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我garuptor® 2 旨在提供 3 kb - 75 kb DNA 片段化的最佳体验。剪切性能与 DNA 样本的来源、浓度、温度或盐含量无关。我们的用户友好界面允许按顺序处理两个样品，无需额外的用户输入，也不会交叉污染。只需设置所需的参数，自动化系统就会处理剩下的事情。此设计消除了堵塞问题。使用 Megaruptor 进行剪切可使用 PacBio® 和 Oxford Nanopore™ 技术系统实现最佳的长读长测序。

感言

DNA Link, Inc. 成立于 2000 年 3 月 15 日，拥有凭借其 17 年的丰富经验，发展成为领先的全基因组服务提供商之一。 DNA Link参与了包括许多国家项目在内的众多基因组研究，并为基因组产业的发展做出了贡献。

一方面，DNA Link 非常亚洲第一家引进Pacific Bioscience RS II系统的公司，并被批准为PacBio全球八家认证服务商之一。自 2012 年以来，DNA Link 一直提供在严格标准下控制的高质量结果，并成功协助了众多研究项目。

PacBio 平台最大的优势在于它在所有测序平台中产生最长的读长，并构建长读长使用高分子量 DNA 的文库是利用这些平台的最关键部分。在 PacBio 文库制备过程中，根据文库大小剪切 DNA 分子是成功构建文库的第一步。只有在目标大小内剪切 DNA 分子才能获得足够的文库产量。

DNA Link 一直使用 Diagenode 的 Megaruptor 仪器进行剪切过程，因为它易于使用且污染少使用一次性用品的风险dropores，有助于提高实验室物流的整体效率。

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Hyeyoon, Jang - 实验室经理 - 韩国首尔演示了使用 Megaruptor® 2图像显示了用长片段 Hydropores 剪切的人类基因组 DNA 的 DNA 大小分布.答：在 1% 琼脂糖凝胶中通过脉冲场凝胶电泳 (PFGE) 分析 DNA，并使用 Image Lab 4.1 软件估计涂片的平均大小。 B：在 10、15、20、30 和 40 kb 的不同软件设置下剪切的人类基因组 DNA 片段分析仪图谱（25 ng/μl；200 μl/样本）。 （高灵敏度大片段分析试剂盒；高级分析技术es, Inc. 用于分离和确定片段大小）。* 表示未剪切的 DNA 评价

系统性能非常好。分离不同植物（Arabidopsis Alm、Hops polaris 和 wine Villard Blanc）的高分子量 DNA 并稀释至 50ng/µl 或 70ng/µl。我们的目标是体积为 150µl 的片段长度为 30kb。我们取得了良好的结果，我们将继续为 PacBio 测序进行磁珠纯化和文库制备。我喜欢 Megaruptor®2 的用户友好界面。只需指定两个参数：每个样本的体积和所需的平均片段大小。处理后的 DNA 大小分布很窄，约为 30kb。

Christa Lanz 和 Julia Hildebrandt，德国图宾根马克斯普朗克发育生物学研究所DocumentsMegaruptor® 2 Quick guide MANUAL shearin... 下载Megaruptor® 2 手册 MANUALThe Megaruptor® 2 旨在提供重新搜索者使用简单、自动化和 r... 下载 Megaruptor 2 传单 传单下载 Megaruptor® 在使用第三代测序技术进行长读测序的情况下剪切超长 DNA 片段的应用 应用说明 Megaruptor® 提供了一个简单、强大的工具，以及用于可重现 DNA s 的直接方法... 下载 Megaruptor 基因组 DNA 剪切用于大插入序列文库制备最先进的剪切装置，用于破坏、分离... 下载在 SMRTbell® 文库制备之前生成最佳长 DNA 片段://cdn0.iconfinder.com/data/icons/mtt-web-icons/139/article-128.png\">如何在您的作品中正确引用此产品

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使用 RADAR-seq 在全基因组范围内检测和定量 DNA 损伤。 ZatopekKelly M 等人。DNA 损伤的形成和持续会影响 DNA 复制和转录等生物过程。为了维持基因组的稳定性和完整性，生物体依赖于强大的 DNA 损伤修复途径。检测和定位基因组中 DNA 损伤位点的技术使我们能够了解在胚胎转录因子的克隆植物繁殖过程中诱导的可预测和稳定的表观突变的后果。 WibowoAnjar Tri 等人。克隆繁殖经常用于商业植物育种和生物技术项目，因为它最大限度地减少了遗传变异，但它并不是唯一的通常观察到具有稳定表型变化的克隆植物，这种现象称为体细胞克隆变异。几项研究已将表观遗传修饰诱导...

对微生物宏基因组学的第二代和第三代测序平台进行基准测试。 MeslierVictoria et al.Shotgun 宏基因组测序是研究复杂微生物群落的分类多样性和代谢潜力的常用方法。目前的方法主要使用第二代短读长测序，但第三代长读长技术的进步提供了克服一些挑战的机会。

伯氏锥虫中的线粒体 RNA 编辑：新工具，新启示al. 动质体是单细胞鞭毛虫，它们的名字来源于\"动质体”，这是它们单个线粒体中的一个区域，含有高 DNA 含量的细胞器基因组，称为动质体 (k) DNA。这个线粒体基因组的一些蛋白质产物a重新编码为密码基因；

通过比较基因组和转录组分析从中国海产品中分离的具有α-溶血素的非典型菌株副溶血性弧菌353的发病机制评估。 ZhaFei et al. 副溶血性弧菌暴发时常发生，因食用水产食物受各种毒力因子的影响而引起胃肠道疾病；然而，其发病机制尚不清楚。本研究从虾中分离出一株非典型的副溶血性弧菌菌株VP353。宫武S。等人。我们使用长读长测序仪开发了一种重复扩增疾病的诊断方法，以改进目前可用的低通量诊断方​​法。我们采用了使用自适应采样选项的纳米孔 GridION 测序仪的实时目标富集系统，其中基于软件的目标分配...

528 例中国食管鳞状细胞癌患者体细胞结构变异的特征。 Cui H. et al.Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) demonstrates high genome instability.在这里，我们分析了 528 个全基因组，以研究结构变异的机制和生物学功能。 SV 显示大小的多模式分布，表明不同的突变过程。我们开发了一种工具并定义了五种类型的......

