1.将融合后的杂交瘤细胞以低密度（最好是每三个孔有一个细胞）接种到多个96孔聚苯乙烯组织培养板中，培养于HT培养基中。约2周后用96格-网格纸片记录克隆数以检查并鉴定出所有的单克隆杂交瘤细胞培养孔。在含有一个克隆的孔下做上标记以便于鉴别。

2.采用无菌技术从每个潜在的候选孔中吸取部分上清（如从200μl培养液中吸取100μl转移到另一96孔聚苯乙烯板（「筛选平板」）中。记录初始培养板的编号和孔的位置以及相应的筛选平板的平板编号和孔的位置（如在代表筛选平板的网格纸片上记录上清液来源的初始平板的编号和孔的位置）。往初始培养板的每个孔中补加100μl37℃的新鲜HT培养基。

3.往筛选平板各孔的上清液中加入150μl筛选稀释液。

4.从筛选平板的每个候选杂交瘤上清液中取一小份（如50μl），以同种磷酸肽-BSA交联物为抗原用ELISA进行筛选。记录每个阳性样品所对应的筛选平板编号和孔的位置，以及相应的初始培养板的编号及孔的位置。同时检测用于融合的小鼠的免疫前血清（阴性对照）和免疫后血清（阳性对照），将两种血清按照1:100稀释于HT培养基与筛选稀释液的混合液（1:1）中，然后再进行测量。再包含一个仅含筛选稀释液（额外的阴性对照）的ELISA。

5.从步骤4中筛选出的阳性样品中取一小份针对同种非磷酸肽-BSA交联物进行ELISA筛选以去除具有不依赖磷酸化反应性的克隆。取一份针对非相关的磷酸酪氨酸肽-BSA交联物进行ELISA筛选以去除对磷酸酪氨酸没有选择性而都能发生反应的克隆。此外，如果预测能与同源磷酸蛋白质有交叉反应，还要进行针对任何可能有交叉反应的同源磷酸蛋白质-BSA交联物的ELISA筛选。

6.将满足所有筛选条件的克隆进行扩增，分装并部分冻存，其余的通过有限稀释进行亚克隆。

7.按照步骤4和5的方法对亚克隆的培养上清液进行筛选以检测抗体的持续产生及其特异性。

8.为了进一步对亚克隆进行定性并鉴定出最有用的克隆，用各种免疫检测方法（如免疫沉淀法或免疫印迹分析法）测试培养上清液对同种全磷酸蛋白质的反应性。