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分离纯化总RNA
1)用酸性酚-硫氰酸胍-氯仿提取纯化组织和细胞中的RNA
1.选取从组织细胞或细胞中提取RNA的适宜方法
组织
a.分离组织并立即置于液氮中。
b.将约100mg冰冻组织含液氮的研钵中,用研棒研磨。研磨过程中可加入液氮使组织保持冰冻状态。
c.将组织碎末移入含3ml溶液D的管中。
D溶液(变性液)
4mol/L硫氰酸胍
25mmol/L柠檬酸钠·2H2O
0.5%(m/V)月桂基磺酸钠
0.1mol/Lβ-巯基乙醇
将250g硫氰酸胍、0.75mol/L(pH7.0)柠檬酸钠17.6ml和26.4mol10%(m/V)月桂基磺酸钠于293ml水中。加入搅拌子于磁力搅拌器上65℃混匀,直至完全溶解。室温贮存溶液D,每次临用前加入14.4mol/L的β-巯基乙醇,每50ml溶液D加0.36ml。溶液D可在室温下避光保存数月。注意胍基盐在低温下易沉淀。
d.用搅拌子室温下搅拌组织15~30s。
哺乳动物悬浮细胞
a.室温下200~1900g离心5~10min(1000~3000r/min用SorvallRT600,H1000转子)收获细胞。
b.吸出培养基将细胞重悬于1~2ml冰预冷的PBS中。
c.离心收获细胞,彻底吸尽PBS,每106细胞加2ml溶液D。
d.用搅拌子室温下搅拌细胞15~30s。
哺乳动物单层培养细胞
a.吸出培养基用5~10ml冰冷的PBS洗细胞一次。
b.吸出PBS加入溶液D覆盖细胞,90mm培养皿加2ml(60mm培养皿加1ml)。
c.将细胞溶解物移至管中。
d.用搅拌子室温下搅拌溶解细胞15~30s。
2.将混合物移至一管中,在每毫升溶液D中立即加入0.1ml2mol/L的醋酸钠(pH4.0),1ml酚,0.2ml氯仿-异戊醇。加入每组组分后,盖上管盖,倒置混匀。
3.将匀浆剧烈振荡10s。冰浴15min使核蛋白质复合体彻底裂解。
4.10000g(9000r/min用SorvallSS-34转子)4℃离心20min,将上层含RNA的水相移入一新管中。
5.加入于提取的RNA等量的异丙醇。充分混合液体,并在-20℃沉淀RNA1h或更长时间。
6.10000g(9000r/min用SorvallSS-34转子)4℃离心30min,收集沉淀的RNA。
7.轻轻倒出异丙醇加入溶液D溶解RNA颗粒,每1ml第一步所使用的溶液加0.3ml溶液D。
8.将溶液移至一微量离心管,涡旋混匀,并在-20℃用等量异丙醇沉淀RNA1h或更长时间。
9.在微量离心机上,于4℃最大速离心10min收集RNA沉淀。用75%的乙醇洗涤沉淀2次,重复离心。用一次性使用的吸头吸出残存的乙醇。将打开盖的离心管在实验台放置几分钟,以便乙醇蒸发。RNA不可完全干燥。
10.加50~100μlDEPC处理过的水。将RNA溶液贮存于-70℃。
11.估计RNA的浓度。
2)根据大小分离RNA:乙二醛化RNA的琼脂凝胶电泳
1.配制乙二醛变性反应液。在无菌离心管中混合:
RNA(总共10μg)1~2μl
乙二醛反应混合液10μl
2.盖上离心管的盖子,将RNA溶液在55℃放置60min,在冰水中冰浴10min,然后离心5s,使所有液体沉到离心管底部。
3.在样品加热过程中,将琼脂凝胶装到水平电泳仪的盒子中。加入足够的1×BPTE电泳缓冲液,使其没过凝胶约1mmol/L。
4.将1~2μlRNA上样缓冲液加到乙二醛化的RNA样品中,然后马上把RNA样品加到凝胶加样孔中,留着两边最外面的两个孔不要加样。将RNA相对分子质量标准参照物加到最外面的孔中。
5.以5V/cm的电压进行电泳,直到溴酚蓝迁移大约8cm。
6.将凝胶放在保鲜膜上,在紫外灯下观察RNA。把透明尺和凝胶对齐,在紫外灯下拍照。
7.在照片上量出从加样孔到各RNA条带的距离。以RNA片段大小的对数(log10)值对迁移的距离作图。用得到的曲线计算点杂交检测到的RNA的大小。
8.用上行或下行毛细管转移法把RNA固定在固体支持物上。
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