The Capparis spinosa var. herbacea 基因组为 Capparaceae 家族的多样性和进化研究提供了第一个基因组仪器。 WangLei 等人 背景：刺山柑属 Capparis spinosa L. 是 Capparaceae 经济上最重要的物种之一，是一种适应干旱和恶劣环境的旱生灌木。然而，由于缺乏参考基因组，对该物种的遗传研究是有限的。调查结果：我们测序并评估...

基因组特征和抗微生物敏感性来自非洲之角的单峰骆驼的能力。阿卡苏该家族的成员，尤其是葡萄球菌属的成员，包括重要的人类和动物病原体。我们从索马里和肯尼亚的明显健康和患病的骆驼 (= 84) 和牛 ( = 7) 中收集并鉴定了菌株。我们对菌株进行了表型表征，包括它们的抗...

土壤草酸氧化细菌 Cupriavidus oxalaticus 菌株 Ox1 及其衍生的 mCherry 标记菌株的完整基因组序列。 PalmieriFabio 等。在这里，我们报告了土壤草酸氧化细菌 Cupriavidus oxalaticus Ox1 和衍生的 mCherry 标记菌株的完整基因组序列。基因组大小约为 6.69Mb，GC 含量为 66.9%。 Ox1 的基因组序列包含一个完整的操纵子，用于降解和同化...

线虫 Parapristionchus giblindavisi 的改进基因组提供了对谱系特异性基因家族进化的见解离子。罗斯勒W。等。线虫，如秀丽隐杆线虫和 Pristionchus pacificus 是比较生物学极其成功的模式生物。多项研究表明，表型新颖性以及保守过程均受分类单元限制基因的控制。为了追溯这种新的或快速进化的植物的进化...

满天星染色体水平的基因组揭示了花发育和乙烯不敏感性的分子机制 FanLi et al.满天星属于石竹目石竹科，是世界著名的切花之一。它通常用作干花，而花衰老的潜在机制尚未得到解决。在这里，我们展示了 G. paniculata 的染色体规模基因组组装......

在 NOTCH2NLC 中具有双等位基因 GGC 重复扩增的患者表现出典型的神经元核内包涵体病表型。 Kameyama Shinichi 等人。我们报告了两名患者在 NOTCH2NLC 中存在双等位基因 GGC 重复扩增的常染色体显性遗传神经元核内包涵体病 (NIID)，以揭示重复扩增接合性对临床表型的影响。整个 NOTCH2NLC GGC 重复序列扩增和 DNA 甲基化的接合性比较...

单倍型解析的染色体水平鳄梨基因组允许分析新的鳄梨基因 Onkar N. 等。鳄梨 (Persea americana) 是木兰科植物的一员，木兰科植物是被子植物的早期分支谱系，在全球范围内具有很高的价值，其果实营养丰富。在这里，我们报告了商业鳄梨品种 Hass 的染色体水平基因组组装，它代表了世界上 80% 的鳄梨品种......

使用完整的叶绿体基因组作为超级条形码鉴定 Laportea bulbifera王文婷等.生长在喀斯特地区的苗族药材紫珠草对老年人皮肤瘙痒有独特的疗效，年产销量&g吨;亿元人民币。 L. bulbifera资源匮乏，形态变异大，利用Oxford Nanopore R10.4长读长测序技术难以正确鉴定物种。

来自纯培养物和宏基因组的细菌基因组，无需短读或参考抛光。 SereikaMantas et al.Long-read Oxford Nanopore 测序使微生物基因组测序民主化，并能够从分离物或宏基因组中恢复高度连续的微生物基因组。然而，要获得接近完成的基因组，必须包括短读长抛光以纠正源自...

多重耐药弯曲杆菌菌株 YH501、YH503 和 YH504 的完整基因组序列, 来自 Retail Chicken。 HeYiping et al. 大肠杆菌是一种重要的食源性致病菌，可引起人体肠道炎症和腹泻。完整的基因组，包括 megaplasmi对来自零售鸡的大肠杆菌菌株 YH501、YH503 和 YH504 的 ds 进行了测序和组装。全基因组分析揭示了许多毒力和...

Nannochloris desiccata 2437 及其相关细菌群落的高质量基因组组装。 SandersClaire K 等人为非无菌海洋微藻 Nannochloris desiccata UTEX 2437 及其八种相关环境细菌物种生成了高质量的基因组序列。 UTEX 2437 是二倍体，其 20.738-Mbp 核基因组序列组装成 29 个重叠群。

长读长牛津纳米孔测序揭示了涉及 2、7 和 13 号染色体的复杂染色体重排的从头案例。XingLingling背景：复杂的染色体重排 (CCR) 与高生殖风险、不育、后代异常和女性反复流产有关。准确描述未受影响的个体中明显平衡的染色体重排非常重要。我方法：CCR 年轻偶联...

在昆虫常染色体中积累内共生体基因组，然后进行内共生体置换。 TvedteEric S.等人。真核生物基因组可以通过横向基因转移 (LGT) 获得细菌 DNA。 LGT 的一个重要来源是沃尔巴克氏体，这是一种广泛分布的节肢动物和线虫的内共生体，通过雌性生殖细胞进行母系传播。从Wolbachia endosymbiont wAna 到Drosophila ananassae 的DNA 转移是ex...

NanoporeSequencing 确定Turner 综合征X 染色体上的DNA 高甲基化和特异性甲基化谱 FanXin et al.Turner 的分子遗传机制综合征 (TS) 仍有许多有待发现。方法：选择 TS（45X0）患者和年龄匹配的对照（46XX 和 46XY）。纳米孔测序结合三重全外显子组测序（trio-WES）首次用于研究TS。结果：十三...

Anoplius nigerrimus (Scopoli, 1763), 蜘蛛黄蜂 FalkSteven 和 BroadGavin 我们展示了来自个体 Anoplius nigerrimus（节肢动物门；昆虫门；膜翅目；蜂科）的未知性别的基因组组装。基因组序列跨度为 624 兆碱基。总的来说，45.75% 的组装被搭建成 15 个染色体假分子。还组装了线粒体基因组，并且是 17.5...

