萤火虫荧光素酶的底物D-Luciferin
Biotium提供三种形式的D-荧光素：D-荧光素游离酸、D-荧光素钾盐和D-荧光素钠盐，钾盐钠盐的形式是最通用的，因为它们都易溶于水。氧化还原酶的底物
氧化还原酶的底物。β-葡萄糖酸苷酶的底物X-GlcU
检测β-葡萄糖酸苷酶（β-Glucuronidase）的活性广泛应用于鉴别食物和水中的大肠杆菌污染，此酶由GUS基因编码，GUS也频繁被使用为植物中的报道基因。碱性磷酸酶底物BCIP/NBT
Biotium公司提供几种常用的碱性磷酸酶（alkalinephosphatase）的生色及荧光作用底物。蛋白酶底物
耦联7－氨基－4甲基香豆素的染料是肽酶常用的作用底物，相对较小的染料来说，酶更容易水解染料－肽链共价键一些。底物本身在326nm处吸收在392nm微弱发射，水解产物AMC在342nm处吸收在441nm强烈发射。β-半乳糖苷酶的底物X-Gal
Biotium提供一系列发光的β－半乳糖苷酶作用底物，能够产生明显的有色沉淀。半胱氨酸蛋白酶底物（NucView488）
NucViewTM488是一种具有细胞膜通透性的酶荧光底物，一般用来检测活细胞中Caspase-3的活力。Renilla荧光素酶底物（Coelenterazine）
Renilla荧光素酶催化其底物coelenterazine氧化发光，编码此酶的基因是常用的报道基因，因为它的表达能在很低的水平被可靠的检测出来。