超滤有多种操作方式，选择范围非常广泛。选用何种操作方式主要根据样品处理量、实验室现有没备、滤过速度、用户的实验要求等综合指标来决定。

离心(处理最从100ul到l00ml)通过离心力，使溶液中的小分子溶质和溶剂透过超滤膜，被收集在滤过液收集管中，而大分子溶质则被超滤膜截留在样品浓缩管中。该方式的特点是操作简便，滤过速度快。Sartonus提供了10种规格的浓缩离心管，处理量从100ul到l00ml。

加压离心(处理量从5ml到50ml)加压离心是Sartorius公司特有的操作方式，将浓缩离心管加压后再放入离心机里离心，比单独离心快30-50%，是最快的浓缩方式。Vivaspin20和Vivacell70也可以按照这种方式进行操作。

加压(处理量从5ml到250ml)用压缩空气或惰性气体作为超滤的动力，超滤的同时通过振荡来避免浓差极化，提高超滤速度。Vivaspin20、Vivacell70、Vivacell100和Vivacell250适用于这种操作方式，加压后静置即可完成超滤。当需要快速超滤时，可在加压后放在摇床上，边振荡边超滤。

切向流(处理量从1OOml到5l以上)使用蠕动泵送液，溶液沿与超滤膜平行的方向回旋流动，可避免浓差极化，提高超滤速度。Vivaflow50和Vivaflow200是专为这种操作方式设计的。

溶剂吸附(处理量从1ml到20ml)该方式在超滤膜后加纤维素吸附垫，以吸附力作为超滤的动力，不需要任何附加设备。溶剂和小分子溶质在吸附力的作用下透过超滤膜，而大分子物质则被截留浓缩。Vivapore是专用于这种操作方式的，有5种规格可供选择，样品处理量从1ml到20ml。