家族性长读长测序增加了从头突变的产量。 NoyesMichelle D 等人的从头突变 (DNM) 研究通常排除了基因组中一些最重复和最复杂的区域，因为这些区域不能用短读长测序数据明确映射。为了更好地理解 DNM 的全基因组模式，我们生成了来自自闭症父母的长读长序列数据...

转座子活性、局部重复和跨单倍型结构变异的传播推动了果蝇 S2 细胞的进化线。 LewerentzJacob 等人 背景：永生化细胞系是 w理想使用的模型系统，其基因组通常是高度重排和多倍体。然而，它们的基因组结构很少被破译，因此在分析过程中没有被考虑在内。因此，我们使用链接的短读长和长读长测序来执行单倍型水平的重建...

系统基因组学和比较基因组学突出了物种的特定遗传特征。 SunYi-Fei et al.Polyporales 中的物种是传统医学中使用的与生态和经济相关的木材腐烂物，但它们的基因组特征仍然很少记录。在本研究中，我们进行了系统基因组学和比较基因组分析，以更好地了解这种真菌谱系的遗传蓝图...

突破 HiFi 组件的极限揭示了两个拟南芥基因组之间的着丝粒多样性 RabanalFernando A . and GräffMaike and LanzChrista and FritschiKatrin and LlacaVictor and LangMichelle and Carbonell-BejeranoPablo and HendersonIan and Weigel Detlef 虽然很长广告测序通常可以实现染色体水平的基因组重建，但目前仍不清楚如何常规地获得无缝组装。在模型植物拟南芥中，除了参考登录号 Col-0 之外，所有其他登录号都使用长读长进行重新组装，直到...

具有稳定的基因库和转座因子的染色体重排在侵入性森林病原真菌中Demené A. et al.Chromosomal rearrangements 已在真核生物中得到广泛描述，并且可能对物种进化产生重要影响。真菌的高基因组可塑性经常被报道，这可能解释了它们明显的快速适应新环境的能力。 Cryphonectria parasitica，导致板栗...

在捷克共和国分离出的三种产 GES 肠杆菌的基因组特征。菲尼亚诺斯M。等人。目标：本研究的目的是表征三种产 GES 肠杆菌的基因组特征，这些肠杆菌来自捷克医院。方法：2020 年，在对布拉格总医院医院表面进行的例行筛查中，阴沟肠杆菌的两个菌株（CZ862 和 CZ863）改进了阴沟肠杆菌的染色体水平基因组组装Glanville fritillarybutterfly () integrating Pacific Biosciences long reads and ahigh-density linkage map Smolander Olli-Pekka et al. 摘要背景 Glanville fritillary (Melitaea cinxia) 蝴蝶是碎片化景观中集合种群动力学研究的模型系统。在这里，我们提供了 Pacific Biosciences 对雄性池的测序产生的蝴蝶基因组的染色体级组装，并结合连锁图...

PRINCESS：全面检测单倍型解析的 SNV、SV、和甲基化。 Mahmoud Medhat 等人。长读长测序已被证明在结构变异 (SV) 检测和甲基化调用方面具有优势。许多研究关注 SV、甲基化或 SNV 定相；呵呵然而，只有变异的组合才能提供对样本的全面洞察，从而实现生物学的新发现...

建立社区参考样本、数据和调用集，用于使用全基因组测序进行癌症突变检测的基准测试。 Fang Li Tai 等人缺乏用于生成标准化 DNA 数据集以建立测序管道或对不同算法的性能进行基准测试的样本，这限制了癌症基因组学的实施和采用。在这里，我们描述了从成对的肿瘤-正常基因组 DNA (gDNA) 样本获得的参考调用集......

LeafGo：Leaf to Genome，一种快速的工作流程，可以使用长读测序技术。 Driguez Patrick et al.Currently, 不同的测序平台用于生成植物基因组，并且没有适当开发工作流程来优化时间、成本和组装质量。我们介绍了 LeafGo，一个完整的从头植物基因组工作流程，它从组织开始，通过适度的实验室和生物信息学研究生成基因组...

靶向长读长测序可识别缺失的致病变异。 Miller Danny E 等人。尽管进行了广泛的临床基因检测，但许多疑似遗传病的人缺乏准确的诊断，限制了他们利用最先进治疗的机会。在某些情况下，测试揭示了难以评估的结构差异、未完全解释的候选变体......

捷克医院 Kraftova Lucie 等人的 KPC 生产流行病传播的证据。The aim of本研究旨在描述产生 KPC 的菌株的持续传播，该菌株正在捷克医院中演变成流行病。 2018-2019年期间，共从20家医院回收产KPC肠杆菌108株。对长读长测序数据的分析揭示了...

USDA-ARS Ag100Pest 计划：高质量基因组组装用于农业害虫节肢动物研究 ChildersA.K. et al.Simple Summary 高质量的基因组组装是现代生物学研究的基本工具。过去，对于大多数非模式昆虫物种来说，创建基因组组装成本高得令人望而却步且非常耗时，部分原因在于从...中分离出必要数量和质量的 DNA 存在技术挑战。

美国龙虾基因组揭示了关于长寿、神经和免疫适应的见解。 Polinski J. M. 等人。美洲龙虾是海洋生态系统不可或缺的一部分，支持重要的商业渔业。这一标志性物种还可以作为破译控制节律运动模式和嗅觉的神经网络的宝贵模型。在这里，我们报告了具有 25,284 个预测...的高质量基因组草图。

对黄连基因组的分析揭示了原小檗碱类生物碱的多样化。刘 Y.等。黄连 (Coptis chinensis Franch.), 成员毛茛目代表了一个重要的早期分化真双子叶植物谱系，具有多种药用价值。在这里，我们提出了一个高质量的染色体规模基因组组装和 C. chinensis 的注释。系统发育和比较基因组分析显示...

使用高通量测序技术评估猪内源性逆转录病毒的感染性。 Kono K. 等人基于异种细胞的治疗产品有望缓解人类供体器官的长期短缺。例如，目前正在开发用于治疗人类糖尿病的猪胰岛细胞产品。由于猪细胞具有内源性逆转录病毒 (PERV)，它可以在人类细胞中复制...

