多肽的溶解度取决元计算的物理特性。氨基酸可分类为酸性，碱性，极性，非极性，疏水性。多肽有高含量的非极性疏水性氨基酸或极性不带电荷的氨基酸。建议溶解在有机溶液中（例如：DMF，甲醇，丙醇，异丙醇，DMSO）。总之，酸性多肽一般溶解于碱性溶液中，而碱性多肽溶解在酸性溶液中。
氨基酸的属性
碱性：Arg,His（H）,Lys（K）
非极性疏水性：Ala（A）,Ile（I），Len（L）,Met（M）,Phe（F）,Pro（P）,Trp（W）,Val（V）
极性不带电荷：Asn（N）,Cys（C）,Glg（G）,Gln（Q）,Ser（S）,Thr（T）,Tyr（Y）
酸性：Asp（D）,Glu（E）
Bachem公司发布每批号的产品分析报告（ADS），提供在特殊溶液中的溶解度。客户可以酌情按产品分析报告中溶液来溶解多肽。或者客户可以按下列方法试验小量样品中多肽的溶解度。由于多肽的溶解特性取决于其氨基酸成分。在选择适当的溶剂之前我们建议先查一下多肽的氨基酸序列，
1、碱性多肽（碱性氨基酸数量＞酸性氨基酸数量）应该先用小量酸性氨基酸溶液（例如：醋酸或三氟醋酸）溶解，然后稀释剂所需的浓度。制备高浓度的储存液时，应用80%醋酸溶解多肽。也可用20%醋酸溶解减少醋酸对于检测系统的不良影响。
2、酸性多肽（酸性氨基酸数量＞碱性氨基酸数量）应该先用小量碱性氨基酸溶液（例如0.1%氨水，NH4OH）,然后用水稀释到所需的浓度。应该注意，对于含有半胱氨酸（Cysteine）的多肽要避免使用氨水，因为在PH碱性条件下会促使二硫键的形成。
3、中性或者高度疏水性多肽，含有许多极性不带电荷的氨基酸或非极性疏水性氨基酸，应该用小量的有机溶剂（例如：DMF，甲醇，丙醇，异丙醇，DMSO）溶解，因为DMSO可形成氨基酸甲风化。
4、离液剂（例如尿素，盐酸胍）有时用来溶解凝聚的多肽，但如有可能应当尽量不用，因为离液剂会干扰多肽的生物学应用。在个别情况下，多肽的溶解时间较长，甚至达几个小时，在水浴中超声波打几分钟可促使大颗粒多肽的溶解。但是不要加度加热。含有Trp,Met,Cys的多肽要额外小心避免氧化，应该用无氧的水或还原剂（例如DTT）来溶解。储藏时，多肽溶液应该分装后置于-15℃，可以保持稳定几个月，含有Trp,Met,Cys的多肽半衰期较短，不宜长期保存。