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제품특징
□ 특징
● Picogram 수준의 극소량 샘플 적용: 250 pg - 10 ng total RNA (Human, mouse, rat)
● Versatile: FFPE, LCM 샘플을 포함한 다양한 종류의 Sample 적용 가능
● Stranded information: 매우 높은 정확성으로 transcript strand information 유지
● Fast, streamlined protocol: 5시간 내 NGS Library 제작 완료
● Seamless integration with Illumina sequencing
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammlian은 Picogram 수준의 total RNA (250 pg - 10ng)로부터 Illumina sequencing library를 효율적으로 제작할 수 있다.또한 high-quality, partially degraded RNA 뿐만 아니라 low quality total RNA (FFPE 또는 LCM 샘플등)로부터도 NGS library 제작이 가능하다. 본 제품은 strand information을 정확하게 유지할 수있을 뿐 아니라 cDNA 합성 이후 별도의 librarypreparation 과정 없이 역전사과정과 PCR 증폭과정에서 Illumina sequencing 분석용 index와 adaptor를 부착할 수 있다. Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGSlibrary 제작 전, rRNA를 제거(depletion)함으로써제작비용을 절감할 수 있을 뿐만 아니라 mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우 일반적인 방법의 rRNA depletion은 NGS library 제조하는 데 필요한양에 미치지 못 하게 된다. 본 제품에 사용된 기술은 mammalianrRNA와 mitochondrial RNA 특이적인Probe를 이용하여 rRNA derived cDNA를 제거한다. High-troughput version인 SMARTer StrandedTotal RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)은96개의 index library 제작을 위한 12개의 reverse primer와 8개의 forward primer를 포함하고 있다.
□ Alternate kits forother input amounts:
- For 10-100 ng total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian (Code 634861)
- For 100 ng-1 μg total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian (Code 634873)
그림1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian 원리 This workflow allows users to generateIllumina-compatible libraries for RNA-seq experiments. After librarypreparation and purification, the total time from input RNA to RNA-seq libraryis approximately five hours.
그림2. Human tissue로부터 전사체 분석 결과와 exon mapping 결과 Distribution of reads in libraries preparedwith the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian in theabsence (-) or presence (+) of R-Probes, using 250 pg of hum an total RNA.Sequences corresponding to 1 million paired-end reads per library wereanalyzed.
그림3. FFPE, LCM 샘플과 같은 degraded RNA로부터 capture 결과 Distribution of insert sizes are shownfor libraries generated from 250 pg of high-quality (RIN 8) or highlydegraded (RIN 2.5) human total RNA using the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit- Pico Input Mammalian with a 4 min shearing time (RIN 8) or with the alternateno-shearing protocol (RIN 2.5). RNA-seq libraries were sequenced on an IlluminaMiSeq instrument in paired-end mode. The number of mapped fragments with anygiven insert size was normalized to the total number of fragments in thelibrary. Fragments mapping to rRNA or the mitochondrial genome were excluded.
그림4. Ribosomal cDNA depletion에 유무에 따른 Highreproducibility Comparison of FPKMs from librariesgenerated with 250 pg human brain or heart total RNA with (+) or without (-)ribosomal cDNA depletion (i.e., with or without R-Probes, respectively) usingthe SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian. FPKM values areshown on a Log10 scale. Transcripts represented in only one librarycan be seen along the x- and y-axes of the scatter plots.
□ 적용
● Robust NGS library generation that retains strand information
● Use for RNA-seq on Illumina platforms
● Captures coding and non-coding information from total mammalian RNA
□ 구성품
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635005)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 12
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635006)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 48A
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina
