研究人员从大约50个研究中收集了超过10万人的所谓\"基因中心”基因型信息和身高数据，发现了64个与人类身高相关的DNA位点，其中包括了几个过去在全基因组分析中未发现的罕见变异。
\"大样本量及密集的遗传覆盖率包括低频率SNPs提高了鉴别微小效应变异的能力，使得我们能够鉴定以前未报道的基因与身高之间的联系，”共同作者、费城儿童医院的遗传学研究人员Brendan Keating说道。
过去的研究表明个体的身高受到其所在环境以及日照等多因素影响，但大多数的性状变异似乎都有其遗传基础，许多基因都对个体的身高产生细微的影响。之前已有超过180个位点被证实与人类的身高相关，但是还有许多性状的遗传机制尚不明确。
为了找到基因组编码区内新的身高相关变异，Keating和同事们利用Illumina 公司的IBC芯片（ITMAT-BroadCare array）对47个研究中6个不同种族的114,223位个体进行了基因分型分析。尽管主要设计用于检测心血管、代谢和炎症相关过程中的遗传变异，但是IBC芯片携带的2000个基因编码位点的49320个SNPs信息，使得研究人员确信可利用它来寻找基因中常见和罕见的遗传变异。
研究人员从25个研究中获得了个体身高及其他数据，从另外22个研究中获得了总体水平的数据。首先研究小组集中研究了具有欧洲血统的53394人的个体水平数据，然后对另外37052个获得总体水平数据的欧洲个体进行了研究结果的重复验证，最后对来自5个非欧洲群体的个体进行了扩展分析。
研究人员总共从中发现了64个与身高相关的位点，其中33个已在过去对欧洲个体的整合分析中得到确定。检测发现的显著相关的SNPs，其中8个基因中的22个变异是相当罕见的，仅存在于不到5%的人群中。
尽管研究人员在欧洲家系群体的IL11和SMAD3基因上发现了与身高相关的罕见SNPs，但是在非裔美国人、南亚人、东亚人、美国原住民以及西班牙个体中研究人员并未找到具有阵列范围显著性的位点。虽然如此，对6个种群的整合分析表明在欧洲群体中大部分与身高相关的位点在其他群体中也能找到相似的定位。
虽然有一些检测到的变异与身高没有明显的关联，但是研究人员强调有许多其他的变异影响了一些潜在相关的信号包括能量代谢、胶原形成和生长激素信号通路中的基因。
此外，研究人员还认为可将身高遗传学作为其他复杂人类性状的模型，相似的策略同样适用于了解其他的人类基因表型。\"我们的研究证实密集携带罕见SNPs基因覆盖度结合大规模的整合分析的策略适用于鉴别与常见复杂性状相关的其他变异，”研究人员说。
文章来源：生物谷
原文出处：
American Journal of Human Genetics doi:10.1016/j.ajhg.2010.11.007
Meta-analysis of Dense Genecentric Association Studies Reveals Common and Uncommon Variants Associated with Height
Abstract
Height is a classic complex trait with common variants in a growing list of genes known to contribute to the phenotype. Using a genecentric genotyping array targeted toward cardiovascular-related loci, comprising 49,320 SNPs across approximately 2000 loci, we evaluated the association of common and uncommon SNPs with adult height in 114,223 individuals from 47 studies and six ethnicities. A total of 64 loci contained a SNP associated with height at array-wide significance (p < 2.4 106), with 42 loci surpassing the conventional genome-wide significance threshold (p < 5 108). Common variants with minor allele frequencies greater than 5% were observed to be associated with height in 37 previously reported loci. In individuals of European ancestry, uncommon SNPs in IL11 and SMAD3, which would not be genotyped with the use of standard genome-wide genotyping arrays, were strongly associated with height (p < 3 1011). Conditional analysis within associated regions revealed five additional variants associated with height independent of lead SNPs within the locus, suggesting allelic heterogeneity. Although underpowered to replicate findings from individuals of European ancestry, the direction of effect of associated variants was largely consistent in African American, South Asian, and Hispanic populations. Overall, we show that dense coverage of genes for uncommon SNPs, coupled with large-scale meta-analysis, can successfully identify additional variants associated with a common complex trait.
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