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基因芯片- 仪器信息网

作者: 时间:2024-09-20 点击量:

仪器信息网基因芯片专题为您整合基因芯片相关的最新文章,在基因芯片专题,您不仅可以免费浏览基因芯片的资讯, 同时您还可以浏览基因芯片的相关资料、解决方案,参与社区基因芯片话题讨论。电泳芯片中结构和芯片电泳分离操作参数的模拟、优化和实验验证检测方案(毛细管电泳仪) 选择了L 2精氨酸和L 2苯丙氨酸为分离样品体系,根据电泳实验提出样品基本参数,通过模拟计算考察了进样管道宽度和进样时间对进样方差的贡献 根据分离度与分离长度拟合曲线确定电泳芯片的有效分离长度 对化学发光柱后衍生管道施加的夹流电压进行了模拟优化,得出氨基酸体系分离分析的电泳芯片设计方案和操作参数为:进样管道宽度为分离管道宽度的1 /2,简单进样充样时间应大于5 s,分离管道有效分离长度为30 mm,衍生夹流比1. 0~1. 6。根据模拟优化结果提出了电泳芯片设计方案,采用整体浇注法制作带有柱后衍生反应器的PDMS电泳芯片,按照模拟计算提出的电压操作参数实现了精氨酸和苯丙氨酸样品体系的准确进样、芯片电泳分离和柱后衍生化学发光检测。电泳过程模拟结果和实验结果相结合,考察了柱后衍生对样品谱带展宽的影响,简单进样过程样品泄露引起的谱峰拖尾现象,并讨论了夹流进样法对减小进样方差和抑制样品泄露的贡献。双色荧光杂交芯片在近交系小鼠遗传监测中的应用 应用一种新的高通量SNP 检测方法-双色荧光杂交芯片技术进行近交系小鼠遗传监测。应用双色荧光杂交芯片技术对4 个品系近交系小鼠的多个基因组DNA 样本进行SNP 分型,整合6 个SNP 位点的芯片杂交信息,对样本所属品系进行判断。Klarite SERS 芯片跟其他产品性能对比 拉曼光谱技术可以用来获取反映物质组成结构信息的指纹图谱。而表面增强拉曼(SERS)技术可以将通常非常微弱的拉曼信号强度放大到1百万倍以上。 Klarite芯片的独特设计和生产工艺使得它具有优秀的重现性,无论是医学诊断,药物检测 还是刑侦,国土安全等应用,Klarite芯片都可以一展身手。产品特点可重复性 -- 由于采用半导体制造工艺,获得了卓越的测试结果可重复性灵敏度 -- 百万倍的信号增强特异性 -- 保留丰富的固有拉曼信息灵活性 -- 多种样品制备方法应用由于Klarite芯片所具有的高度可重复性。使得它可以被广泛应用于工业和科研应用中。-- 国防和国土安全 (包括生化危险探测)-- 产品认证-- 食品分析-- 制药工业-- 刑侦 基因芯片及其在病原微生物检测中的应用基因芯片是近年来迅速发展的一门生物高新技术,它以其能够快速、高效、大规模地同步检测生物遗传信息的卓越功能而得到发展。在基因测序、基因表达分析、药物筛选、基因诊断等领域显示出重要的理论和实用价值。基因芯片是指应用大规模集成电路的微阵列技术。在固相支持物表面(常用的固相支持物有玻璃、硅片、尼龙膜等载体)有规律地合成数万个代表不同基因的寡核苷酸\"探针”或液相合成探针后由点样器有规律地点样于固相支持物表面;然后将要研究的目的材料中的DNA、RNA或用cDNA同位素或荧光物标记后,与固相支持物表面的探针进行杂交,通过放射自显影或荧光共聚焦显微镜扫描,对这些杂交图谱进行检测;再利用计算机对每一个探针上的杂交信号作分析处理,便可得到目的材料中有关基因表达信息。该技术可将大量的探针同时固定于支持物上,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析。基因芯片分类基因芯片按其片基不同可分为无机片基芯片和有机合成片基芯片:如果按其应用不同,可分为表达谱芯片、诊断芯片、检测芯片;如果按其结构不同可分为DNA阵列和寡核苷酸芯片;如果按其制备方法不同可分为原位合成芯片和合成后交联芯片。目前,常用于基因芯片制作的固相支持物主要包括半导体硅片、普通玻璃片、尼龙膜等基质。它们各有优缺点,可根据不同的用途和目的选择使用。用硅片制作的芯片,其DNA探针排列的密度高,在1.28cm芯片上,可达40万点阵。检测灵敏度高但专一性差。用玻璃制作的芯片,可用于双色荧光标记杂交,便于杂交信号的检测,但其灵敏度低,而且对玻璃片的处理要求高。尼龙膜主要用于制作eDNA芯片,即将不同的eDNA片断点阵于尼龙膜上,它可用同位素标记检测,灵敏度高,专一性好,但是DNA阵列的密度低。DNA探针的制备及固化探针的制备及固化有2种方法:①在片基上原位合成寡核苷酸;②在片基以外制备DNA探针,并以显微打印等手段将其固化于片基上。作者介绍了待测DNA样品的制备、标记样品与基因芯片杂交、杂交信息的检测与分析、操作过程中存在的问题及解决办法。基因芯片可以对病原细菌检测、病毒的检测及其他方面如支原体检测等。问题和展望基因芯片在病原微生物检测中具有快速、灵敏、高通量、自动化等特点。但目前仍面临一些问题有待解决,这些问题主要体现在硬件和软件2个方面。在硬件方面,DNA芯片技术需要昂贵的尖端仪器,如生产原位合成芯片需要光刻机器和寡核苷酸合成仪;构建DNA微集阵列的自动仪器约需8万美元以上,而检测芯片则要激光共聚焦显微镜、落射荧光显微镜等设备,费用较高。在软件(即技术)上也存在一些问题。首先,探针制备的环节上,原位合成寡核苷酸技术复杂,且有专利保护,合成过程中有可能插入错误核苷酸或混入杂质,降低了特异性和信噪比;显微打印技术较灵活,易实现,但需收集或合成大量探针,且阵列的集成度不高。其次,在样品和芯片杂交的环节上 ,因为杂交在固相上进行,空间因素会对杂交造成不利影响;还有,在一个芯片上存在多种探针,这对杂交条件是个挑战,因为这种探针的最适条件未必适合另一种探针;而且,复杂的探针如长寡核苷酸容易自身形成二 、三级结构,影响与靶序列的杂交或给出错误的阴性信号,当然在其它技术环节上也存在着一些难题,如样品准备复杂、检测的灵敏度低等。虽然基因芯片技术在多个环节上有待提高,但它在生命科学及相关领域中已呈现出广阔的应用前景,相信随着研究的不断深入和技术的更加完善,基因芯片会成为基础研究和临床应用的强有力工具。 1、基因芯片综合分析软件ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。2、 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。 3、 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。4.基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview增强了某些功能。 5.基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。 生物科学正迅速地演变为一门信息科学。最明显的一个例子就是目前正在进行的HGP(human genome project),最终要搞清人类全部基因组的30亿左右碱基对的序列。除了人的遗传信息以外,还有其它生物尤其是模式生物(model organism)已经或正在被大规模测序,如大肠杆菌、啤酒酵母、秀丽隐杆线虫以及中国和日本科学家攻关的水稻基因组计划。但单纯知晓生物基因组序列一级结构还远远不够,还必须了解其中基因是怎样组织起来的,每个基因的功能是什么,又是怎样随发育调控和微环境因素的影响而在特定的时空域中展开其表达谱的,即我们正由结构基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出(后基因组时代,蛋白组学),涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具,最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳(2-D-gel)(及相应的质谱法测蛋白分子量)和生物芯片(Biochip)技术。一、什么是基因芯片生物芯片,简单地说就是在一块指甲大小(1cm3)的有多聚赖氨酸包被的硅片上或其它固相支持物(如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等,但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基(视所要固定的分子为核酸或寡肽而定)并与保护基建立共价连接;作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子,通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等)将生物分子探针(寡核苷酸片段或基因片段)以大规模阵列的形式排布,形成可与目的分子(如基因)相互作用,交行反应的固相表面,在激光的顺序激发下标记荧光根据实际反应情况分别呈现不同的荧光发射谱征,CCD相机或激光共聚焦显微镜根据其波长及波幅特征收集信号,作出比较和检测,从而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。而基因芯片中,最成功的是DNA芯片,即将无数预先设计好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成点阵,与样品中同源核酸分子杂交的芯片。基因芯片的基本原理同芯片技术中杂交测序(sequencing by hybridization,SBH)。即任何线状的单链DNA或RNA序列均可被分解为一个序列固定、错落而重叠的寡核苷酸,又称亚序列(subsequence)。例如可把寡核苷酸序列TTAGCTCATATG分解成5个8nt亚序列: (1) CTCATATG (2) GCTCATAT (3) AGCTCATA (4) TAGCTCAT (5) TTAGCTCA这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。亚序列中A、T、C、G4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。假如只考虑完全互补的杂交,那么48个8nt亚序列探针中,仅有上述5个能同靶DNA杂交。可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交,通过对杂交荧光信号检测,检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸,从而推出靶DNA中的所有8nt亚序列,最后由计算机对大量荧光信号的谱型(pattern)数据进行分析,重构靶DNA 的互补寡核苷酸序列。二、芯片类型一般基因芯片按其材质和功能,基本可分为以下几类:(一)元件型微阵列芯片1 .生物电子芯片2 .凝胶元件微阵列芯片3 .药物控释芯片(二) 通道型微阵列芯片1.毛细管电泳芯片2 .PCR扩增芯片3 .集成DNA分析芯片4 .毛细管电层析芯片(三)生物传感芯片1 .光学纤维阵列芯片2 .