DCAM09：DNA甲基化趋势与基因表达调控的关联分析

mayitao  /发布时间:1628357402 /浏览量:36   

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DCAM-09：DNA甲基化趋势与基因表达调控的关联分析
 

本方案针对基因转录水平和对应的基因甲基化程度进行关联分析，期望识别出甲基化空间/时间特异性与基因表达转录调控之间的联系。该分析模块需要结合基因转录组表达谱数据。可以通过RNA-Seq测序方法或表达谱芯片获取基因转录组表达谱数据。
 
在分析模块中，我们主要针对基因的上下游，基因体，外显子区的甲基化，内含子甲基化等不同分段序列进行甲基化基因比例的统计（图-A）；另外，针对假基因和非表达基因也进行甲基化程度和比例的计算（图-B）。结合基因的表达水平，我们对基因体内的甲基化，启动子区甲基化，非甲基化和全部情况分类进行讨论，计算各自情形在表达水平区间内的比例（图-C）；最后，在样本对比的同时，利用信息熵值（Entropy）的概念计算样本（例如，组织tissue）特异性与基因体内甲基化，启动子区甲基化和非甲基化的各自情形比例（图-D）。类似的，我们针对基因的5’端边界和3‘端边界，分别对甲基化和非甲基化的启动子/基因区进行表达谱程度（纵轴）的刻画，分析甲基化位置特异性和强度与表达谱强度之间关联（图-E.F）

 

 
对甲基化差异区域基因表达情况和甲基化程度进行关联分析。我们还分析DNA甲基化与基因表达水平的关联性。对于实验组和对照组，我们将区分开来分别讨论关联性。同时，关联性分析只考虑场染色体内的具有显著DNA甲基化差异的CpG位点。
 
首先，对实际样本观测情况和随机模拟情况进行对比，分别统计各自密度函数，最后统计得到过甲基化基因中在转录水平上下调所占的比例（下图A，B）。另外，以CpG岛为考察对象，同样通过与随机情况对比识别在过甲基化CpG岛中具有下调基因所占的比例（下图Ｃ，Ｄ）。

 

 

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/solution/Biochip/78.html

 

 

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