两个同域海鞘谱系中的染色体倒位多态性。 Satou, Yutaka and Sato, Atsuko and Yasuo, Hitoyoshi and Mihirogi, Yukie and Bishop, John and Fujie, Manabu and Kawamitsu, Mayumi and Hisata, Kanako and Satoh, Noriyuki 染色体重排会降低杂合子的适应度ygotes，从而阻止基因流动。因此，这种重排可以在当地适应和物种形成中发挥作用。特别是，倒位被认为是染色体物种形成的主要潜在原因。有两个密切相关的部分...

完整的脊椎动物有丝分裂基因组揭示了广泛的重复和基因复制。 Formenti G. et al. 背景：现代测序技术应该使组装相对较小的线粒体基因组变得容易。然而，很少有工具可以直接解决线粒体组装问题。结果：作为脊椎动物基因组计划 (VGP) 的一部分，我们开发了 mitoVGP，这是一种全自动流程，用于模拟...

在侵入性森林致病真菌 Demené 中进行染色体重排，但基因和转座因子库没有变化, A. et al.Chromosomal rearrangements 已在真核生物中得到广泛描述，并且可能对物种进化产生重要影响。高基因组可塑性e 经常在真菌中被报道，这可能解释了它们明显的快速适应新环境的能力。 Cryphonectria parasitica, causing Chestnut ...

位于 ABCG2 基因顺式调控区的单核苷酸多态性变异与野鸭蛋颜色有关。刘 H.等。鸟类卵的颜色是由自然选择决定的，但其遗传基础仍不清楚。在这里，我们根据来自分离种群结果的 352 只鸭子 (Anas platyrhynchos) 的重新测序，使用全基因组关联分析和血统鉴定将绿色鸡蛋颜色精细映射到 Chr4 的 179-kb 区域...

VIM 和 MCR 联合生产者的基因组特征：前两个临床案例，在意大利。 Marchetti、Vittoria Mattioni 和 Bitar、Ibrahim 和 Sarti、Mario 和 Fogato、Elena 和 Scaltriti、Erika 和 Bracchi、Chiara 和 Hrabak、Jaroslavand Pongolini、Stefano 和 Migliavacca、Roberta感染治疗中的危险事件。该研究的目的是表征意大利两种临床复合体 (ECC) 分离株的基因组特征，它们共同产生 VIM 和 MCR 酶。方法：物种鉴定和抗生素研究...

染色体规模的基因组组装提供了对百香果 (Passiflora edulis Sims) 进化和风味合成的深入了解。 Xia Z. et al. 百香果 (Passiflora edulis Sims) 是一种具有经济价值的水果，在世界热带和亚热带地区均有栽培。在这里，我们报告了 ~1341.7Mb 的百香果染色体级基因组组装，其中 98.91% (~1327.18Mb) 的组装分配给了九个假染色体。 T...

人类着丝粒重复序列结构的快速和持续进化。 Suzuki Y. 等人。我们对人类着丝粒序列变异的理解受到其极长的嵌套重复结构的限制，称为高阶重复，这是挑战进行排序。在这里，我们使用来自不同人群的 36 个个体的长读长测序数据分析了 11、17 和 X 号染色体。

使用 WENGAN 对人类基因组进行高效的杂交从头组装。 Di Genova A. 等人。事实证明，仅使用长的、容易出错的读取来生成大型、重复丰富的人类基因组的准确基因组组装是困难的，并且大多数从长读取组装的人类基因组添加准确的短读取以完善共有序列。在这里，我们报告了一种混合装配算法 WENGAN，它提供了非常高的...

使用基于体内图像和 CRISPR/Cas9 的方法翻译 GWAS 识别的心律和心率位点。 von der Heyde B、Emmanouilidou A、Mazzaferro E、Vicenzi S、Höijer I、Klingström T、Jumaa S、Dethlefsen O、Snieder H、de Geus E、Ameur A、Ingelsson E、Allalou A、Brooke HL、den Hoed MA meta-全基因组关联研究 (GWAS) 的分析确定了八个与心率变异性 (HRV) 相关的位点，但是这些基因座中的候选基因仍未表征。我们开发了一种基于图像和 CRISPR/Cas9 的管道，以系统地表征活斑马鱼中 HRV 的候选基因......

来自意大利 Mattioni 临床 ST69 大肠杆菌菌株的 VIM 窝藏 IncA 质粒的基因组学洞察， Marchetti Vittoria 和 Bitar、Ibrahim 和 Piazza、Aurora 和 Mercato、Alessandra 和 Fogato、Elena 和 Hrabak、Jaroslav 和 Migliavacca、Roberta 背景：VIM（维罗纳整合子编码的金属-β-内酰胺酶）是金属-β-内酰胺酶（MBLs）的成员), 并且能够水解所有 β-内酰胺类抗生素，单内酰胺类除外，包括碳青霉烯类。在这里，我们描述了从临床 ST69 大肠杆菌中分离出的产生 VIM 的 IncA 质粒的特征...

来自意大利 Mattioni MV 等人的临床 ST69 大肠杆菌菌株中含有 VIM 的 IncA 质粒的基因组学见解。背景：VIM（Verona Integron 编码的金属-β-内酰胺酶）是金属-β-内酰胺酶 (MBL) 的成员，并且能够水解所有 β-内酰胺类抗生素，单内酰胺类除外，包括碳青霉烯类。在这里，我们描述了从临床 ST69 大肠杆菌中分离出的产生 VIM 的 IncA 质粒的特征。

摩洛哥北部马铃薯种植区的杆菌科物种的多样性。 Oulghazi S、Moumni M、Khayi S、Robic K、Sarfraz S、Lopez-Roques C、Vandecasteele C、Faure DDickeya 和 Pectobacterium 病原体是影响全球许多作物的多种疾病的病原体。这项工作调查了摩洛哥这些病原体的物种多样性，最近才从马铃薯田中分离出 Dickeya 病原体。为此，在三个主要领域进行了取样......

