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PK-120 cDNA 克隆实验 - 实验方法

作者: 时间:2024-09-20 点击量:

实验所需「试剂」具体见「其他」


1. 杂交反应


抽提出的 50bp 的 PCR 产物用 PCR II 载体亚克隆,大量制备,用限制性消化酶 EcoRI 将 50bp 的插入片段切下,用 [α-32P] dCTP 标记已克隆的 50bp DNA,并作为探针筛选人肝脏 λgt11 cDNA 文库,获得 11 个阳性克隆,测定最长的阳性克隆 λPK5 序列,这个克隆(1.7kb)编码的 PK-120 的碳末端,为了获得编码 PK-120 其余部分的克隆,用 [32P dCTP] 标记的 λPK5 插入片段作为探针筛选人肝脏 λgt10 cDNA 文库,在杂交液中 60℃ 预杂交, 65℃ 杂交过夜,然后在 60℃ 用 0.1%SDS 的 2×SSC 溶液 30 min 洗 4 次,洗净。将阳性克隆的插入片段进一步亚克隆,插入 Bluescript II SK-vector 载体,获得 106 个阳性克隆,测定阳性克隆 λPK67(3.0kb)序列,λPK67 编码 PK-120 的非 5\' 端密码子区域及 PK-120 氮末端,并含有信号肽序列。


2. cDNA 推测 PK-120 一级结构的特征


PK-120 的核苷酸序列据此推导的氨基酸序列见图。 PK-120 的 cDNA。编码区为开放阅读框,有 2790bp,以密码 ATG 为起始,以密码 TAG 为结尾,从而推测出 PK-120 蛋白质氨基酸序列。它含有 28 个氨基酸组成的信号肽,成熟蛋白有 902 个氨基酸组成, 20% 序列为蛋白质测序所证明。有四个 N-糖基化部位,有三个半胱氨酸残疾,这和 PK-120 的氨基酸组成测定结果一致。 Cys719 和 Cys892 在 35kDa 片段内形成二硫键,Cys186 以游离状态存在。PK 的酶切位点附近的序列是 -Phe-Arg-Xaa-Arg455,Arg633 和 Arg660 是 PK 的切断部分。


据同源性分析表明:PK-120 氨基酸序列和人胰蛋白酶抑制剂 (inter-α-trypsin inhibitor,ITI)超家族的重链 HCs 有关,和 HC1,HC2 分别具有 34%,31% 的同源性,和人前 α 胰蛋白酶抑制剂 HC3 有 38% 的同源性。已有的研究表明,PK-120 和 ITI 一样,是一种主要急性相蛋白,这为研究炎症产生的复杂过程打开了新的大门。


试剂:

Ready-To-Go DNA 标记试剂盒

人肝脏 λgt11 cDNA 文库

人肝脏 λgt10 cDNA 文库

杂交溶液:7%(w/v)聚乙二醇 6000,10% SDS,100ug/ml 酵母 tRNA

SSC 溶液:15 mmol/L 枸橼酸钠,15 mmol/L NaCl,pH 7.0

pBluescript II SK 载体


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