将被分离的样品交替进行低速离心与高速（或超速）离心。差速离心适用于从组织培养液、鸡胚尿囊液或经过红细胞吸附－释放的病毒悬液中提纯病毒。在由感染细胞或组织匀浆中提取病毒时，由于与病毒大小相近的细胞亚单位及碎片的存在，提纯效果不理想。

以差速离心法分离提纯病毒时，经常以低速(2000~3000r/min,20~30min)及中速(10000r/min,20~30min)去除较大的宿主细胞碎片、污染的细菌及其它较大的杂质。然后，选择在60min内能够沉淀80%以上的病毒粒子的较高速度，离心1~2h使病毒沉淀。