琼脂糖

Sephacryl S1000 层析法去除质粒 DNA 制备物中的小片段核酸

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实验方法原理SephacrylS-1000层析是一个可供选择的将质粒DNA与小分子核酸(DNA和RNA)分离的方法。这一方法由波士顿麻省总医院的F.DeNoto和H.Goodman首先采用,后来由Gomez-Marquez等总结成论文发表于1987年。
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一、材料

1.缓冲液和溶剂

溴酚蓝蔗糖溶液,乙醇,酚,Sephacryl平衡缓冲液,乙酸钠(3mol/L,pH5.2),含有浓度为20μg/mlRNaseA的TE(pH8.0)。

2.凝胶

0.7%琼脂糖,用TBE配制。

3.核酸和寡核苷酸

DNA样品,CsCl密度梯度离心纯化。

4.离心机和转子

SorvallSS-34转子或性能相同的其他转子

5.专用设备

填装Sephacryl树脂的层析柱,SephacrylS-1000凝胶过滤树脂(Pharmacia)

二、方法

1.准备一个1x10cm的SephacrylS-1000层析柱,用Sephacryl平衡缓冲液平衡。

2.测定质粒制备物体积。加入0.1倍体积的3mol/L乙酸钠(pH5.2)和2倍体积的乙醇,混匀,于4℃放置30min。

3.于4℃以大于10000g(相当于用Sorvallss-34转头9100r/min)离心15min回收核酸,尽可能去掉上清,打开管口,在工作台上放置几分钟,使最后残留的痕量乙醇蒸发殆尽。

4.用含有RNA酶Ⅰ的少量TE(pH8.0)(至多400μl)重新溶解潮湿的质粒DNA沉淀,RNA酶的终浓度至少为100μg/ml。

5.质粒DNA溶液于室温下温育1h。

6.用等体积的TE(pH8.0)平衡的苯酚抽提一次。

7.吸取上层水相溶液,加100μl溴酚蓝蔗糖溶液。将蓝色的一层溶液铺在SephacrylS-1000层析柱上。

8.将质粒DNA溶液装入层析柱,并用Sephacryl平衡缓冲液洗柱,立即开始0.5ml组分的分部收集。

9.当收集15个组分之后,用夹子夹住层析柱的底部,此时,蓝色的染料应刚好流经层析柱的一半。

10.从各收集的组分中各取10μl样品,用0.7%的琼脂糖电泳及溴化乙锭荧光染色来确定含有质粒DNA的组分。

11.将含有质粒DNA的组分合并在一起,加2倍体积的乙醇,于4℃沉淀10min。然后于4℃以大于10000g离心15min(相当于用SorvallSS-34转头9200r/min)回收DNA沉淀。

12.尽可能去掉上清,打开管口,在工作台上放置几分钟,使最后残留的痕量乙醇蒸发殆尽。

13.用TE(pH8.0)溶解潮湿的质粒DNA沉淀。
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