白光干涉谱传感芯片小鼠基因表达谱芯片(MGEC)附:目前国内基因芯片常见品种(上海博星公司)http://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591301.gifhttp://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591302.gifhttp://www.biomart.cn/upload/asset/2008/08/01/1217591303.gif GB_T33807-2017玉米中转基因成分的测定基因芯片法本标准规定了玉米及玉米加工产品中转基因成分的检测方法。本标准适用于转EPSPS基因、PAT基因、BAR基因耐除草剂玉米和转Bt基因(Cry1A105、Cry1Ab)抗虫玉米中转基因成分的定性检测,也适用于玉米加工产品中转基因成分的定性检测,本标准规定的转基因成分最低检测限限量是0.1%。相关公告:关于批准发布《玉米中转基因成分的测定基因芯片法》等155项国家标准的公告2017年第13号 GBT338072017玉米中转基因成分的测定基因芯片法pdf GBT33807-2017玉米中转基因成分的测定基因芯片法pdf GBT338072017玉米中转基因成分的测定基因芯片法.pdf GBT 338072017 玉米中转基因成分的测定 基因芯片法pdf GBT338072017玉米中转基因成分的测定基因芯片法pdf GBT33807-2017玉米中转基因成分的测定基因芯片法.pdf GBT 338072017 玉米中转基因成分的测定 基因芯片法.pdf GBT 33807-2017 玉米中转基因成分的测定 基因芯片法.pdf GBT 33807-2017 玉米中转基因成分的测定 基因芯片法.pdf GBT 33807-2017 玉米中转基因成分的测定 基因芯片法pdf GBT338072017玉米中转基因成分的测定基因芯片法pdf 系统配置:■GenePix4000B微阵列基因芯片扫描仪这台仪器状况良好,已经在SpectraLabScientific进行了测试。所有套件和组件均包含90天保修。仪器简介:GenePix4000B是MolecularDevices公司的推出一款高品质、可靠及易于操作微阵列基因芯片扫描仪。结合GenePixPro的微阵列分析软件和Acuity信息学软件两者优势,GenePix基因芯片扫描仪可以支持所有类型的微阵列芯片的检测和分析。包括核酸、蛋白、组织和细胞。 品牌: 未知 型号: GenePix 4000B 价格:面议 基因芯片喷印欧罗拉多肽微阵列点样仪复杂的实验,简单的仪器无法满足?定制高通量液体处理工作站,按照您的实验需求配套定制!Aurora多肽微阵列点样仪简介**生物微阵列喷印技术,为基因组、蛋白质组、药物筛选、靶标确认、表位定位、疫苗开发等基础科学研究领域提供革新性的研究技术。**基于自身液体处理平台,VERSA110多肽微阵列点样仪,可实现自动化纳升级到微升级的液体接触时印迹。可以高重复性地在玻片、膜、微孔板平台和其他适合基质表面建造微阵列。**为蛋白质组学、基因组学提供快速、高通量且相容性高的研究方法。欧罗拉生物科技有限公司始于1990年,是生命科学、环境科学、药物研发/安全和化学分析研究等实验室自动化方案设计与研发的全球性领导者。我们提供的技术与服务可以在提高质量、准确度和精确度的同时提高样品处理量。产品包括:自动化液体处理工作站、原子吸收光谱仪、原子荧光光谱仪、离子通道筛选技术-离子通道阅读器和微波消解系统,它们可以在水质检测、学术研究、农业检测、分子检测、环境检测、食品安全、法医法证、公共卫生、畜牧兽医、药物开发等应用领域中提供高销量的样品处理。我们的总部设在加拿大,2007年,AuroraBiomed开设了其亚洲销售和服务中心,以促进向快速增长的亚洲市场的扩张。为了进一步扩大Aurora的市场范围,我们在全球80多个国家建立了积极的经销商网络,为客户提供销售和服务支持。自2003年起,Aurora是每年精密医疗和离子通道年会的主办方。会议旨在将业界和领先的学术研究人员聚集在一起,分享知识、交流想法,并建立富有成效的合作伙伴关系。该会议每年在加拿大和中国之间轮流召开,吸引世界各地的顶尖科学家就药物研发和个性化医学展开发人深省的讨论。它使Aurora和社会能够掌握尖端技术和创新研究的脉搏。欧罗拉生物科技有限公司是生命科学、环境科学、药物研发/安全和化学分析研究等实验室自动化方案设计与研发的全球性厂家。我们提供的技术与服务可以在提高质量、准确度和精确度的同时提高样品处理量,我们致力于提高人类生活质量及环境的可持续性。欧罗拉致力于为各种研究领域的科学家提供自动化液体处理系统,包括:医药、生物技术、农业、食品科学和法医。VERSA系列作为液体处理系统,可以提高处理效率和数据质量,降低重复烦琐工作带来的不稳定性和减少试剂成本。Aurora多肽微阵列点样仪应用领域多肽微阵列应用领域:**癌症早期诊断**蛋白相互作用研究**蛋白修饰研究**疫苗与药物开发Aurora微阵列点样仪应用方向:**微定量喷点**基因芯片**细胞培养**研发或生产应用**基因表达,DNA筛查**多肽合成**细胞点样,药物筛选 品牌: 欧罗拉/Aurora 型号: peptide spotter for gene chip 价格:面议 产品描述/特点多色荧光或比色法,兼容玻片,微孔板,或微流控支持玻片、SBS标准格式多孔板芯片分析扫描分析速度快,标准96孔板芯片扫描速度小于3分钟;支持4张标准玻片平行分析自动找点灵活并提供常用统计分析数据,可导入EXCEL并设定判定标准,自动报告结果支持自动化整合使用(液体处理工作站、栈式存储器等)内置PC,触屏操作,使用方便,体积小符合ISO9001/13485标准,适用体外诊断分析主要应用基因芯片—基因表达分析、基因分型分析蛋白芯片分析抗原/抗体芯片—免疫分析(感染疾病检测、自身免疫疾病检测、过敏源检测)多重miniELISA分析多糖芯片分析—疾病标志物及药物筛选细胞芯片分析—细胞表型及表达分析支持用户定制芯片分析,如微流体芯片、巢式数字PCR分析(蓝宝石芯片)规格分辨率:6.7um96孔板扫描时间:小于3分钟激发光波长:蓝/红440–510nm 590–640nm绿/红510–540nm 630–640nm蓝/绿/红415–480nm 530–550nm 615–645nm发射光波长:蓝/红525–535nm 655–665nm绿/红570–600nm 670–720nm蓝/绿/红495–520nm 560–610nm 655–720nm片基兼容性:玻片、SBS规格多孔板 品牌: 未知 型号: SensoSpot 价格:面议人类基因组芯片 人类基因组是全球第一个完全基于人类基因组顺序的基因芯片微阵列,这种基因芯片的设计和制造使用了完整注解的25 509组人类基因。