广泛结构变异对番茄基因表达和作物改良的主要影响。 Alonge M, Wang X, Benoit M, Soyk S, Pereira L, Zhang L, Suresh H, Ramakrishnan S, Maumus F, Ciren D, Levy Y, Harel TH, Shalev-Schlosser G, Amsellem Z, Razifard H, Caicedo AL,蒂曼马克，Klee H、Kirsche M、Aganezov S、Ranallo-Benavidez TR、Lemmon ZH、Kim JStructural variants (SVs) 是重要作物改良和驯化性状的基础。然而，解决 SV 的范围、多样性和定量影响一直具有挑战性。我们使用长读长纳米孔测序在 100 个不同的番茄品系中捕获了 238,490 个 SV。这个 panSV 基因组连同 14 个新参考基因...

宿主特异性进化和传播动力学塑造了人类皮肤中表皮葡萄球菌的功能多样化。 Zhou W, Spoto M, Hardy R, Guan C, Fleming E, Larson PJ, Brown JS, Oh J 细菌菌株多样性和传染病传播研究的元基因组推断在很大程度上假设了一个显性的个体内单倍型。我们假设个体内部细菌种群多样性对于健康微生物组和感染风险的稳态至关重要。我们表征了...

LongQC：第三代测序长读长的质量控制工具数据 Fukasawa Yoshinori 等人。我们建议将 LongQC 作为一种简单且自动化的质量控制工具，用于由第三代测序 (TGS) 技术（例如 Oxford Nanopore 技术 (ONT) 和 Pacific Bioscience (PacBio) 的 SMRT 测序）生成的基因组数据集。针对long read数据优化关键统计，LongQC覆盖所有主要...

基因组序列ofsp.菌株 JOR-1，一种来自死海的极端嗜盐古细菌。 Anton BP, DasSarma P, Martinez FL, DasSarma SL, Al Madadha M, Roberts RJ, DasSarma SAn 极端嗜盐古细菌，sp。 JOR-1 菌株分离自约旦王国死海东海岸，并使用单分子实时 (SMRT) 测序法进行测序。富含 GC 的 2.5-Mbp 基因组由环状染色体和大质粒组成。该基因组包含 2,633 个基因，并包含...

圆形虾虎鱼基因组提供了对可能促进生物入侵的机制的见解。 Adrian-Kalchhauser I, Blomberg A, Larsson T,Musilova Z、Peart CR、Pippel M、Solbakken MH、Suurväli J、Walser JC、Wilson JY、Alm Rosenblad M、Burguera D、Gutnik S、Michiels N、Töpel M、Pankov K、Schloissnig S、Winkler S 背景：侵入性底栖生物虾虎鱼 (Neogobius melanostomus) 是最成功的温带入侵鱼类，已遍布大西洋两岸的水生生态系统。入侵物种构成了强大的原位实验系统，用于研究短生态系统的快速适应和定向选择。

红豆杉（紫杉科）的完整线粒体基因组：八个蛋白质编码基因已转移到核基因组. Kan SL, Shen TT, Gong P, Ran JH, Wang XQ 背景：裸子植物代表种子植物六个谱系中的五个。然而，大多数已测序的植物线粒体基因组 (mitogenomes) 都是为被子植物生成的，而只有六种裸子植物生成了 mitogenomic 序列。特别是，完整的有丝分裂基因组可用于所有主要...

蝙蝠天蛾 Hyles vespertilio（鳞翅目：天蛾科）的高度连续的基因组组装。 Pippel M、Jebb D、Patzold F、Winkler S、Vogel H、Myers G、Hiller M、Hundsdoerfer 知识背景：Hyles 属的蛾类适应不同的生态位，表现出惊人的幼虫颜色模式多样性。这些物种在大约 750 万年前分化，使这个相当年轻的属成为一个有趣的系统，可用于研究广泛的问题，包括 s...

Abrin-Like 和 Prepropulchellin-Like 毒素基因的检测和转录本使用全基因组测序和全长转录本测序。 Hovde BT、Daligault HE、Hanschen ER、Kunde YA、Johnson MB、Starkenburg SR、Johnson SL对 和 的近亲的基因组测序和叶转录组进行了分析，以表征毒素基因表达的遗传基础。从高质量的基因组组装中，共鉴定出 26 个潜在编码区，其中包含具有 abrin-like、pulchellin-like 和 agglutinin-like hom 的基因...

NanoSatellite：通过 PromethION 上的全基因组长读长测序准确表征扩展的串联重复序列长度和序列。 De Roeck A、De Coster W、Bossaerts L、Cacace R、De Pooter T、Van Dongen J、D\'Hert S、De Rijk P、Strazisar M、Van Broeckhoven C、Sleegers K疾病中的串联重复。我们表明，每个个体使用单个 Oxford Nanopore Technologies PromethION 流动槽进行长读长测序可实现 30× 人类基因组覆盖，并能够准确评估串联重复序列，包括...

对 6 个后代的基因组和表型分析一头经过基因组编辑的无角公牛。 Young AE, Mansour TA, McNabb BR, Owen JR, Trott JF, Brown CT, Van Eenennaam AL基因组编辑和生殖克隆之前曾用于生产两头无角奶牛。我们杂交了一头基因组编辑的奶牛，纯合子对于显性 P Celtic POLLED 等位基因，有角奶牛 (pp) 和获得六只杂合子 (Pp) 无角小牛。小牛没有角，并且在其他方​​面正在愈合...

从日本与生牛肉消费相关的大规模爆发中恢复的肠出血性大肠杆菌 O111:H8 菌株的完整基因组序列。 Sekizuka T、Lee K、Kimata K、Isobe J、Kuroda M、Iyoda S、Ohnishi M、Sata T、Watahiki MWe 展示了肠出血性 O111:H8 菌株的完整基因组序列。该菌株分离自一名溶血性尿毒症综合征患者，并导致 2011 年与生牛肉消费相关的大规模爆发。

长读长测序和单倍型连锁分析使携带该病毒的患者能够进行植入前基因检测致病性倒置。 Zhang S, Liang F, Lei C, Wu J, Fu J, Yang Q, Luo X, Yu G, Wang D, Zhang Y, Lu D, Sun X, Liang Y, Xu C 背景：植入前基因检测 (PGT) 已经已应用于已知的患者携带染色体结构变异以改善辅助生殖的临床结果。然而，传统的分子技术无法可靠地区分携带平衡反转 f...的胚胎。

准确的循环共识长读长测序改进了人类基因组的变异检测和组装。 Wenger AM, Peluso P, Rowell WJ, Chang PC, Hall RJ, Concepcion GT, Ebler J, Fungtammasan A, Kolesnikov A, Olson ND, Töpfer A, Alonge M, Mahmoud M, Qian Y, Chin CS, Phillippy AM, Schatz MC , Myers G, DePristo MA, Ruan J, Marschall T, Sedlazeck FJ, Zook JM, L当今使用的 DNA 测序技术要么产生高度准确的短读，要么产生不太准确的长读。我们报告了循环一致性测序 (CCS) 的优化，以提高单分子实时 (SMRT) 测序 (PacBio) 的准确性，并生成高度准确 (99.8%) 的长高保真...

