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Southern 杂交一般操作
一基因组酶切和电泳在200μl微量离心管中加入:25μlDNA样品(约10μg),3μl限制性内切酶(MBI,10U/μl)5μl相应的10×buffer,补水到50μl。然后加一滴矿物油覆盖,稍微离心后放于37℃水浴8-12小时。酶切完后,取5μl酶切DNA样品于0.8%的琼脂糖凝胶上检测酶是否充分。如果酶切充分,灌制0.8%的agrose胶,加入上样buffer后,在25—30V稳压电泳12—16hrs。注意:在southern杂交中对,DNA的质量要求较高,否则酶切不完全导致失败。二转膜1用0.2MHCl脱嘌呤处理,偶尔轻轻振荡至溴酚蓝完全变成黄色,大约需要15~30分钟。然后用水漂洗凝胶2~3次,将水倒尽,加入碱变性液,偶尔轻轻振荡至溴酚蓝完全恢复到原来的蓝色(大约需要20~30分钟)。注意:此方法对酶切后目标片段大于15kb时用,如果小于15kb最好不要进行脱嘌呤处理,否则容易将片段打断,导致转膜后结合不紧密。2取一磁盘架上一洗净玻璃板,在磁盘中倒入适量的转膜缓冲液,在玻璃板上架两层长滤纸(30cm左右)(注意不要产生气泡)搭成盐桥。(滤纸比胶弱宽)依胶大小裁好尼龙膜,写好标记,正面向下,紧贴于胶上,防止有气泡产生,接这压两张同样大小的滤纸,不可过大以免短路,胶周围用X光片压条。胶应反面朝上因为DNA多在胶的底层。堆积吸水纸。上面放一小玻板,板上加一500g左右的重物。注意:防止短路3转膜16---20hrs后,将尼龙膜取下,胶染色,观察转膜效果。将膜用2xSSC浸泡20分钟,滤纸吸干后放在烘箱中烘2hrs(80℃)。待用。三杂交¨杂交炉与杂交管预热至65℃¨尼龙膜用2×SSC浸泡配置杂交液ssDNA沸水变性10min,冰浴10min,置冰浴备用ComponentsVolume(ml)NoteddH2O20.750×Denhardts0.6P/Hstock8.120%SDS(OR10%SDS)0.3(OR0.6)Total30mlfor2blots.65℃预热.AddpreparedssDNA(10mg/L)≥0.3ml倒入杂交液,加入尼龙膜,65℃预杂交4~5小时(新膜)注意:赶尽膜与膜之间的气泡后把几张膜同时放入杂交管,并用玻棒赶尽膜与管壁之间的气泡,最后加入杂交液,盖好管盖。四探针标记(for1~2blots)ddH2O7mlMarker1.5ml模板DNA2ml(about100ng)沸水变性8min,冰浴10min,瞬时离心AddBuffer+Primer7.5mlAdddNTPs(-dCTP)3mlAddKlenow(about1.5U)1ml(2U/ml)瞬时离心Add32p-dCTP1~2ml(10~20uCiperblot)37℃水浴≥4小时五杂交向标记探针的离心管中Add等体积TE25mlAdd10×体积变性剂(杂交液)250ml沸水变性10min,冰浴10min,将变性好的探针加入到杂交液中,混匀,65℃杂交过夜(12~16小时)。六洗膜1.2×SSC,0.5%SDS5min2.0.1×SSC,0.1%SDSxmin(RT)3.0.1×SSC,0.1%SDSχmin(65℃)(洗膜过程中不断检测放射性强度直至200~500)滤纸吸干洗液,保鲜膜包好,暗室中压片,根据放射性强度暴光若干天。冲洗X光片。说明:由于做southern的整个过程比较复杂涉及到的试剂也比较多,我这里仅做了个简要的叙述,但基本的实验过程已列举出来了,此过程中的试剂可以根据具体的实验要求适当调整,如果各位有那里不清楚或者那些部分需要具体的介绍,请与我联系,我们共同讨论学习,另外,做杂交的过程中一定要注意防止同位素泄漏,做好个人的防护工作。
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