这种新一代人类基因组芯片相对于其它产品有重要优势,其它产品往往从来源源注释不清的基因数据库组成ESTs序列。这 种ArrayIt人类基因组芯片H25K/BT是一种多用途微阵列,含有26304长的寡核苷酸,设计用来优化在一个单一的生化反应中的对整个人类基因组 的研究。用户可以利用从基因组DNA,mRNA和蛋白质中的样品。可以研究许多问题,从核型分析和基因表达分析,到以染色质结构和蛋白质-DNA相互作用 的问题都可以研究。基因表达的革命性的学说是,一个位点上基因的单个杂交反应中可以定量测量超过300 000个基因转录。研究人员可能在H25K/ BT芯片买到一个或多个寡核苷酸。关于生物信息学,寡核苷酸生产的最先进的技术,芯片印刷和表面化学带来前所未有的特异性和敏感性,从而优化结果的分析和利用。编号名称H25K:BT人类整个基因组(25 509 基因 - 26 304 长寡核苷酸)基因发现芯片 基因发现芯片Discover Chip™ 可帮助用户研究380个基因,包括几种常用重要基因:拟南芥基因,人类基因,小鼠基因,大白鼠基因。这些基因发现芯片是寡核苷酸微阵列芯片,包含选自最重要的细胞功能中380个基因,可以获得转录和生理信息。70-mer的寡核苷酸在芯片(第100级微阵列洁净室)上双份合成,净化和打印。基因发现芯片芯片上有4种被动控制。寡核苷酸被认为是独一无二的,通过BLAST的被计算分析,以公共数据库序列为目标,避免\"交叉杂交”。允许Cy3和Cy5信号正常化以及微阵列实验的控制和正常化。编号名称DCA发现芯片™ -拟南芥DCH发现芯片™ -人类DCM-发现芯片™ - -小鼠DCR-发现芯片™ --大白鼠基因发现芯片配件 基因发现芯片配件可帮助用户研究380个基因,包括几种常用重要基因:拟南芥基因,人类基因,小鼠基因,大白鼠基因。基因发现芯片配件是寡核苷酸微阵列芯片,包含选自最重要的细胞功能中380个基因,可以获得转录和生理信息。70-mer的寡核苷酸在芯片(第100级微阵列洁净室)上双份合成,净化和打印。 基因发现芯片配件上有4种被动控制。寡核苷酸被认为是独一无二的,通过BLAST的被计算分析,以公共数据库序列为目标,避免\"交叉杂交”。允许Cy3和Cy5信号正常化以及微阵列实验的控制和正常化。编号名称DCA发现芯片™ -拟南芥DCH发现芯片™ -人类DCM-发现芯片™ - -小鼠DCR-发现芯片™ --大白鼠超级杂交液(芯片杂交用) 超级杂交液(芯片杂交用)英文名称:SuperHybSolutionforChip运输:低温保存:负20℃有效期:1年货期:现货其他:产品介绍:芯片杂交用产品及特点基因芯片是将大量靶基因(DNA片段)有序地、高密度地点在玻璃片或硅片或塑料片上等载体上所形成的矩阵。基因芯片杂交一般情况下是将待测的两种样品(主要是RNA样品)分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,制备成探针与芯片杂交,杂交信号用激光扫描仪检测,计算机分析检测结果,可获得类似与传统的点杂交的杂交数据,以达到快速、高效、高通量及平行性的分析表达谱的目的。本产品为即用型芯片专用的杂交液,可用于各种标记的探针(主要是Cy3和Cy5标记的RNA探针)跟基因芯片的杂交实验。运输及保存低温运输,-20℃保存,有效期一年。自备试剂印迹膜、去离子水、20×SSC使用方法一、预杂交(下面的操作以载玻片为例)预杂交的主要作用是在加入标记探针之前从载玻片上洗去未结合的靶基因(靶DNA),同时封闭载玻片表面可能与标记探针进行非特异性结合的反应性基团(如自由氨基),从而降低非特异的背景。所有的预杂交、杂交、杂交后洗涤都在Coplin染缸或者显微镜载玻片盘等杂交盒中进行。1.在室温下,将载玻片浸入装有本产品的杂交盒中(本产品的用量根据杂交盒的大小决定,以能够浸埋载玻片为准)。将杂交盒在42℃水浴中放置30~45分钟,无需震动。2.在室温下用去离子水清洗载玻片数次。3.(可选)用100%异丙醇(HPLC级)漂洗载玻片。4.在加入杂交溶液之前,空气晾干或者通过离心(室温下以2000g离心5分钟,有阵列的一面朝外)干燥载玻片,将干燥后的载玻片立即用于杂交。如果载玻片干燥时间超过1小时,杂交效率可能会迅速下降。二、杂交1.将等同于至少1ugpolyARNA或100ug总RNA的Cy3和Cy5标记的探针RNA混合在一起,最终体积约为6μL。如果没有这么多的,则需要进行RNA扩增。2.将6μL标记DNA和30uL本产品在塑料离心管中混合,得到杂交液。3.(可选)将杂交液在微量离心机中10,000g离心5分钟,然后将上清液转移到新的塑料离心管中。本步骤以去除靶序列纯化过程中带入的微量玻璃纤维和其他高分子质量的颗粒。4.将上清液在100℃下加热2分钟,然后在30℃水浴中冷却30秒。加热混合液可以降低背景。不要将溶液放置在冰上,因为可能会有沉淀析出。