37参考基因组的百分比。
% MappedinPairs: matepair也能比对到参考基因组的百分比。
%Duplication:比对序列中重复的百分比。
%Chimeras:序列中超过最大插入片段或两端比对到不同染色体上的百分比。
数据显示使用NEBNextDNA文库制备试剂盒能够获得高质量的测序结果,即使是起始量非常低的FFPE样本。
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图4:NEBNextUltraII可为靶向富集提供高产量文库。
当使用Nimblegen进行靶向富集时,首先以100ng人HG02922基因组DNA为起始样本,分别使用
NEBNextUltraII及NEBNext接头引物,或Kapa文库制备试剂盒SeqCap® 接头(Roche)。随后的靶向富集使用NimbleGenSeqCapHumanExomev3试剂盒完成。
当使用Sureselect进行靶向富集,首先以200ng人HG02922基因组DNA为起始样本,分别使用
NEBNextUltraII及NEBNext接头引物,Kapa文库制备试剂盒及NEBNext接头引物,和SureSelect
ReagentKit,Illumina(ILM)平台配合Herculase® IIFusionDNA聚合酶进行建库。随后的靶向富集使用SureSelect® HumanAllExonV6试剂盒完成。
实验均按照生产商推荐的方法进行,包括推荐的PCR循环数及捕获前和捕获后处理。使用NEBNext
UltraII构建的文库在两种富集方法下均可获得更高的捕获后产量。
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批间质控
本批次的试剂盒是单独管理并通过功能验证。每个组分均通过标准的酶活性检测及质控,并通过严格的额外质量控制,质控情况可在每个组分的单独页面查询。
试剂盒组分
本试剂盒提供以下组分
需要但试剂盒中不提供的试剂及材料:
1.80%Ethanol(新鲜制备)
2.Nuclease-freeWater
3.0.1XTE(1mMTris-HCl,pH8.0,0.1mMEDTA)
4.DNALoBindTubes(Eppendorf#022431021)
5.SPRIselect® ReagentKit(BeckmanCoulter,Inc.#B23317)或
6.AMPure® XPBeads(BeckmanCoulter,Inc.#A63881)
7.NEBNextSingleplexorMultiplexOligosforIllumina(E7350, E7335, E7500, E7600)
8.磁力架
9. PCR仪
可选试剂:
1.10mMTris-HCl,pH8.0或
2.10mMTris-HCl,pH8.0with10mMNaCl(用于起始量≤100ng时接头稀释)
贮存温度:
-20°C