WHO 参考菌株 f 的参考基因组和比较基因组分析或 Mycobacterium bovis BCG Danish，目前的结核病疫苗。 Borgers K, Ou JY, Zheng PX, Tiels P, Van Hecke A, Plets E, Michielsen G, Festjens N, Callewaert N, Lin YC 背景：牛分枝杆菌卡介苗 (M. bovis BCG) 是唯一可用的抗结核疫苗（结核病）。为了使疫苗生产标准化，BCG Danish 1331、Tokyo 172-1 和 Russia BCG-1 三个亚株被确定为 WHO 参考株。均适用于 BCG ...

基于长读长的低复杂性宏基因组样本的从头组装产生了完整的基因组，并揭示了对菌株多样性和活性噬菌体系统的见解。 Somerville V、Lutz S、Schmid M、Frei D、Moser A、Irmler S、Frey JE、Ahrens 背景：完整且连续的基因组组装极大地提高了后续全系统功能分析研究的质量和获得新生物学见解的能力。虽然分离细菌菌株的从头基因组组装在大多数情况下，关于黄瓜 (Cucumis sativus L.) 的染色体规模基因组组装在大多数情况下是直接的、信息量更大的数据。 Li Q, Li H, Huang W, Xu Y, Zhou Q, Wang S, Ruan J, Huang S, Zhang Z 背景：准确和完整的参考基因组组装是生物学研究的基础。黄瓜是一种重要的蔬菜作物，也是性别决定和维管生物学的模型系统。低覆盖度 Sanger 序列和高覆盖度短 Illumina 序列已用于组装草黄瓜...

基因组序列和甲基化模式 ofsp。菌株 BOL3-1，第一个从玻利维亚乌尤尼盐沼分离和培养的盐生古菌。 Priya DasSarma、Anton BP、DasSarma S、Laye VJ、Guzman D、Roberts RJ、DasSarma Ssp。菌株 BOL3-1 分离自玻利维亚乌尤尼盐沼，并使用单分子实时测序法进行测序。对其 3.7-Mbp 基因组进行了基因含量和甲基化模式分析，并纳入了 Haloarchaeal Genomes Database (http://halo.umbc.edu)。黄芩的多嗜极端性和高分子...

黄芩的参考基因组序列为汉黄芩素生物合成的进化提供了见解。 Zhao Q、Yang J、Cui MY、Liu J、Fang Y、Yan M、Qiu W、Shang H、Xu Z、Yidiresi R、Weng JK、Pluskal T、Vigouroux M、Steuernagel B、Wei Y、Yang L、Hu Y , Chen XY, Martin CScutellaria baicalensis Georgi 在中国传统医学中很重要，其中干燥根\"黄琴”的制剂用于治疗肝和肺部疾病以及辅助治疗癌症。我们报告了黄芩的高质量参考基因组序列，其中 93% 的 408.14-Mb 基因组是...

生物相容的 N-乙酰半胱氨酸还原氧化石墨烯并作为绿色自由基清除剂。 Palmieri V、Dalchiele EA、Perini G、Motta A、De Spirito M、Zanoni R、Marrani AG、Papi MWe 证明 N-乙酰半胱氨酸 (NAC) 在室温下还原氧化石墨烯 (GO)。这代表一种生产还原 GO (rGO) 的新绿色方法。正如几种光谱技术所证明的那样，NAC 粘附在 rGO 表面，并避免了 GO 介导的谷胱甘肽氧化。这种方法提供了新的机会……

植物线粒体 DNA 的替代现实 Alexander Kozik、Beth A. Rowan、Dean Lavelle、Lidija Berke、M. Eric Sc​​hranz、Richard W. Michelmore 和 Alan C. ChristensenPlant 线粒体基因组通常被组装并显示为圆形图，基于广泛持有的假设，即圆形基因组分子是线粒体 DNA 的主要形式，尽管有相反的证据。许多植物线粒体基因组具有一对或多对大重复序列，可以充当...

表征人类基因组的主要结构变异等位基因。 Audano PA, Sulovari A, Graves-Lindsay TA, Cantsilieris S, Sorensen M, Welch AE, Dougherty ML, Nelson BJ, Shah A, Dutcher SK, Warren WC, Magrini V, McGrath SD, Li YI, Wilson RK, Eichler EE顺序提供作为人类结构变异 (SV) 的综合资源，我们生成了长读长序列数据并分析了 15 个人类基因组的 SV。我们对 99,604 个插入、缺失和倒位进行了测序，其中包括 2,238 个（1.6 Mbp），它们在所有发现的基因组中共享，另外还有...

藤黄微球菌 SA211（一种嗜盐菌）的完整基因组序列和甲基化组分析，来自阿根廷的耐锂放线菌。 Martínez FL、Anton BP、DasSarma P、Rajal V、Irazusta V、Roberts RJ、DasSarma S 藤黄微球菌已在广泛的栖息地中被发现。我们通过单分子实时测序报告了从阿根廷高盐度、富锂、高海拔盐滩分离的菌株 SA211 的完整基因组序列和甲基化组分析。

WHO 参考的参考基因组牛分枝杆菌 BCG 丹麦菌株，目前的结核病疫苗 Katlyn Borgersa,Jheng-Yang Ouc, Po-Xing Zhengc, Petra Tielsa, Annelies Van Heckea, Evelyn Pletsa、Gitte Michielsena、Nele Festjensa、Nico Callewaerta、Yao-Cheng Lin牛分枝杆菌卡介苗 (M. bovis BCG) 是唯一可用于预防结核病 (TB) 的疫苗。本研究报告了 BCG 的综合基因组分析工作流程，得到了 BCG Danish 1331 (07/270) 的完整组装基因组序列，BCG 是 WHO 的参考菌株之一...