5.将适量的杂交溶液加到DNA微阵列上,再小心的盖上盖玻片,盖玻片和DNA微阵列之间不能有气泡。6.将载玻片置于一个空的移液器吸头盒的上层,下层装5mL自备的3×SSC,盖上盖子即得潮湿的环境。由于杂交是在很小的体积下进行的,在密闭的潮湿保持适当的杂交适度非常重要,过分干燥则盖玻片会粘附在DNA微阵列上,背景会很高;过于潮湿则冷凝的液体会进入盖玻片区域,降低杂交信号。7.在42℃下将载玻片温育14~16小时。三、杂交后的清洗。注意在下面的所有操作过程中,一定不要让载玻片干燥。1.杂交完毕,拆卸杂交盒。如果杂交盒是浸入水浴中的,在松开螺丝之前,仔细擦干水痕,尤其是两个半片盒子之间的水痕。2.从杂交盒中取出载玻片,浸没于大量的0.5×SSC(含0.01%SDS)溶液中,直到盖玻片分离。3.盖玻片除去后,将载玻片放到玻片夹持器上,然后浸入装有约250mL0.5×SSC(含0.01%SDS)溶液的避光容器中。将容器放在轨道振荡器上,并将载玻片振荡2分钟。4.将载玻片和夹持器一起浸入到另一个装有约250mL0.5×SSC溶液的容器中,再次将载玻片振荡3分钟。5.将载玻片和夹持器一起浸入到另一个装有约250mL0.1×SSC溶液的容器中,再次将载玻片振荡3分钟。6.重复上一步2次,每次清洗1分钟。7.快速(超级杂交液(芯片杂交用) 超级杂交液(芯片杂交用)产品及特点基因芯片是将大量靶基因(DNA片段)有序地、高密度地点在玻璃片或硅片或塑料片上等载体上所形成的矩阵。基因芯片杂交一般情况下是将待测的两种样品(主要是RNA样品)分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,制备成探针与芯片杂交,杂交信号用激光扫描仪检测,计算机分析检测结果,可获得类似与传统的点杂交的杂交数据,以达到快速、高效、高通量及平行性的分析表达谱的目的。本产品为即用型芯片专用的杂交液,可用于各种标记的探针(主要是Cy3和Cy5标记的RNA探针)跟基因芯片的杂交实验规格及成分成分编号热封袋包装本产品LM13090510mL使用手册1份运输及保存低温运输,-20℃保存,有效期一年。自备试剂印迹膜、去离子水、20×SSC使用方法一、预杂交(下面的操作以载玻片为例)预杂交的主要作用是在加入标记探针之前从载玻片上洗去未结合的靶基因(靶DNA),同时封闭载玻片表面可能与标记探针进行非特异性结合的反应性基团(如自由氨基),从而降低非特异的背景。所有的预杂交、杂交、杂交后洗涤都在Coplin染缸或者显微镜载玻片盘等杂交盒中进行。1.在室温下,将载玻片浸入装有本产品的杂交盒中(本产品的用量根据杂交盒的大小决定,以能够浸埋载玻片为准)。将杂交盒在42℃水浴中放置30~45分钟,无需震动。2.在室温下用去离子水清洗载玻片数次。3.(可选)用100异丙醇(HPLC级)漂洗载玻片。4.在加入杂交溶液之前,空气晾干或者通过离心(室温下以2000g离心5分钟,有阵列的一面朝外)干燥载玻片,将干燥后的载玻片立即用于杂交。如果载玻片干燥时间超过1小时,杂交效率可能会迅速下降。二、杂交1.将等同于至少1ugpolyARNA或100ug总RNA的Cy3和Cy5标记的探针RNA混合在一起,最终体积约为6μL。如果没有这么多的,则需要进行RNA扩增。2.将6μL标记DNA和30uL本产品在塑料离心管中混合,得到杂交液。3.(可选)将杂交液在微量离心机中10,000g离心5分钟,然后将上清液转移到新的塑料离心管中。本步骤以去除靶序列纯化过程中带入的微量玻璃纤维和其他高分子质量的颗粒。4.将上清液在100℃下加热2分钟,然后在30℃水浴中冷却30秒。加热混合液可以降低背景。不要将溶液放置在冰上,因为可能会有沉淀析出。5.将适量的杂交溶液加到DNA微阵列上,再小心的盖上盖玻片,盖玻片和DNA微阵列之间不能有气泡。6.将载玻片置于一个空的移液器吸头盒的上层,下层装5mL自备的3×SSC,盖上盖子即得潮湿的环境。由于杂交是在很小的体积下进行的,在密闭的潮湿保持适当的杂交适度非常重要,过分干燥则盖玻片会粘附在DNA微阵列上,背景会很高;过于潮湿则冷凝的液体会进入盖玻片区域,降低杂交信号。7.在42℃下将载玻片温育14~16小时三、杂交后的清洗。注意在下面的所有操作过程中,一定不要让载玻片干燥。1.杂交完毕,拆卸杂交盒。如果杂交盒是浸入水浴中的,在松开螺丝之前,仔细擦干水痕,尤其是两个半片盒子之间的水痕。2.从杂交盒中取出载玻片,浸没于大量的0.5×SSC(含0.01%SDS)溶液中,直到盖玻片分离。3.盖玻片除去后,将载玻片放到玻片夹持器上,然后浸入装有约250mL0.5×SSC(含0.01%SDS)溶液的避光容器中。将容器放在轨道振荡器上,并将载玻片振荡2分钟。基因表达谱芯片标记试剂盒 基因表达谱芯片标记试剂盒适用于siRNA抑制、miRNA功能和其他基因表达分析LifeTechnologies公司的微阵列分析试剂提供可靠快速的RNA扩增和标记,适用于最广泛的阵列平台。我们以易于使用的形式提供试剂,可与多种RNA输入和样品类型一起工作。试剂持续实现更高产出、支持更高效样品标记、耗费更少操作时间,因此用户能够期望更快、更一致的结果。www.lifetechnologies.comLifeTech新浪微博LifeTech优酷视频 注:最新的测序技术会实现全自动化、实时化、微型化,虽然与传统的芯片技术并不相同,但其理念有共通之处,所以也将其纳入\"芯片范畴。彭雷 80年代中期,俄罗斯科学院恩格尔哈得分子生物学研究所和美国阿贡国家实验室(ANL)的科学家们最早在文献中提出了用杂交法测定核酸序列(SBH)新技术的想法。当时用的是多聚寡核酸探针。