HomeResearch LabsFoster LabFoster Lab基因组学转录组学基因组学/转录组学

该实验室长期以来关注的重点是丝虫寄生虫及其专性内生细菌沃尔巴克氏体的基因组。我们已经生成了高质量的基因组，这些基因组已作为解决蠕虫-细菌共生、种群基因组学、横向基因转移的基本性质的研究的启动板，并突出了候选药物靶点以供进一步表征。诸如 RNAi 之类的功能基因组方法用于询问选定基因的功能。我们还开发了在不同生命周期阶段和不同生理条件下更有效地对蠕虫和 Wolbachia 转录组进行双重 RNAseq 检查的方法。

比较基因组学开发的线虫染色体进化模型。

HomeResearch LabsGuan LabGuan Lab 全基因组 5hmC 和 5fC 分析全基因组 5hmC 和 5fC 分析

以单碱基分辨率绘制全基因组 5-羟甲基胞嘧啶 (5hmC) 和 5-甲酰基胞嘧啶 (5fC) 对于了解其生物学功能非常重要。我们开发了一种经济高效的映射方法，将 5hmC 特异性限制酶 PvuRts1I 与 5hmC 化学标记富集方法相结合。这种灵敏的方法能够检测低丰度 5hmC 位点，提供比目前可用的基于亚硫酸氢盐的方法更完整的 5hmC 景观。该方法还生成了单碱基分辨率的全基因组 5fC 图谱。平行分析表明，非 CpG 环境中的 5hmC 和 5fC 表现出比 CpG 环境中更低的丰度，更具动态性。在基因区域，5hmCpG 和 5fCpG 的分布不同于 5hmCH 和 5fCH (H = A、T、C)。 5hmC 和 5fC 明显分布在调节蛋白-DNA 结合位点，在允许转录中耗尽在因子结合位点上，并在活跃和稳定的增强子上富集。这种灵敏的无亚硫酸氢盐转化方法可应用于起始材料有限或低丰度胞嘧啶修饰的生物样品。

基因组方案-wide 5hmC 或 5fC 映射在单个基本分辨率。

主页研究实验室伯克曼实验室伯克曼实验室项目蛋白质折叠的遗传选择蛋白质折叠的遗传选择

遗传选择是一种强大的工具，使我们能够观察罕见的生物事件并解决难题。我们的实验室将可选择的表型与蛋白质折叠、蛋白质溶解度和蛋白质相互作用事件联系起来。利用来自不同生物体和环境的质粒基因组 DNA 文库，我们可以发现未表征的蛋白质折叠因子，并利用它们来改善大肠杆菌中的重组蛋白表达。我们最新的遗传探索总结：a) 发现新的折叠因子给定蛋白质，通过将蛋白质折叠与抗生素抗性联系起来b) 工程化具有增加溶解度的突变蛋白质c) 使用质粒文库鉴定蛋白质相互作用伙伴d) 选择修饰甲硫氨酸氧化还原状态的酶

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伯克男士实验室使用细菌遗传选择来识别新的酶和解决困难的强大解决方案蛋白质折叠问题。

在这张图片中，以氧化蛋氨酸亚砜 (MSO) 作为唯一蛋氨酸来源的最小琼脂平板用于发现修饰蛋氨酸氧化还原状态的酶。大肠杆菌细胞缺乏功能性甲硫氨酸亚砜还原酶 (Msr) 不生长（顶部部分）。使用基因组质粒文库进行遗传选择已鉴定出具有不同氧化还原活性水平的各种 Msr。

主页工具和资源使用指南一般分子生物学数据一般分子生物学数据

遗传密码氨基酸结构 DNA 碱基对核酸数据同位素数据酸和碱蛋白质数据核苷酸物理性质琼脂糖凝胶分辨率 Tris 缓冲液的 pH 与温度避免核糖核酸酶污染

产品描述

SOC Outgrowth 培养基：

1）适用于培养无dam和dcm甲基化的质粒

2）无动物来源产品

3）抗T1噬菌体感染 ( fhuA2 )

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