SMRT 长读长Direct Label and Stain 光学图可以为欧洲家燕 (Hirundo rustica rustica) 生成高质量的基因组组装。 Formenti G, Chiara M, Poveda L, Francoijs KJ, Bonisoli-Alquati A, Canova L, Gianfranceschi L, Horner DS, Saino N背景：家燕 (Hirundo rustica) 是一种候鸟，一直是大量研究的焦点生态学、行为学和遗传学研究。为了促进进一步的种群遗传学和基因组研究，我们在这里展示了欧洲亚种 (H. r. rustica) 的参考基因组组装。发现...

改进的埃及伊蚊参考基因组为虫媒病毒载体控制提供信息。 Matthews BJ, Dudchenko O, Kingan SB, Koren S, Antoshechkin I, Crawford JE, Glassford WJ, Herre M, Redmond SN, Rose NH, Weedall GD, Wu Y, Batra SS, Brito-Sierra CA, Buckingham SD, Campbell CL, Chan S、Cox E、Evans BR、Fansiri T、Filipović I、Fontaine A、GlFemale Aedes aegypti 蚊子每年用危险的病毒病原体感染 4 亿多人，包括登革热、黄热病、寨卡病毒和基孔肯雅热。由于缺乏高质量的基因组组装，减缓了对蚊子生物学的理解和开发对抗它们的工具的进展...

蒺藜苜蓿共生基因的全基因组景观。 Pecrix Y, Staton SE, Sallet E, Lelandais-Brière C, Moreau S, Carrère S, Blein T, Jardinaud MF, Latrasse D, Zouine M, Zahm M, Kreplak J, Mayjonade B, Satgé C, Perez M, Cauet S, Marande W、Chantry-Darmon C、Lopez-Roques C、Bouchez O、Bérard A、Debellé F、MuAdvances in deciphering 测序技术的最新突破促进了真核基因组的功能结构，使基因组序列组装中的基因和重复元素能够更全面地表示，以及基因 e 的更灵敏和组织特异性分析......

使用纳米孔长读长和光学图谱的植物基因组染色体级组装。 Belser C, Istace B, Denis E, Dubarry M, Baurens FC, Falentin C, Genete M, Berrabah W, Chèvre AM, Delourme R, Deniot G, Denoeud F, Duffé P, Engelen S, Lemainque A, Manzanares-Dauleux M, Martin G, Morice J, Noel B, Vekemans X, D\'Hont A, Rousseau-Gueutin M, 植物基因组通常具有高水平的重复性和多倍体特性。因此，为植物基因组创建基因组组装具有挑战性。 10 年前引入短读长技术大大增加了可用植物基因组的数量。通常，这些组装体 ...

Col 的基因组基础或丑角瓢虫中的模式多态性。 Gautier M, Yamaguchi J, Foucaud J, Loiseau A, Ausset A, Facon B, Gschloessl B, Lagnel J, Loire E, Parrinello H, Severac D, Lopez-Roques C, Donnadieu C, Manno M, Berges H, Gharbi K, Lawson-Handley L、Zang LS、Vogel H、Estoup A、Prud\'homme B 许多动物物种包含离散的表型形式。昆虫自然种群中的一个常见例子是不同颜色模式的出现，这激发了丰富的生态和遗传研究 [1-6]。显示离散颜色模式的深色（即黑色素）形式的出现是...

gadid 物种中血红蛋白基因簇的长读长序列捕获。 Hoff SNK, Baalsrud HT, Tooming-Klunderud A, Skage M, Richmond T, Obernosterer G, Shirzadi R, Tørresen OK, Jakobsen KS, Jentoft S将高通量测序与靶向序列捕获相结合已成为研究特定基因组区域的有吸引力的工具兴趣。迄今为止，大多数研究都集中在外显子组采用短读技术。这些方法并非旨在捕获重建基因组组织所需的基因间区域...

五个大陆种群中的基因组结构变异。 Long E, Evans C, Chaston J, Udall JA染色体结构变异 (SV)，包括插入、缺失、倒位和易位，发生在基因组内，对生物表型有显着影响。其中一些影响是由包含基因的结构变异引起的。大的结构变异代表显着的 amo...

长读长测序在外显子组阴性病例中鉴定出因果结构变异，并使植入前遗传学诊断成为可能。 Miao H、Zhou J、Yang Q、Liang F、Wang D、Ma N、Gao B、Du J、Lin G、Wang K、Zhang Q 背景：对于一部分临床判断为隐性孟德尔疾病的个体，只有一个杂合子致病性变异可以从临床全外显子组测序（WES）、posing 对基因诊断和遗传咨询的挑战。一个可能的原因是检测 d...的能力有限。

跨 C9orf72 \'GGGGCC\' 重复扩增的长读长测序：对人类疾病临床应用和基因发现工作的影响。 Ebbert MTW, Farrugia SL, Sens JP, Jansen-West K, Gendron TF, Prudencio M, McLaughlin IJ, Bowman B, Seetin M, DeJesus-Hernandez M, Jackson J, Brown PH, Dickson DW, van Blitterswijk M, Rademakers R, Petrucelli L, Fryer JDB 背景：许多神经退行性疾病是由核苷酸重复扩增引起的，但大多数扩增，如 C9orf72 \'GGGGCC\' (GC) 重复导致大约 5-7% 的肌萎缩侧索硬化 (ALS) 和额颞叶痴呆 (FTD) ) 个案，太长而无法使用短读长测序技术进行测序...

昆虫病原细菌的完整甲基化组揭示了具有未甲基化腺嘌呤的基因座的存在。 Payelleville A、Legrand L、Ogier JC、Roques C、Roulet A、Bouchez O、Mouammine A、Givaudan A、Brillard JDNA 甲基化可用于控制真核生物和原核生物中的多种现象，包括导致细胞分化的基因调控。在细菌中，已经描述了几个物种的 DNA 甲基化组（即整个基因组每个碱基的甲基化状态），但是甲基化组谱在 l...