几乎与此同时英国牛津大学生化系的Sourthern等也取得了在载体固定寡核苷酸及杂交法测序的国际专利。 基因芯片利用微电子、微机械、生物化学、分子生物学、新型材料、计算机和统计学等多学科的先进技术,实现了在生命科学研究中样品处理、检测和分析过程的连续化、集成化和微型化。 1997年世界上第一张全基因组芯片含有6166个基因的酵母全基因组芯片在斯坦福大学Brown实验室完成,从而使基因芯片技术在世界上迅速得到应用。 基因芯片技术主要包括四个基本要点:芯片方阵的构建、样品的制备、核酸分子反应和信号的检测。1、芯片制备,先将玻璃片或硅片进行表面处理,然后使核酸片段按顺序排列在芯片上。2、样品制备,可将样品进行生物处理,获取其中的DNA、RNA,并且加以标记,以提高检测的灵敏度。3、生物分子反应,芯片上的生物分子之间的反应是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使样品中的核酸分子与芯片上的核酸分子反应处于最佳状况中,减少错配比率。4、芯片信号检测,常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中,通过扫描以获得有关生物信息。 基因芯片技术发展的最终目标是将从样品制备、杂交反应到信号检测的整个分析过程集成化以获得微型全分析系统(micro total analytical system)或称缩微芯片实验室(laboratory on a chip)。使用缩微芯片实验室,就可以在一个封闭的系统内以很短的时间完成从原始样品到获取所需分析结果的全套操作。 近年,基因芯片技术在疾病易感基因发现、疾病分子水平诊断、基因功能确认、多靶位同步超高通量药物筛选以及病原体检测等医学与生物学领域得到广泛应用。 一、第一代基因芯片 第一代基因芯片基片可用材料有玻片、硅片、瓷片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜和尼龙膜,其中以玻片最为常用。为保证探针稳定固定于载体表面,需要对载体表面进行多聚赖氨酸修饰、醛基修饰、氨基修饰、巯基修饰、琼脂糖包被或丙烯酰胺硅烷化,使载体形成具有生物特异性的亲和表面。最后将制备好的探针固定到活化基片上,目前有两种方法:原位合成和合成后微点样。根据芯片所使用的标记物不同,相应信号检测方法有放射性核素法、生物素法和荧光染料法,在以玻片为载体的芯片上目前普遍采用荧光法。 相应荧光检测装置有激光共聚焦显微镜、电荷偶合器( charge coup led devices, CCD)、激光扫描荧光显微镜和激光共聚焦扫描仪等。其中的激光共聚焦扫描仪已发展为基因芯片的配套检测系统。经过芯片扫描提取杂交信号之后,在数据分析之前,首先要扣除背景信号,进行数据检查、标化和校正,消除不同实验系统的误差。 对于简单的检测或科学实验,因所需分析基因数量少,故直接观察即可得出结论。若涉及大量基因尤其是进行表达谱分析时,就需要借助专门的分析软件,运用统计学和生物信息学知识进行深入、系统的分析,如主成分分析、分层聚类分析、判别分析和调控网络分析等。 芯片数据分析结束并不表示芯片实验的完成,由于基因芯片获取的信息量大,要对呈数量级增长的实验数据进行有效管理,需要建立起通行的数据储存和交流平台,将各实验室获得的实验结果集中起来形成共享的基因芯片数据库,以便于数据的交流及结果的评估。 典型如SuperArray公司的功能分类基因芯片: 1、引物设计 SYBR Green可与所有的双链DNA反应(包括引物二聚体),为了使扩增反应集中于目的基因,避免非特异性扩增,引物设计成为关键因素。为得到单一特异的扩增产物,避免扩增出序列相似的非特异性产物,采用BLAST或者其他比对方法,检测引物在相应物种(如人,小鼠或大鼠)全基因组中的特异性。为了保证在相同的PCR条件下(特别是统一的退火温度),不同基因均能扩增出相应的特异性产物,对引物的CG值,解链温度(Tm),以及其他化学和物理的特性都进行了优化调整。为了获得高扩增效率,对扩增片段的长度也进行了优化,一般为100到200bp,确保在统一的循环反应的时间范围内,不同基因均能扩增出完整片段。 2、反应体系 为避免非特异性扩增,使用化学修饰的热启动Taq酶,只有经过热激步骤,Taq酶才能发挥扩增活性。同时,反应体系经过优化,可最大限度减少引物二聚体形成,并且保证较难扩增的片段都得到极高的扩增效率。 3、定量结果可靠 在标准的96孔PCR反应仪中进行实时定量PCR实验,为了获得高通量,无法为每个样品单独制备标准曲线。在完全相同的PCR反应条件下,希望表达量不同的多个基因均获得可靠的结果,需要确保每个基因都有较高的扩增效率,从而可采用简单的△△Ct方法计算基因表达量。 其灵敏度高,样品的使用量低,每张芯片使用的总RNA最少可为0.5ng 可观察到的动态线性范围超过105,可以同时检测表达量差异较大的基因 Ct值的平均差异只有0.25个循环,可检测超过两倍的基因表达量变化。因此,第二代功能分类基因芯片是研究特定信号通路或者一组功能相关基因表达量的理想方法。 二、第二代基因芯片 尽管基因芯片技术已经取得了长足的发展,但仍然存在着许多难题和不足。目标分子的标记是重要的限速步骤,如何绕过这一步是人们一直期望解决的问题。其次是检测灵敏度不高,重复性差,无法检测单碱基错配的基因样品。再者,待检测的基因样品必须经过PCR扩增技术的处理以获得足够量的待检测样品,使检测过程相对复杂。我们称具备以上特征的基因芯片技术为第一代基因芯片技术,这些特征充分说明基因芯片技术本身存在着较大的发展空间。 第二代基因芯片包括如下几种: 1. 电极阵列型基因芯片:将微电极在衬底上排成阵列,通过对氧化还原指示剂的电流信号的检测实现基因序列的识别 2. 