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2021-08-12求助TaqMan探针做SNP分型问题

ruili32657230
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最近用TaqMan探针做已知位点的SNP分型，用FAM和VIC分别标记对应探针，试验中发现纯合子中不配对的探针信号也会上升（如图一，GG型只允许FAM上升，结果VIC也上升；图三只允许VIC上升，结果FAM同时上升。。），想问一下是什么原因？怎么解决？谢谢大家！


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相关回复

已帮助 0人

回复：时间：2016-12-03

第一次做就这样还是逐渐出现的，有没有做空白，空白有峰吗

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回复：时间：2016-12-09

seuzsl第一次做就这样还是逐渐出现的，有没有做空白，空白有峰吗每次都是这样的曲线，无模板对照每次都设的，正常（一条平线到底）。

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回复：时间：2016-12-03

请问这个问题解决了吗

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回复：时间：2016-11-29

请问问题解决了吗？

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回复：时间：2016-12-05

请问问题解决了吗

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回复：时间：2016-12-07

也遇到同样的问题，通过genotyper可以分析。我也在想是否能改变条件消除非特异信号。

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回复：时间：2016-12-02

如果是用普通taqman，建议换成MGB探针，还有，模板浓度可以适当稀释。

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回复：时间：2016-12-10

danceboyycx如果是用普通taqman，建议换成MGB探针，还有，模板浓度可以适当稀释。模板浓度25ng/ul合适么

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回复：时间：2016-11-30

请问你是用什么机器测的DNA浓度呢？

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回复：时间：2016-12-09

纯合子理论上只应该有一种探针结合，要么是FAM要么是VIC，当然这只是理论上。通常情况下或多或少的都会有非特异性结合，也就是说不该结合上的探针也结合上去了，只不过这种比例较少。如图：红色和蓝色是两个纯合子。完美的状态下，他们应该分别平行于X、Y轴，但实际上却没有。从图中我们可以看出，两种纯合子分别向中间靠拢了，也恰恰说明了这个问题。

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