血红蛋白的长读序列捕获跨鳕鱼物种的基因簇。 Hoff SNK, Baalsrud HT, Tooming-Klunderud A, Skage M, Richmond T, Obernosterer G, Shirzadi R, Tørresen OK, Jakobsen KS, Jentoft S将高通量测序与靶向序列捕获相结合已成为研究特定基因组区域的有吸引力的工具兴趣。迄今为止，大多数研究都集中在使用短读技术的外显子组上。这些方法并非旨在捕获重建基因组组织所需的基因间区域...

用于阐明观赏性状的蔷薇的高质量基因组序列。海布兰赛恩t-Oyant L、Ruttink T、Hamama L、Kirov I、Lakhwani D、Zhou NN、Bourke PM、Daccord N、Leus L、Schulz D、Van de Geest H、Hesselink T、Van Laere K、Debray K、Balzergue S， Thouroude T, Chastellier A, Jeauffre J, Voisine L, Gaillard S, Borm TJA, AreRose 是世界上最重要的观赏植物，具有经济、文化和象征价值。玫瑰在世界范围内种植，并作为花园玫瑰、切花和盆栽植物出售。玫瑰是近亲繁殖的，可以有不同的倍性水平。我们的目标是为...开发高质量的参考基因组序列。

下一代测序技术概述。 Slatko BE、Gardner AF、Ausubel FM 高通量 DNA 测序方法（下一代测序；NGS）在过去 15 年中发展迅速，新方法不断商业化。随着技术的发展，基础科学和应用科学的相应应用数量也在增加。此次修订的目的...

t的基因组草图秘鲁扇贝 Argopecten purpuratus。 Li C, Liu X, Liu B, Ma B, Liu F, Liu G, Shi Q, Wang C 背景：秘鲁扇贝 Argopecten purpuratus 主要养殖于智利南部，秘鲁于上世纪传入中国。与其他 Argopecten 扇贝不同，秘鲁扇贝的寿命通常长达 7 至 10 年。因此，研究人员一直在使用它来开发杂交...

基因组重复、错误组装和重新注释：对牙龈卟啉单胞菌参考菌株进行长读长重测序的案例研究。 Acuña-Amador L、Primot A、Cadieu E、Roulet A、Barloy-Hubler 背景：如果不了解它们的基因组序列，就不可能建立构成人类和动物微生物群的细菌的功能模型。不幸的是，绝大多数公开可用的基因组只是工作草稿，这种不完整性导致了许多问题并构成了一个主要...

单分子测序揭示了染色体尺度e 线虫模式生物 Pristionchus pacificus 的基因组结构。 Rödelsperger C. 等人。The nematode Pristionchus pacificus is an established model for integrative evolutionary biology and comparative studies with Caenorhabditis elegans.虽然现有的基因组草图有助于识别控制各种发育过程的几个基因，但其高度碎片化使...

De novo PacBio 长读长和定相鸟类基因组组装正确并添加到生成的参考基因中具有中间和短读 Korlach J. 等人。参考质量基因组有望为研究基因结构、功能和进化提供资源。然而，感兴趣的基因通常没有完全或准确地组装，导致分析中出现未知错误或为正确序列进行额外的克隆工作。一个有前途的解决方案是长链...

DNA 片段化和质量控制分析 Wassim Lakhal, Irina Panteleeva, Sharon Squazzo、Rini Saxena、Jerome Kroonen、Steve Siembieda、Markus Tilmes 和 Jonathan Hagopian 使用 NGS 平台生成最佳数据依赖于一些样品制备先决条件，即精确的 DNA 片段化、大小范围分析和涂片定量。 Advanced Analytical 的 Diagenode One、Bioruptor®、Megaruptor® 和 Fragment Analyzer™ 确保这些第一批...

相关产品 C30010018×Hydro Tubes E07010002×Hydropore - 长 E07010001×Hydropore - shortNotice (8): Undefined variable: solution_of_interest [APP/View/Products/view.ctp,第 755 行]代码上下文element(\'Forms/simple_form\',array(\'solution_of_interest\'=>$solution_of_interest,\'header\'=>$header ,\'message\'=>$message,\'campaign_id\'=>$campaign_id))?>$viewFile = \'/home/website-server/www/app/View/Products/view.ctp\'$dataForView = array(\'语言\' => \'en\',\'meta_keywords\' => \'\',\'meta_description\' => \'Megaruptor 2\',\'meta_title\' => \'Megaruptor 2\',\'product\' => array(\'Product\' => array(\' id\' => \'2829\',\'antibody_id\' => null,\'name\' => \'Megaruptor^® 2\',\'description\' => \'

T他是巨型恐龙® 2 旨在为 3 kb - 75 kb 的 DNA 片段化提供最佳体验。剪切性能与 DNA 样本的来源、浓度、温度或盐含量无关。我们的用户友好界面允许按顺序处理两个样品，无需额外的用户输入，也不会交叉污染。只需设置所需的参数，自动化系统就会处理剩下的事情。此设计消除了堵塞问题。 使用 Megaruptor 进行剪切可使用 PacBio® 和 Oxford Nanopore™ 技术实现最佳的长读长测序\' systems.

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图像显示了用长片段 Hydropores 剪切的人类基因组 DNA 的 DNA 大小分布。 A： 在 1% 琼脂糖凝胶中通过脉冲场凝胶电泳 (PFGE) 分析 DNA，并使用 Image Lab 4.1 软件估计涂片的平均大小。 B： 在 10、15、20、30 和 40 kb 的不同软件设置下剪切的人类基因组 DNA 片段分析仪图谱（25 ng/μl；200 μl/样品）。 （高灵敏度大片段分析试剂盒；Advanced Analytical Technologies, Inc. 用于分离和片段大小测定）。

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Megaruptor Hydro Tubes^®微量离心管 (0.5 ml) 已经过彻底的使用验证在 Megaruptor^®(B06010001) 上，强烈推荐使用该仪器进行 DNA 剪切应用。

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