非标记荧光指示基因芯片:利用荧光分子作为杂交指示剂,在不需对靶基因进行荧光标记的前提下,通过对荧光分子的检测实现基因序列的识别 3. 量子点指示基因芯片:利用量子点作为杂交指示剂,在不需对靶基因进行荧光标记的前提下,通过对量子点的扫描实现基因序列的识别 4. 分子灯塔型基因芯片:利用探针DNA片断的发夹结构,获得单碱基突变检测的能力。 三、第三代基因芯片 目前,众多的第三代基因芯片现在也推向了市场。第三代基因芯片代表了测序的最高水平和未来走向。 1、Illumina微珠基因芯片技术 这是Illumina公司核心技术之一,博奥生物基于Illumina微珠芯片平台,推出SNP分型检测服务以及定制SNP分型检测服务。 它首先用微机电技术在光纤末端或硅片基质上蚀刻出微孔(深度约为3毫米的相同凹槽),将\"微珠池\"内的微珠\"倒入光纤束微孔,每个微孔恰可容纳一个微珠,在范德华力和与微孔壁间流体静力学相互作用下,微珠以\"无序自组装的方式在微孔内组装成芯片。每种类型的微珠平均有 30 倍左右的重复。 每一个微珠上都偶联有80万左右拷贝数的探针。每一个探针由特异的地址序列(对每种微珠进行解码,29mer)和特异序列(代表不同的检测信息,如SNP 位点序列、基因序列等)组成。用专利的解码技术对芯片上的微珠进行解码,完成对芯片微珠定位信息的收集和确认,也实现芯片生产过程中100%质控。 以四种荧光标记进行16种微珠解码为例,解码过程使用与地址序列互补的且分别标记4种荧光染料的探针进行。把标记4种荧光的不同地址序列探针进行组合,每次杂交后探针清洗下来进行下一轮杂交,通过多轮杂交达到指数型区分能力。 2、Ion Torrent半导体基因芯片 Ion Torrent半导体基因芯片是最新一代的测序技术,它的问世给测序技术的应用带来了激动人心的进展。它采用了半导体技术和简单的化学试剂进行DNA测序,而不是使用光作为媒介。在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ATCG。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对H+的检测,实时判读碱基。 Ion Torrent个人化操作基因组测序仪(PGMTM)是第一台基于半导体技术的测序仪。与其他测序技术相比,使用该项技术 俞菁(化名)是一名手语翻译,她的妈妈因为小时候一次注射庆大霉素致聋,但她自己的听力得以保持健全。俞菁有一位好姐妹,情况却正好相反,她妈妈听力正常,而她自己在小时候在一次药物注射后变成了听障患者。 去年,她们都参加了北京市的一个高危人群致聋基因筛查,结果两个人都是致聋基因的携带者,只是因为俞菁从小有意识去避免注射一种药物,而她的好姐妹却毫无知情用了这种药,导致了两个人走向了完全不同的人生。 博奥生物市场总监赵智贤告诉记者,\"俞菁的妈妈和她的聋人姐妹刚出生时没有出现耳聋,都是在后天被注射了链霉素、庆大霉素等氨基糖甙类药物致聋。”我国每年因迟发性耳聋及药物性耳聋的新增患者可达3万多人,其中60%的是由于致聋基因造成。 事实上,很多医生都知道该类药物会导致基因突变引起的药毒性耳聋,但以往依靠传统基因测序方式需要3天,且耗资昂贵。作为此次北京市致聋基因筛查的承担者,博奥生物采用了一种新的耳聋基因芯片检测技术,\"该芯片上涵盖了导致中国人群耳聋最常见的4种基因的9个突变位点,做一次检测只需要5小时,价格几百元。”赵智贤说。 基因在我们身体里已经\"神秘地行动”很久了,而不管你了解或不了解,信或不信,它都会导致完全不同的结果甚至人生。人类迫切地希望解码自己的基因,在种种关于未来10大技术趋势的预测中,好几项也都跟基因技术相关。 耳聋芯片是目前基因芯片的一种最普通的应用。所谓的基因检测芯片,其外形与电子芯片一样,但上面排列的不是集成电路,而是基因序列。它把大量已知基因序列的核酸片段识别探针,集成在一块指甲大小的玻璃片或硅片表面,通过与样品进行反应,基因会呈现出不同的表达信号,用计算机技术收集信号数据,分析样品的基因突变情况来诊断遗传性疾病。虽说基因芯片早在20世纪末就成功问世,并应用于药物筛选和实验室研究,但普通人对它还是知之甚少。 \"有成千上万个鱼钩的钓杆” 如果说以前的基因检测技术均只有一个\"鱼钩”,一次只能钓到一条鱼(一种基因)。那么,基因芯片就好比是一根有成千上万个鱼钩的钓杆,可同时捕捉许多不同的鱼,从而实现对千万个基因的同步检测和鉴定。它具有高效率、高通量、快速简便等特点。赵智贤说,耳聋芯片可以提供从孕前、产前到出生的基因检测,\"只需要从母亲的羊水中提取一滴样品,或者一滴血就可以完成整个检测。”它可帮助生育父母及时获知新生命的遗传信息并采取措施,降低新生儿患遗传性疾病。 基因芯片将改变\"万人一配方”的用药模式,在个性化配方上,未来西医与中医有可能殊途同归。目前医生为同一类病症的患者开出的基本都是标准化药方,其实人的个体差异直接影响用药效果,用药的多少也应有区别。 人类基因组编码大约有10万个不同的基因,一个基因又有成千上万个位点,\"多数慢性病会跟几十个基因中几个或更多突变位点相关。基因芯片可以对基因分类,并尽可能找出相关的位点,发现哪些基因和位点对于预后表达得好,哪些表达得不好,再根据比对结果提供个性化治疗”。一位从事基因检测芯片服务的海归创业者解释道。 \"结核病最难治的地方,是其耐药性高。原来查基因耐药需要4~8周的时间,而期间多数治疗都是经验用药,如果产生耐药,不但治不了病,反而会加重病情,延误治疗。结核病检测芯片将检测时间缩短至6个小时,为治疗赢取时机。”赵智贤以具体案例作了实证。 基因芯片给西医带来的最大改变,是它可以检测出患者之间的个体差异,使医生诊断和用药更及时和提高准确性,但这需要建立在大量的科研基础之上,而且基因的筛查要经过时间的推移才能显现出效果来。 