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古朵生物:Western Blot 中如何选择内参抗体√_分析方法_仪器仪表技术文献
betaActin、betaTubulin、GAPDH、LaminB1、PCNA等已作为成熟的内参运用到试验中,下面就大致介绍下如何选择内参:
样本来源
●如果是哺乳动物的组织或细胞,主要以betaActin、betaTubulin、GAPDH、LaminB1、PCNA为代表;
●如果是植物样本,主要以actin、Rubisco为代表。
目的蛋白定位
●全细胞蛋白和细胞质:betaActin、betaTubulin、GAPDH等;
●细胞核蛋白:PCNA等;
●核膜蛋白:LaminB1等;
●胞膜蛋白:Na(+)/K(+)ATPase等。
目的蛋白分子量
betaActin、betaTubulin、GAPDH的分子量分别是42kd,50kd,37kd,目的蛋白分子量最好能与内参蛋白分子量相差5kd以上,才能分开目的蛋白和内参,写文章做图也更美观;
三大内参
betaActin,肌动蛋白,细胞骨架蛋白。它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。betaActin作为内参是得到公认的,针对大多数组织和细胞来说的,它广泛分布于细胞质内,表达量非常丰富。但是在一些少量特殊的情况下比如脂肪组织和细胞内,betaActin的表达量就很少。
GAPDH,甘油醛-3-磷酸脱氢酶,该酶是糖酵解反应中的一个酶,几乎在所有组织细胞中都高水平表达,在同种细胞或组织中的表达量一般是恒定的,且很少受外部诱导物的影响。但比如缺氧和糖尿病等疾病存在下,会增加GAPDH在特定细胞和组织中的表达。
betaTubulin,微管蛋白,细胞骨架蛋白。作为内参抗体,betaTubulin表达通常不会发生改变,因此被广泛用于WesternBlot内参,也常被用于免疫染色观察细胞的微管结构。
下面是在开发抗体时的一点心得,希望对大家有帮助。
1.不同的内参在选择上也要根据具体的样本情况选择,没有一种内参能适用所有的组织和细胞样本。比如,血红细胞(因为其细胞结构的特殊性和需要携带氧气的功能性)样本就不适合以上3种常用内参。如果使用会导致结果很差或者没有结果。可以选用血红细胞的结构性蛋白作为内参代替。
2.在做多组织多细胞样本对比表达量时,最好选用GAPDH作为内参,因为GAPDH是代谢类蛋白,在活组织中表达比较恒定。而betaActin和betaTubulin是结构蛋白,不同组织的细胞结构会有差异性,如脑组织的tubulin的表达会高一些(因为神经细胞的轴突和树突都由tubulin维持结构),而actin的表达量可能会低一些。再比如,骨骼肌、心肌和平滑肌的特殊功能反而导致了tubulin的表达改变和特化。心肌的betaActin的表达量可能变少,而alphaActin表达量高。因为这些组织的差异,现在慢慢采用总Actin和总tubulin作为内参,可以尽量减少一些组织表达量差异。
3.做各种分泌液样本的时候,如血浆,乳汁,组织液等,以上的3种内参也不是很合适。由于没有完整的细胞结构,所以只能选择一些分泌蛋白作为内参,或者采用其他方式作为内参。
4.做诱导后样本或检测磷酸化等修饰性抗体时,选择结构蛋白作为内参,如betaActin和betaTubulin。因为GAPDH是代谢类蛋白,表达量有可能会受到诱导处理的影响。同时,做修饰性抗体的WesternBlot实验,最好也带上同抗原的总抗作为阳性对照。
5.做WesternBlot实验时,内参的条带强度也要适当控制。不要让内参条带发生过度曝光的情况,尤其是用X胶片曝光的。如果内参条带过度曝光,条带会显得很宽,妨碍对条带正确强度的判读,进而影响对其他实验结果的判断。最好的内参结果是:窄窄的,黑色实心条带。
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