尽管当前基因芯片技术尚未完全成熟,但是却挡不住它的商业脚步。在国内一些医院或体检机构,现在可以看到这样的广告:只需一滴血或一份唾液样品,你就可以预知会否患上癌症,将健康掌握在自己手中。在美国,越来越多的零售商开始通过互联网直接面向消费者提供基因诊断测试,他们的口号是不借助医生就可以从基因水平上了解自己的健康状况。这种测试甚至已开始通过互联网瞄准国际市场。 通常,消费者只要付款就能得到一份包括自身的基因、特质及潜在病症的风险等级清单,另外还包括一份针对个人的用药建议以及生活、饮食和环境上的综合健康建议,如节食和运动等。国内的价格在2~3万元不等。 基因芯片的\"管”与\"放” 那么,这种基因诊断到底有多靠谱?博奥生物从技术角度给出了一套标准。基因芯片技术必须建立在大量已知基因和基因改变与疾病关系的基础上,因此其所检测的疾病相关基因数应该越多越好,而且需要建立一个异常庞大的基因与疾病关联数据库,同时要有一套科学的数学模型。还有,基因检测具有一定的种族针对性,\"也就是说如果比对的人群数据库不同,检测的结果也会有差异。” 赵智贤说。 而由4位美国生物伦理学、法律及医学方面的专家组成的研究小组对于该种基因测试是否适用于市场进行了研究。他们表示,基因测试都要通过同一类型的集中数据市场前期调查,许多基因测试公司都给出了长期的预测结果,实际上,要完全了解这些风险与益处需要几十年的时间。 基因芯片三大难题 \"基因改变与疾病的关系并不能一一对应,所有基因检测的结果,并非一定就会发生。同样,即使你检测出来携带耳聋基因,也并不意味一定会出现药毒性耳聋。基因芯片还不能完全取代目前临床实验室诊断,”海归的基因检测创业者认为,当前这个阶段应该客观地看待基因芯片技术,但是,\"谁也不能否认它的医学参考价值”。 基因芯片的商机不可预估,谁都想抢一把风气之先,\"管它是不是萝卜先占个坑”,这使得不管是国际还是国内市场都处在一种鱼龙混杂的阶段。目前我国生物芯片企业不少于50家,但获得国家有关部门认证的只有极少数。某些机构把基因检测的销售业务外包出去之后,出现了一些销售方式上的\"变味”,有的甚至变成了传销。另外,美国的研究小组也在《科学》杂志发文表示,美国市场上90%的基因测试都没有通过正式的管理评估。 企业在冒进,而真正的市场化却还远没开始。造成这种现象的原因很复杂,赵智贤认为,目前基因芯片在药监局的审批难,进入物价收费流程难以及进入医保体系难这三大难题,使得其真正迈入市场化商业之路还很远,而在此之前出现一些市场\"乱象”并不难理解。 目前的基因芯片价格还是相对昂贵,而且操作复杂、费时,对操作人员的专业素质要求比较高,国内缺乏大量相应的专业基因检测和数据分析人员,这也是推进市场化前要越过的障碍之一。2011年卫生部下发通知,决定将基因芯片诊断技术审批权\"下放”到省级卫生主管部门。这意味着今后在临床上,将有越来越多的有资质的临床医生使用该项技术。 如何让基因测试尽早接触市场,加速其产业化,是各国政府共同的心态。海归的基因检测创业者如此分析国内外形势。在这种心态下,是先\"管”起来,还是先\"放”下去,\"一管一放”的力度又该如何把握,并导致不同的行业生态,这对于各国政府都不是一件轻松的事情。 首张基因诊断芯片投产 将进780家三甲医院 长沙生产的生物芯片将帮助医生为患者开出\"个性化”处方 一季度全省生物医药行业同比增长40%,长沙国家生物产业基地占一半 本报讯(记者 林俊) 记者昨日从长沙国家生物产业基地获悉,全球首张个体化基因诊断芯片日前在该基地的安信公司进入产业化阶段,在21世纪\"生物芯片”的年代,医生将据此开出更精细的\"个性化”药方。该项目由中南大学周宏灏院士领衔研发,并已列入我省新型工业化科技重点项目支持。今年预计可实现产值5500万元。 检测结果让患者终身受用 个体化基因诊断芯片是生物芯片的一种。记者看到,其外形也像电子芯片一样,是块小薄片,但上面排列的不是集成电路,而是基因序列。\"它将引领一个新的用药时代,”参与开发的中试中心主任肖鹏介绍,目前医生为同一类病症的患者开出的药方基本上是\"千人一量,万人一配方”,其实人的个体差异直接影响用药效果,用药的多少也应有区别。利用这种芯片,可以准确地检测出患者之间的个体差异,使医生诊断和用药准确,且检测结果能够让患者终身受用。 目前,利用个体化基因诊断芯片的成果,中南大学湘雅附属第三医院已建立了我国首家根据基因型用药的\"湖南省个体化药物治疗咨询中心”,在我国率先启动了基因导向个体化药物治疗,并取得了卓越的临床效果。 基因芯片将进780家三甲医院 安信公司董事长黄庆玺向记者透露,未来几年将逐步铺开对基因芯片的普及运用,首先将以院士工作站的模式在全国各省会城市建立检测中心,然后进入全国780家三甲医院。在诊断基因芯片广泛应用的同时公司还将加快研发进度,加大投入,每年增报5到10个病种的基因芯片。 根据规划,至2010年,将实现40万人份的芯片产能及60万人份的检验中心检测能力,预计实现年产值可达3.2亿元 到2013年,可实现100万人份的芯片产能及360万人份的检验中心检测能力,预计实现年产值14.7亿元。 据省经委统计,今年一季度,全省生物医药行业保持较快增长,实现GDP58.8亿元,同比增长40%,增幅高于省内其他行业。而作为全省惟一的医药开发区,长沙国家生物产业基地一季度累计实现医药产值27.28亿元,占全省医药工业近50%,同比增长35%。据悉,目前园区已有泰尔、丰日等10余家企业筹备上市,且已有相当一部分完成了上市前的准备工作。

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